Как изменить геном растения

Уже давно растениеводство во всем мире радуется многочисленным подаркам генной инженерии — устойчивым к вредителям и холоду, быстрорастущим и продуктивным растениям, однако для среднестатистического потребителя метка «ГМО» сегодня сродни печати Каина.

Анастасия Волчок, Валерия Ню
«Наука из первых рук» №1(77), 2018

ГМО и другие генетические тайны селекции растений («Наука из первых рук» №1(77), 2018)

Уже давно растениеводство во всем мире радуется многочисленным подаркам генной инженерии — устойчивым к вредителям и холоду, быстрорастущим и продуктивным растениям, однако для среднестатистического потребителя метка «ГМО» сегодня сродни печати Каина. Почему так? Один ответ лежит на поверхности: генные инженеры делают сегодня то, чего природа не смогла бы сделать никогда или, по крайней мере, очень нескоро, что не только впечатляет, но и пугает. Людей настораживает и то, что сами создатели ГМО не торопятся полностью исключать риск возможных негативных последствий их распространения. С другой стороны, согласно свежим опросам «Левада-центр», всего лишь 30% россиян точно знают, что гены содержатся во всех растениях, а не только в генетически модифицированных, поэтому тотальная ГМО-боязнь во многом вызвана тотальной «генетической» безграмотностью. Между тем спектр современных методов селекции новых сортов растений очень широк, а среди разрешенных есть не менее рискованные и/или практически неизвестные широкой общественности подходы.

Об авторах

Анастасия Александровна Волчок («Наука из первых рук» №1(77), 2018)

Анастасия Александровна Волчок — кандидат химических наук, младший научный сотрудник лаборатории биотехнологии ферментов ФИЦ «Фундаментальные основы биотехнологии» РАН (Москва). Победитель весеннего финала «У.М.Н.И.К» Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова (2013). Автор и соавтор 11 научных публикаций и 1 патента.

Валерия Анатольевна Ню («Наука из первых рук» №1(77), 2018)

Валерия Анатольевна Ню — специалист по качеству FMCG-товаров и безрецептурных лекарственных средств в центральном офисе компании «Джонсон & Джонсон» (Москва).

ГМО расшифровывается как генетически модифицированный организм, что подразумевает то или иное воздействие на геном растений — хранилище наследственной информации, «святую святых» живых клеток. Сегодня большинство новейших методов селекции растений тяготеют к внесению изменений непосредственно в структуру ДНК. В результате, по определению ВОЗ, мы и получаем ГМ-растения — новые сорта, которые не могли образоваться в природе в результате размножения или естественной рекомбинации («перемешивания генов»).

Все это так, но в изменении генома растений на самом деле нет ничего нового и революционного! Человек всегда так или иначе оказывал влияние на генетику растений, которые выращивал, хотя и понятия не имел о генах.

Путь к современным культурным растениям, которые мы употребляем в пищу, начался примерно 10 тыс. лет назад, когда появилось сельское хозяйство. Человек выбирал самые здоровые и пригодные для еды растения и планомерно их выращивал. В сельском хозяйстве нет места закону естественного отбора: согласно закону человека (искусственному отбору), выживает только то растение, которое отвечает его запросам.

Ярким примером расхождения целей естественного отбора и селекции служит кукуруза. У предка этого злака зерна при созревании легко отделялись от початка и падали на землю. Такая кукуруза прекрасно размножалась, но человек неизбежно терял большую часть урожая. Что же мы видим теперь? Ядра современной кукурузы на момент зрелости прочно прикреплены к початку. Так же обстоит дело и с другими зерновыми культурами — рисом, ячменем, пшеницей.

Современная сахарная кукуруза и ее далекий предок («Наука из первых рук» №1(77), 2018)

Все эти новые виды культурных растений, по сути, являются результатом модификации генома разными способами, например, путем скрещивания разных сортов, что приводит к появлению совершенно новых культурных форм. Огромный материал для искусственного (так же как и для естественного) отбора предоставляет природный мутационный процесс. Ведь спонтанные мутации (изменения) в ДНК растений происходят постоянно, например, в результате действия солнечного излучения. И если такая мутация приводит к появлению особей с заметными положительными отличиями, их остается только тиражировать — вот и вся селекция. Примером служит большое разнообразие современных овощей семейства крестоцветных: брокколи, цветная и белокочанная капуста происходят от одного общего предка (Kempin et al., 1995).

Дальше — больше. За последние 80 лет люди получили более 3 тыс. новых сортов растений, воздействуя на исходные формы излучением или химическими реагентами, чтобы вызвать непредсказуемые мутации в ДНК. Растения, полученные в результате такого искусственно вызванного ненаправленного мутагенеза, успешно возделывают и поныне. Более того, как это ни парадоксально, они никогда не считались ГМО. Впоследствии в обществе распространилось крайне ошибочное мнение, что первые генетически модифицированные растения появились лишь в результате использования методов генной инженерии, целенаправленно воздействующих на ДНК.

В любом случае оценивать новый сорт следует исходя из его характеристик, а не того или иного пути селекции. А чтобы составить собственное мнение об опасности ГМО, нужно как минимум понимать, откуда они берутся.

Рецепт ГМО: режь, исправляй, сшивай

Так как же сделать ГМО из обычного растения? Рецепт довольно прост. Возьмите геном растительной клетки и добавьте в него «генетическую конструкцию» — последовательность ДНК, кодирующую производство нужного белка. Доставить ген можно с помощью вектора — молекулы ДНК или РНК, способной «размножаться» и переносить чужеродный наследственный материал из клетки в клетку. Таким образом можно добавить сразу несколько генов, например, с помощью вектора на основе кольцевой бактериальной плазмиды.

В селекции растений применяют небольшие «векторы» на основе Ti-плазмид  агробактерий («Наука из первых рук» №1(77), 2018)

На первый взгляд, все просто, если не задумываться о том, как вставить новый генный фрагмент именно в тот участок ДНК растительной клетки, который нам нужен. А ведь в этом и заключается самая сложная задача редактирования генома, результатом которого являются современные ГМО.

Для того, чтобы расщеплять молекулы ДНК в точно заданных участках, сначала стали использовать рестриктазы — ферменты-«ножницы», способные узнавать определенные последовательности нуклеотидов (строительных блоков ДНК). Функцию сшивки ДНК-цепи исполняли другие ферменты — ДНК-лигазы, призванные исправлять (репарировать) повреждения в структуре ДНК.

Сегодня, как и 30–40 лет назад, эти методы активно используют для получения новых вариантов бактериальных и вирусных геномов. А вот для успешной работы с геномами высших организмов (таких как растения, животные и мы с вами) этих инструментов оказалось недостаточно. Дело в том, что рестриктазы способны узнавать лишь короткие последовательности ДНК, что вполне достаточно для эффективного расщепления коротких ДНК-цепей бактерий, где такие участки встречаются нечасто. Но геномы высших организмов содержат огромное множество коротких последовательностей нуклеотидов, узнаваемых рестриктазами, поэтому «прицельность» метода оказывается очень плохой.

Для редактирования таких геномов пришлось создавать свои инструменты точечного воздействия на ДНК: сначала олигонуклеотид-направленный мутагенез растений, затем сайт-направленный мутагенез с использованием ферментов-нуклеаз с «цинковыми пальцами», TALENs-нуклеаз и даже мегануклеаз (Закиян, 2014; Daboussi, 2015). Но лишь с открытием в 2012–2013 гг. знаменитой технологии CRISPR/Cas9 ученые вплотную подошли к точному исправлению или редактированию генов и геномов (Cong, 2013). Возможность вносить контролируемые изменения в наследственную информацию живых клеток стала настоящим прорывом и повлекла за собой глобальные изменения в селекции.

Насколько остры генетические ножницы?

Основой системы CRISPR/Cas9 стал своеобразный молекулярный механизм, с помощью которого бактерии защищаются от бактериофагов (бактериальных вирусов). При проникновении патогенного вируса в бактерию запускается «иммунная» реакция, приводящая к расщеплению чужеродной генной последовательности. Это делает белок-«ножницы» Cas после того, как захватчик распознан по генному «портрету» — фрагментам вирусной ДНК, хранящимся в участке CRISPR бактериального генома.

На основе бактериальных CRISPR/Cas-систем ученые создали упрощенные искусственные молекулярные конструкции, включающие белок Cas9 и обеспечивающие невероятную точность при разрезании цепей ДНК (Закиян, 2014). С их помощью стало возможным проводить все виды модификаций генома: вносить точечные мутации, встраивать, исправлять, заменять или удалять крупные ДНК-последовательности и фрагменты выбранных генов.

Комплекс CRISPR/Cas9 включает в себя так называемую «гидовую» РНК и белок Cas9 («Наука из первых рук» №1(77), 2018)

С помощью системы CRISPR/Cas9 уже внесены точные модификации в геном множества растений, в частности, получены новые сорта риса, устойчивые к поражению гнилью, вызываемой фитопатогенными бактериями Xanthomonas, а также знаменитый «золотой рис», содержащий ген бета-каротина (Chen, Gao, 2013). Была решена и нетривиальная задача — создание растений-«биофабрик», способных синтезировать белки человека: инсулин, необходимый для больных сахарным диабетом, и альбумин, применяемый при лечении ожогов и цирроза.

Работа CRISPR/Cas9 («Наука из первых рук» №1(77), 2018)

Но несмотря на подтвержденную эффективность системы CRISPR/Cas9 все еще остается риск неспецифичного воздействия на ДНК и нарушения последовательности кодирующих генов. Неудивительно, что настоящий взрыв в мировом сообществе вызвала публикация китайских ученых из Университета Сунь Ятсена (КНР), несколько лет назад впервые применивших CRISPR/Cas9 для исправления генома эмбрионов человека с целью лечения генетического заболевания талассемии. При этом лишь для 4-х из 86 подопытных оплодотворенных яйцеклеток удалось достичь положительного результата (Liang et al., 2015).

Использование CRISPR/Cas9 («Наука из первых рук» №1(77), 2018)

Сегодня ряд специалистов призывают к мораторию на любые эксперименты, связанные с редактированием генов человеческих эмбрионов или половых клеток. Их опасения можно понять: когда речь идет о геноме человека, успех должен быть гарантирован. И все же прогресс не остановить: недавно Великобритания стала второй страной, где исследователям было позволено проводить подобные эксперименты (Ершов, 2016).

Тем не менее страх человека перед вмешательством в геном живых организмов не только не убывает, но и в некоторых случаях даже продолжает расти. Вследствие этого оборот и потребление продуктов геномного редактирования растений строго контролируются на законодательном уровне, что препятствует переходу мирового сельского хозяйства на использование продвинутых методов селекции. Однако ученые не сдаются и предлагают сократить до минимума и даже исключить возможные риски негативных последствий введения новых генов в организм растений.

«Золотой рис» — генетически модифицированный сорт риса посевного («Наука из первых рук» №1(77), 2018)

Снижаем риски: от ТРАНС к ЦИС и ниже

Сейчас прохождение всех тестов на биобезопасность и вывод на рынок генетически модифицированных организмов, в том числе растений, жестко регулируется на международном уровне. В этом вопросе правовая база ЕС опирается на директиву Европейского парламента и Совета Европейского союза от 12 марта 2001 г. «О преднамеренном выпуске в окружающую среду генетически модифицированных организмов». Примечательно, что данный нормативный документ исключает из перечня ГМО организмы, полученные путем скрещивания, экстракорпорального оплодотворения, полиплоидной индукции, возникновения мутаций и слияния протопластов скрещиваемых видов (соматическая гибридизация).

Законодательство РФ в области ГМО растительного происхождения регулируют 4 федеральных закона и 6 постановлений Правительства РФ, в том числе федеральный закон № 86-ФЗ «О государственном регулировании в области генно-инженерной деятельности» от 5 июля 1996 г. Ожидается вступление в силу постановления, позволяющего узаконить возделывание ГМ-культур на территории России, которые пока можно выращивать только на опытных участках. Для ввоза в нашу страну сегодня разрешены 22 линии пищевых и кормовых ГМ-растений, среди которых кукуруза, картофель, соя, сахарная свекла и рис, а любые ГМО и ГМ-продукты должны проходить обязательную регистрацию.

Посевы генетически модифицированной и обычной сои («Наука из первых рук» №1(77), 2018)

В свою очередь, мировое ученое сообщество считает, что нужно различать ГМО по способу получения и делать послабления для продуктов, полученных умеренным вмешательством. Так появилась система деления ГМО на три вида: ТРАНС, ЦИС и ИНТРА.

По способу получения ГМ-растения делят на три вида: ТРАНС, ЦИС, ИНТРА («Наука из первых рук» №1(77), 2018)

Трансгенными сегодня называют организмы с искусственно введенными генами, которые в принципе не могут быть приобретены путем естественного скрещивания. Это могут быть гены растений других видов или животных, например рис, в геном которого встроен ген кукурузы. Потенциальная опасность трансгенных культур в том, что приобретенные таким образом новые качества могут повлиять на пригодность к использованию в пищевых или кормовых целях, а затем передаться диким родственникам, что может иметь непредсказуемые последствия для природных экосистем. По этой причине законодательные и регулирующие органы развитых стран уделяют большое внимание биобезопасности таких культур, чтобы снизить риск экологических сдвигов.


Дерево, которое появилось в результате прививки на ствол грейпфрута сразу нескольких видов и сортов цитрусовых («Наука из первых рук» №1(77), 2018)

В геном цисгенных растений могут быть введены гены организмов того же или близких видов, с которыми возможно скрещивание в естественных условиях. При этом сам целевой ген не должен быть видоизменен или оторван от своих регуляторных последовательностей. Пример цисгенного растения — картофель, не подверженный картофельной гнили благодаря встраиванию генов диких видов картофеля из Анд, устойчивых к этому заболеванию. Такой картофель сейчас создается в Бельгии (VIB’s fact series, 2015). Важно, что цисгенезис не привносит в организм растения принципиально новых для него признаков и, по сути, аналогичен традиционному скрещиванию с родственными дикими формами.

Интрагенезис можно считать продолжением концепции цисгенезиса, но в этом случае в ДНК растения встраивают его собственный ген, совмещенный с регуляторными участками других его генов. В ходе такой модификации искусственно создаются новые комбинации из уже имеющихся в растении участков ДНК (Holme, 2013). Подобное изменение регуляции активности генов позволяет усиливать полезные признаки (например, способность накапливать витамины в листьях) или, напротив, устранять или сводить к минимуму нежелательные.

Между тем при современном регулировании оборота ГМО-различия между трансгенными и цисгенными растениями не учитываются, хотя эти типы кардинально различаются. Из-за жестких рамок, установленных законодательством, получение и использование цисгенных растений серьезно затруднено, что может заблокировать или значительно отсрочить проведение дальнейших исследований по улучшению сортов сельскохозяйственных культур. Пока лишь в Канаде контроль за цисгенными растениями менее строг по сравнению с трансгенными (Schouten, 2006).

Соматический Франкенштейн

Интересно то, что в мощной законодательной «обороне» против ГМО оказались бреши, появившиеся благодаря ряду парадоксов и допущений, которые на руку смелым селекционерам. Один из примеров — соматическая гибридизация. Другими словами, формирование новых форм растений путем комбинирования ядерных и других (митохондриальных и пластидных) генов при культивировании и слиянии обычных соматических клеток, составляющих ткань растения и не принимающих участия в половом размножении. Этот тип гибридизации растений достаточно широко распространен, при этом на территории ЕС такие соматические гибриды не считаются ГМО. Соответственно их оборот не подвергается строгому контролю.

Что же это за волшебный способ селекции? На первом этапе клетки растений двух разных видов (как правило, культурного и дикорастущего) обрабатывают специальными агентами, разрушающими клеточную оболочку, чтобы получить протопласты. Далее химическим или механическим способом провоцируют слипание и слияние протопластов, которые в дальнейшем восстанавливают общую клеточную оболочку. В результате из двух и более «родительских» клеток образуется новый живой организм — регенерант, или соматический гибрид.

Судьба родительских геномов при этом может быть различной. Два ядра могут синхронно делиться без слияния, образуя двуядерные дочерние клетки. Если же они сольются во время митотического деления, то в итоге получатся устойчивые одноядерные дочерние клетки, несущие смешанный генетический материал. Что касается внеядерного генома, то он тоже может быть получен как от одного родителя, так и быть смешанным. С помощью соматической гибридизации можно получать самые разные гибриды, включая такие, создание которых в принципе невозможно половым путем: например, гибриды, несущие цитоплазматические гены не от материнского растения, а от обоих родителей; «цибриды», содержащие ядро от одного из родителей, а цитоплазму от другого, и др.

Арбуз без косточек («Наука из первых рук» №1(77), 2018)

Использование соматических клеток при гибридизации позволяет успешно работать с отдаленными, обычно нескрещиваемыми видами и полностью стерильными растениями. Иными словами, этот метод используют, если возникает необходимость преодолеть несовместимость культурных и дикорастущих видов. Таким способом можно получать межклассовые гибридные клеточные колонии: рис + соя, ячмень + табак и даже табак + мышь (Makonkawkeyoon, 1995)! Правда, большинство таких регенерантов сами размножаться уже не способны, а иногда и вовсе представляют собой скорее скопление клеток, чем полноценный организм.

Интересно, что, хотя метод соматической гибридизации влечет за собой значительную «перетасовку» генов, а его результаты очень непредсказуемы, он, тем не менее, разрешен для использования в сельском хозяйстве, в отличие от методов направленного мутагенеза. Как говорила Алиса в Стране чудес, «чем дальше, тем страньше».

Что скрывается под прививкой

А теперь пришло время обратиться к методам, которые должны удовлетворить стандарты даже самых ярых приверженцев натуральных продуктов. Ведь методы эти используются уже очень давно, и они не встречают общественного или законодательного сопротивления. Но оказывается, что с точки зрения генетики эти методы вовсе не «безгрешны», а их комбинация с новейшими подходами открывает перспективы, о которых вы, возможно, и не подозревали.

Например, давно известным способом размножения растений, с которым повсеместно сталкиваются садоводы-любители, является прививка. Суть ее в том, что стебель одного растения (привой) пересаживают на корень другого (подвой). В конце XIX в. этот метод помог спасти европейские сорта винограда Vitis vinifera от нашествия насекомого филлоксеры, повреждающего корни. Прививку осуществляли на североамериканский виноград Vitis labrusca, устойчивый к этому вредителю (Трошин, 1999). А в 2003 г. фермер из Орегона Р. Баур с помощью прививки получил настоящий «томак» (томат + табак), совсем как у Гомера из популярного американского мультсериала «Симпсоны». Пробы показали наличие в томаке никотина, правда, только в листьях, а не в плодах (Philipkoski, 2003).

Что же происходит с растением в результате прививки, если геномы подвоя и привоя не меняются? Во-первых, у подвоя могут увеличиваться или уменьшаться сила роста, размер плодов, сроки созревания. При этом новые признаки не передаются потомству в случае размножения семенами, так как не являются наследственными. Во-вторых, в результате использования прививки возможны «химерные» изменения, и в итоге привитое растение будет состоять из генетически разнородных клеток. Этот эффект также не наследуется. Его часто используют в декоративном цветоводстве и садоводстве для получения растений с мозаичной окраской листьев или соцветий.

Пестролистный фикус («Наука из первых рук» №1(77), 2018)

В ходе прививки возможно и появление настоящих мутаций, спровоцированных специфическими веществами (этилметансульфонатом, этилимином и др.), которые поступают к привою от подвоя. Однако частота появления мутаций после прививок крайне низка. Неоспоримым преимуществом прививок является возможность размножать мутации, не передающиеся по наследству, а основным недостатком — большой объем исходного материала.

Схема прививки растения («Наука из первых рук» №1(77), 2018)

Прививка растений — это, безусловно, метод проверенный и безопасный. Но что произойдет, если в качестве подвоя использовать растение, перенесшее генетическую модификацию? Будет ли полученное растение ГМО? Оказывается, нет: согласно законам, плоды таких гибридов не входят в перечень ГМО, так как ДНК привоя остается неизмененной. Однако мы не можем быть уверены в том, что никакого обмена наследственной информацией между привоем и подвоем не происходит. К примеру, от корневища к привою могут перейти молекулы РНК, регулирующие работу генома, а это означает, что нельзя предсказать и уровень производства тех или иных белков в привитом растении.

Берем генетический разбег!

Но прививка — это далеко не единственный окольный путь для создания новых сортов с измененной активностью ДНК. Ускоренное скрещивание деревьев и кустарников (fast-track breeding) — это даже не метод, а целый комплекс методик, направленных на сокращение сроков получения новых сортов, что особенно важно для многолетних культур. Ведь цикл размножения деревьев с крупными плодами (например, ореха или сливы) может доходить до 10 лет и более (van Nocker, 2014). Это означает, что после посадки первого гибрида селекционер вынужден ждать 5–10 лет, пока тот вырастет и повзрослеет, чтобы продолжить работу. Если же необходимо провести несколько последовательных скрещиваний, выведение нового сорта дерева может занять и 30 лет. В современных условиях никто не готов столько ждать.

Схема скрещивания растений («Наука из первых рук» №1(77), 2018)

Чтобы максимально ускорить процесс, ученые давно поливают своих подопытных гормонами роста, выращивают их при высоких температурах и прибегают к другим уловкам, таким как ДНК-технологии. Среди безобидных можно отметить маркер-вспомогательный отбор, который заключается в анализе генома новых ростков или даже семян и отборе лучших гибридов задолго до того, как они превратятся во взрослые растения. Теперь растение уже не нужно обрабатывать патогеном, чтобы понять, насколько оно к нему устойчиво, достаточно найти нужный ген в семечке. Основной недостаток такой селекции — ее высокая стоимость, поскольку скрининг ДНК — вещь недешевая.

Чтобы растение быстрее повзрослело, селекционеры иногда хитрят. Например, искусственно активируют гены, отвечающие за запуск механизма размножения, после чего начинает цвести и приносить плоды совсем молодое растение. Иногда в геном дерева вводят дополнительные гены, которые ускоряют процессы цветения и плодоношения, и время ожидания первого цветения саженцев сокращается до 1 года. При сочетании методик ускоренного и возвратного (когда гибрид скрещивают с одним из родителей) скрещиваний ген быстрого цветения можно сначала ввести в исходный сорт, а на последнем этапе селекции удалить его путем скрещивания генетически измененного гибрида с родительским растением.

Ускоренное скрещивание осуществляют также путем прививания на ГМ-подвой. Секрет в этом случае кроется в генетически измененном корневище, в котором активно работают гены, отвечающие за цветение. В результате из корневища к листьям поступают специфические белки, запускающие механизм взросления, и привой начинает цвести.

Таким образом, современные методы прививки и ускоренного скрещивания растений за внешней традиционностью таят в себе много настоящих генетических секретов. В то же время ученые, сталкиваясь с общественным мнением и жестким регулированием распространения ГМО, все чаще пытаются избежать внесения изменений непосредственно в растительную ДНК. И здесь мы вплотную подходим к самой загадочной группе современных методов селекции.

Эпигенетика: чуть-чуть не считается

Одними из самых молодых и суперсовременных альтернатив для селекционеров стали подходы эпигенетики — науки о наследуемых механизмах управления экспрессией генов (Marjori, 2015). Как работает наш генетический код, общеизвестно, но вот тонкости его надстройки (эпи- означает ‘над’), своего рода «дирижера», управляющего работой генома, во многом остаются загадкой.

Начало производства белков в клетке регулируется множеством факторов. У клетки также имеются приемы, заставляющие «замолчать» тот или иной ген, чтобы предотвратить производство уже ненужного белка: это и разрушение еще незрелых молекул РНК, считанных с генетической «матрицы», и создание «механических» препятствий для самого считывания ДНК (Marjori, 2014). В общем, эпигенетических сигналов в клетке очень много, они не до конца изучены, однако некоторые из них уже используются для селекции растений, которые попадают к нам на стол каждый день.

Подавить работу генов в клетке можно с помощью природного механизма — РНК-зависимого ДНК-метилирования, суть которого состоит в присоединении метильной группы (СН3) к нуклеотиду цитозину, стоящему в определенном положении. В результате блокируется процесс считывания информации с ДНК на молекулу РНК (Zhang, 2013).

Метилирование промотора («Наука из первых рук» №1(77), 2018)

Метилирование ДНК у растений и животных осуществляется ферментами ДНК-метилтрансферазами. Сами по себе эти ферменты метилировать ДНК не могут: им нужны специальные некодирующие РНК, которые направляют метилтрансферазы к конкретным участкам ДНК. Более того, считается, что в метилировании ДНК участвуют еще два вида РНК: малые интерферирующие РНК и микроРНК. Все вместе эти молекулы и определяют, какой именно участок ДНК цепи нужно метилировать. Сегодня такие РНК можно ввести в растение с помощью разных методик, например, посредством вирусов растений или с помощью техник генной инженерии (Deng, 2014).

Интересно, что если ученый изменяет признак растения с помощью ДНК-метилирования и при этом не вносит в геном никаких мутаций, то такое растение не считается ГМО. Если же некодирующие РНК не вводятся извне, а производятся самим растением благодаря геномному редактированию, то оно уже относится к генно-модифицированному.

Но и тут можно схитрить. Дело в том, что у растений метилирование определенных областей ДНК может наследоваться, т. е. передаваться от родителей к следующим поколениям (Jones, 2001). Благодаря ряду скрещиваний ГМ-растения с его природной формой можно получить гибрид, у которого нет измененной ДНК, но метилирование сохраняется. Такой гибрид уже не будет считаться генетически модифицированным.

Склонностью мутировать и порождать химеры отличаются некоторые сорта фиалок («Наука из первых рук» №1(77), 2018)

Насколько метилирование безопасно? Достаточно, ведь метильные группы присоединяются к ДНК совсем не в случайных местах. Поэтому, в отличие от традиционных методов селекции, результаты такого воздействия предсказуемы: мы можем заранее выбрать ген, кодирующий определенный белок, и просто заставить его замолчать. Но делать это нужно аккуратно, так как механизмы метилирования ДНК довольно сложны. Иначе в результате мы можем получить растение, подверженное болезням или преждевременному старению.

Иногда ДНК-метилирование, наоборот, является обязательным условием для начала работы гена. Ученые и это научились использовать: с помощью изменения метилирования ДНК можно увеличить активность генов, отвечающих за производство растением запасных белков. Например, регулируя метилирование, можно повысить содержание белков в зерне пшеницы, а путем обработки риса ингибитором метилирования (5-азацитидином) — получить растения с наследуемым признаком карликовости (Ванюшин, 2013).

Молчание РНК как заслон от аллергии

Успешное считывание гена на матричную РНК вовсе не означает, что кодируемый им белок будет построен: эта мРНК может быть разрушена в цитоплазме клетки. Такое явление, названное посттранскрипционным молчанием, часто наблюдается при внесении дополнительных генов в ДНК растений. Впервые оно было описано еще в 1990 г., когда при введении в геном петунии дополнительных копий гена, отвечающего за красную окраску цветков, количество красного пигмента не только не возросло, но и значительно снизилось (Napoli et al., 1990).

Желтая петуния («Наука из первых рук» №1(77), 2018)

Механизм «замолкания РНК» снижает эффективность работы генных инженеров. С другой стороны, его можно использовать для создания растений, устойчивых к растительным вирусам, так как он может способствовать разрушению не только их собственных матричных РНК, но и соответствующих РНК вирусов, которым удалось проникнуть в клетки растений.

Судя по всему, механизмов посттранскрипционного молчания существует несколько, и ученые пока не вполне понимают, как они работают и как связаны между собой, белые пятна в этой области только начинают заполняться (Плотников, 2007). Есть предположение, что отдельные молекулы мРНК активно деградируют при достижении определенного порога своей численности (Abler, 1996). Другая теория основана на изменениях в регуляции работы генома, связанных с метилированием ДНК, в результате чего среди нормальных РНК синтезируется некоторое количество «ненормальных», которые и запускают распад мРНК в цитоплазме (Hoofvan, 1997).

Одним из хорошо описанных механизмов посттранскрипционного молчания является РНК-интерференция. Этот метод базируется на способности молекул двухцепочечных РНК эффективно подавлять активность сходных с ними по строению генов. В последние годы РНК-интерференцию используют в прикладных исследованиях, направленных на получение нокаутных (содержащих «молчащие» гены) клеток, тканей и организмов. Ведь если грамотно использовать этот механизм, то теоретически можно «выключить» в клетке производство любого белка.

Среди успешных примеров применения этого метода — получение двух сортов кофейного дерева, содержащих в плодах пониженный на 30–50% алкалоид кофеина. Схожий эксперимент был проведен и с табаком с целью понизить в растении содержание никотина (Рябушкина, 2009).

Роза сорта Blue Moon («Наука из первых рук» №1(77), 2018)

Другая возможность использования этого подхода — подавление синтеза аллергенов. И это уже не сказка: генетикам из испанского Института сельского хозяйства в Кордове почти полностью удалось освободить зерна пшеницы от глиадина — одного из составляющих глютена. Именно из-за глиадина группа запасающих белков пшеницы вызывает у многих людей иммунную реакцию. Правда, и без использования системы редактирования генома CRISPR/Cas9 тут не обошлось (Sanchez-Leon et al., 2017).

Конечно, в этом направлении ученым еще работать и работать, но уже есть надежда, что совсем скоро можно будет смело есть арахисовое масло без боязни умереть от анафилактического шока! Важно отметить, что подобное вмешательство генной инженерии в метаболизм растений отличается от традиционного: в геном не встраивается чужеродный ген, а значит, не происходит и синтеза чужеродного белка. Из-за этого РНК-интерференцию можно назвать генным вмешательством со сниженным экологическим риском. Более того, даже формально такое вмешательство не несет на себе печати «ГМО».

Каков же итог нашей экскурсии по современным методам селекции? Шанс сделать выбор в пользу «натуральных» злаков, овощей и фруктов мы давно упустили. Прогресс, в том числе и в создании новых видов растений, остановить невозможно, но осознавать и правильно оценивать риски распространения и употребления генетически модифицированных продуктов необходимо.

Сегодня, когда общество проявляет большую озабоченность безопасностью пищевых продуктов, селекционеры находятся в ситуации, вынуждающей их использовать альтернативные пути получения новых сортов растений. В силу тех или иных причин эти методы не относятся к запрещенным, но в ряде случаев являются не менее рискованными, чем традиционные методики получения ГМО.

Также не стоит забывать, что грамотный подход к селекции растений с использованием техник редактирования генома позволяет минимизировать использование пестицидов и удобрений — что это означает для экологии, нет нужды объяснять. В любом случае, какие продукты мы будем есть завтра, в огромной степени зависит уже не от природы, а от нас самих.

Публикация подготовлена на основе статьи, которая участвовала в научно-популярном конкурсе «Био/мол/текст»-2017 портала «Биомолекула».

Литература
1. Закиян С. М., Власов В. В., Медведев С. П. «Редакторы геномов»: от «цинковых пальцев» до CRISPR // Наука из первых рук. 2014. Т. 56. № 2. С. 44–53.
2. Шумный В. К. Природа была первым генным инженером // Наука из первых рук. 2004. Т. 2. № 3. С. 32–39.
3. Cong L., Ran F. A., Cox D. et al. Multiplex Genome Engineering Using CRISPR/Cas Systems // Science. 2013. V. 339. P. 819–823.
4. From plant to crop: the past, present and future of plant breeding. 2016. VIB’s fact series, 44 p.
5. Philp J. C., Ritchie R. J., Allan J. E. Synthetic biology, the bioeconomy, and a societal quandary // Trends in Biotechnology. 2013. V. 31. P. 269–272.
6. Moghaddassi S., Eyestone W., Bishop C. E. TALEN-Mediated Modification of the Bovine Genome for Large-Scale Production of Human Serum Albumin // PLoS One. 2014, 9, e89631.
7. Matzke M. A., Kanno T., Matzke A. J. M. RNA-Directed DNA Methylation: The Evolution of a Complex Epigenetic Pathway in Flowering Plants // Annu. Rev. Plant Biol. 2015. V. 66. P. 243–267.

Трансформация генов или семь способов создать химеру

Время прочтения
9 мин

Просмотры 5.6K

Автор сообщества Фанерозой, биотехнолог, Людмила Хигерович.

Продолжаем знакомить вас с тонкостями работы биотехнологов. Готовы поспорить, что каждый из чтецов этого текста слышал о генно-модифицированных организмах, сокращенно ГМО. Кто-то их боится, кто-то считает их спасением от глобальных проблем человечества, кому-то абсолютно все равно.

Однако мы готовы поспорить, что большая часть читателей даже не представляет, как на практике создают этих самых ГМО или, как их правильнее называть в среде ученых, трансгенных организмов и генетических химер.

Справка

Химера или химерный организм — организм, несущий в себе генетический материал, принадлежащий двум и более видам живых существ. Химерой может быть как многоклеточный организм, так и одноклеточный. Кроме того, различают химер по тому, насколько и в каком качестве присутствует чужеродный геном: заимствована ли часть генов, встроены ли они в хромосому реципиента, или же оба генома сохранены полностью, но располагаются в разных клетках. Впрочем, это тема для отдельного поста.

Итак, чтобы создать генетически модифицированный организм, надо изменить его геном. В научной среде изменение генома называется трансформацией.

Трансформация генов – это изменение генетического состава клеток путем привнесения извне чужеродного генетического материала, перенос чужеродных (природных или искусственно созданных) донорских генов в клетки-реципиенты растений, животных и микроорганизмов, и получение таким образом трансгенных организмов с новыми или усиленными свойствами и признаками.

Секундное отступление. Трансформация — не изобретение человека. Бактерии умели передавать друг другу ДНК, захватывать чужую и встраивать ее в свой геном еще задолго даже до появления вирусов. Более того, эти свойства не утрачены даже у более развитых организмов. И, что еще более интересно, природная трансформация, также известная как горизонтальный перенос генов, играет огромную роль в эволюционных механизмах. Но это весьма обширная тема.

Стоит отметить, что трансформация имеет свои особенности для растений и животных. Растительные клетки из-за плотной клеточной стенки поверх мембраны неспособны самостоятельно поглощать фрагменты чужеродной ДНК и воспроизводить их, тогда как клетки животных могут различными способами поглощать фрагменты ДНК, встраивая их в свой геном, или поддерживать их воспроизведение в цитоплазме.

Исходя из этого учеными было разработано два основных метода генетической трансформации растений и еще пять – для животных. Разумеется, на самом деле их гораздо больше, однако по большей части это модификации основных семи. Рассмотрим вкратце каждый из них.

Векторный

По сути является лабораторной адаптацией механизма, называемого трансдукцией — обмен генами у бактерий и некоторых простейших. Пожалуй, он так же заслуживает отдельной статьи, но постараемся кратко.

Вектор — трансформирующий фактор, основой которого является самостоятельный фрагмент ДНК, несущий все необходимое для синтеза РНК и белка. Обычно на основе ДНК или РНК вируса, плазмиды или космиды (свободные генетические элементы бактерий и простейших).

В промышленной и сельскохозяйственной биотехнологии обычно создают векторы с помощью Ti-плазмид бактерий, так как они небольшие по объему, и относительно устойчивые.
Как их создают? Из плазмид выделяют участки Т-ДНК (транспортной), ответственные за встраивание в молекулу ДНК клетки-мишени и создают векторные ДНК (векторы), способные переносить и встраивать нужные последовательности, включая части, кодирующие нужный признак и вещество, а также маркеры (репортерные гены — они нужны для проверки — встроился ли вектор в ДНК реципиента).

Модифицированные агробактерии (или освобожденные плазмиды) помещают в одну среду с растительными клетками-реципиентами, откуда с помощью антибиотиков удаляют нетрансформированные клетки.

К векторной трансформации также относят перенос ДНК с помощью ретровирусов. Векторный перенос можно осуществить только при отсутствии клеточной стенки (т.е. необходимо привести клетку-донор в состояние протопласта).

Трансформированные клетки помещают в питательную среду для культивации (образование каллуса), впоследствии регенерируя из них целое растение.

  • Плюсы: адресность (можно сделать так, чтобы вектор встраивался только в определенные участки), возможность проконтролировать встраивание вектора и его сохранность в следующих поколениях клеток.
  • Минусы: большая подготовительная работа по синтезу и созданию вектора и его размножению, опасность случайных встраиваний.

Биобаллистический (Генный пистолет)

Биобаллистический или метод «генного пистолета» – применяют в основном в отношении однодольных растений, нечувствительных к агробактериям.

Пожалуй, это самый фантастический способ трансформации. И самый страшный для людей, которые всерьез боятся стать жертвами генной модификации. Ведь его принцип действия полностью соответствует его названию. Да, именно так — это пистолет, стреляющий… генами.


В специальных установках микрочастицы золота или вольфрама с нанесенной на них ДНК ускоряют при помощи сжатого гелия, и они проникают в ДНК клеток-мишеней. Как вариант этого метода встречается магнетофекция – перенос с помощью намагниченных металлических частиц.

  • Плюсы: мобильность (можно таскать с собой в поле) и массовость (обработка большого количества клеток разом или целого растения).
  • Минусы: внесенная ДНК практически ничем не защищена и может быстро потерять активность, нельзя проконтролировать встраивание.

Векторный и биобаллистический методы универсальны и для растений, и для бактерий, и для животных. Теперь же переходим к методам, характерным для трансформации животных клеток. В принципе, их так же можно применить на растительных клетках, однако придется лишить их клеточной стенки, и знатно повозиться с подготовкой клетки.

Метод микроинъекций

Это самый простой способ внести ДНК в клетку. Вы часто видели его в научно-фантастических фильмах на тему утечки какого-нибудь патогена из секретной лаборатории.

Суть ее заключается во введении целевых генов непосредственно в ядро животной клетки при помощи микрокапиллярной пипетки. Под микроскопом в ядро клетки вводится 1 × 10^(−10)—1 × 10^(−12) л раствора трансформирующей ДНК (несколько тысяч копий генов).

  • Плюс: главный плюс этого метода в том, что введенный ген сохраняется внутри клетки, а клеточные структуры почти не повреждаются.
  • Минус: при делении клетки только одна из дочерних клеток наследует дополнительную ДНК

Электропорация

Впервые была разработана в лаборатории Е. Неймана в 1982 т. для введения чужеродных нуклеиновых кислот в эукариотические клетки.

В многочисленных опытах было показано, что обработка клеток животных электрическими импульсами с напряженностью поля 5-10 кВ/см в течение 5-10 мкс приводит к поглощению клетками молекул ДНК, находящихся в среде.

  • Плюсы: простота использования (кладем клетки в ванну с электролитом, капаем ДНКу, врубаем ток, профит!).
  • Минусы: плохая контролируемость встраивания, повреждения ДНК и клеточных мембран.

Липофекция

С чем-то подобным сталкиваются блюстители красоты, пользующиеся лосьонами с мицеллами и принимающие жирорастворимые витамины.

Липосомы (мицеллы, везикулы) — “пузырьки” из одного или двух слоев липидов, по свойствам схожих с естественной клеточной мембраной. В основном различают так: липосомы — двухслойные, содержат комплекс гликолипидов, мицеллы — однослойные, преимущественно липидные. Но это не точно:)

Липосомный (везикулярный) метод – пиноцитозное (захват раствора) поглощение метафазных хромосом, заключённых в синтетическую фосфолипидную оболочку (линохромосом или липоплекса). Изолированные метафазные хромосомы способны проникать в чужеродную клетку и функционировать в ней в течение некоторого времени.

Большая часть поглощенных хромосом деградирует, распадаясь на отдельные фрагменты, осуществляющие перенос содержащихся в них генов. Фрагменты могут существовать в свободном состоянии. Гены трансгенома функционируют наряду с другими своими хромосомными генами клетки. Такие популяции клеток называют нестабильными.

При постоянном действии генов трансгенома появляются стабильные популяции клеток (клоны) – когда сохранившийся фрагмент интегрируется с хромосомой клетки реципиента. Интеграция происходит не путем рекомбинаций через двойной кроссинговер, а через транслоцирование фрагментов на негомологичные участки генома реципиента.

Соматическая гибридизация

Слияние соматических клеток с объединением их геномов — образование гибридома. Производится электрическим, химическим и механическим путем. Частный случай гибридизации – использование микрокеток, иногда объединяют с липофекцией.

Введение с помощью микроклеток – клетки доноров обрабатываются таким образом, что часть хромосом или отдельные хромосомы оказываются заключенными в часть цитоплазмы. Слияние микроклетки донора с полноценной клеткой реципиента ведет к тому, что реципиент получает группу или отдельные хромосомы донора.

Это один из самых трудоемких методов создания трансформированных клеток. Однако он полностью оправдывает себя — так, например, производят антитела для лечения редких заболеваний, иммуноглобулины и создают из клеток больных раком пациентов индивидуальные лекарства.

Химическая преципитация

Метод несколько схож с генным пистолетом с той лишь разницей, что частицы ДНК не выстреливаются, а доставляются на соли.

Например, преципитация фосфатом кальция выглядит следующим образом. ДНК добавляют к смеси раствора СаСl2 и фосфатного буфера, ДНК адсорбируется на кристаллах фосфата кальция (Грэхем Ван дер Эб, 1973). Образуются частицы кальциевого преципитата. Они поглощаются клеткой путем фагоцитоза.

Основные методы трансформации закончились. Познакомимся с редкими, но все же встречающимися — некоторые из них весьма любопытны.

Органическая преципитация. Катионные полимеры

По сути, гибрид химической преципитации и фагоцитоза. В основном используют ДЕАЕ-декстран. Преципитация диэтиламиноэтил-декстраном (ДЕАЕ-декстраном) – использование положительно заряженных (катионных) водорастворимых полимеров, таких как ДЭАЭ-декстран, полиэтиленимин, поли-L-лизин или хитозан. Отрицательно заряженная ДНК связывает поликатионы, и образовавшийся положительно заряженный комплекс (полиплекс) взаимодействует с отрицательно заряженной мембраной клетки, что приводит к проникновению ДНК в клетку-мишень путем эндоцитоза. Метод считается малоэффективным из-за сложности с синтезом комплекса и слабом контроле доставки ДНК в ядро.

Фототрансфекция

Перенос фрагментов ДНК через поры, образованные в результате сверхкороткого облучения лазером. По сути, та же электропорация, только вместо тока — свет определенной длины волны.

Трансдукция

Вариация векторного метода для животных клеток. Имеет ряд отличий, например, в качестве вектора применяется фрагмент вирусной ДНК (ретровирусы, ДНК-вирусы, ВИЧ), чаще всего заключенный в реконструированную вирусную оболочку для облегчения проникновения в клетку и обеспечения тканеспецифичности.

Есть и еще менее популярные методы, как, например, трансформация тепловым шоком. Однако она сама по себе не привносит ДНК извне, лишь изменяя структуру существующей ДНК за счет температурных повреждений. Либо тепловой шок может служить тем же фактором повреждения мембраны, что и электрошок, открывая путь для проникновения ДНК. Но в таком случае, по сути он ничем не отличается от вышеназванных.

Итак, мы рассмотрели основные методы создания химерной (трансформированной) клетки или популяции клеток. Несмотря на то, что их характеристика по большей части уместилась в паре строк, каждый из них сопряжен с колоссальными усилиями как при подготовке, так и при исполнении, и тем более при контроле результата. Последнее особенно важно, так как любая клетка имеет свои механизмы защиты.

Мало трансформировать геном, надо еще обеспечить его сохранность и устойчивость — в противном случае, клетка быстро избавится от чужеродного фрагмента, вырезав его или растворив в лизосоме.

Для чего это делают?

На самом деле, трансформированные организмы давно уже нас окружают и служат нам. Стоит только подумать над тем, что первые научные работы на эту тему (на тему трансформации у бактерий) датированы до 1962 года, т.е. до подтверждения структуры ДНК! А сами бактериальные химеры стали применять аж в 1980-х.

Выше мы уже упоминали, что с помощью гибридов изготовляют лекарства от рака и редких заболеваний. Также с помощью трансформированных клеток производят гормоны (человеческий инсулин, ген которого перенесли в кишечную палочку), иммуноглобулины, белки, витамины (витамин С с помощью той же кишечной палочки, фитогормоны для растений с помощью сенной палочки), ферменты для пищевой, текстильной, химической промышленности, биоудобрения и биопрепараты для борьбы с паразитами и вредителями, антибиотики и даже очищают сахар (хотя это совсем уж редкий случай).

Вот вы узнали еще немного о биотехнологии.
Всего хорошего и не болейте!

Источники

Биотехнология: учебник и практикум для вузов / под редакцией Н. В. Загоскиной, Л. В. Назаренко. — 3-е изд., испр. и доп. — Москва: Издательство Юрайт, 2020. — 381 с.

Биотехнология / Т. Г. Волова. – Новосибирск: Изд-во Сибирского отделения Российской Академии наук, 1999. – 252 с

Биотехнология. Принципы и применение / Под ред. И.Хиггенса.- М.: Мир, 1980
Чечина, О. Н. Общая биотехнология: учебное пособие для вузов / О. Н. Чечина. — 2-е изд., перераб. и доп. — Москва: Издательство Юрайт, 2019. — 231 с.

Clough SJ, Bent AF. Floral dip: a simplified method for Agrobacterium-mediated transformation of Arabidopsis thaliana. Plant J. 1998 Dec;16(6):735-43.

Godfrey J, Leukam MJ, Smith SM. An update in treating transformed lymphoma. Best Pract Res Clin Haematol. 2018 Sep;31(3):251-261.

Alton, E. W. F. W., Armstrong, D. K., Ashby, D., Bayfield, K. J., Bilton, Diana, Bloomfield, E. V.,… Wolstenholme-Hogg, P. (2015). Repeated nebulisation of non-viral CFTR gene therapy in patients with cystic fibrosis: A randomised, double-blind, placebo-controlled, phase 2b trial. Lancet Respiratory Medicine, 3(9), 684-691.

Reece, J. B., Urry, L. A., Cain, M. L., Wasserman, S. A., Minorsky, P. V., and Jackson, R. B. (2011). DNA tools and biotechnology. In Campbell biology (10th ed., pp. 408-435). San Francisco, CA: Pearson.

Transfection. Protocols and Applications Guide. Promega.

  • Review
  • Open Access
  • Published: 11 October 2013

Plant Methods

volume 9, Article number: 39 (2013)
Cite this article

  • 108k Accesses

  • 420 Citations

  • 72 Altmetric

  • Metrics details

Abstract

Targeted genome engineering (also known as genome editing) has emerged as an alternative to classical plant breeding and transgenic (GMO) methods to improve crop plants. Until recently, available tools for introducing site-specific double strand DNA breaks were restricted to zinc finger nucleases (ZFNs) and TAL effector nucleases (TALENs). However, these technologies have not been widely adopted by the plant research community due to complicated design and laborious assembly of specific DNA binding proteins for each target gene. Recently, an easier method has emerged based on the bacterial type II CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats)/Cas (CRISPR-associated) immune system. The CRISPR/Cas system allows targeted cleavage of genomic DNA guided by a customizable small noncoding RNA, resulting in gene modifications by both non-homologous end joining (NHEJ) and homology-directed repair (HDR) mechanisms. In this review we summarize and discuss recent applications of the CRISPR/Cas technology in plants.

Introduction

Targeted genome engineering has emerged as an alternative to classical plant breeding and transgenic (GMO) methods to improve crop plants and ensure sustainable food production. However, until recently the available methods have proven cumbersome. Both zinc finger nucleases (ZFNs) and TAL effector nucleases (TALENs) can be used to mutagenize genomes at specific loci, but these systems require two different DNA binding proteins flanking a sequence of interest, each with a C-terminal FokI nuclease module. As a result these methods have not been widely adopted by the plant research community. Earlier this year, a new method based on the bacterial CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats)/Cas (CRISPR-associated) type II prokaryotic adaptive immune system [1] has emerged as an alternative method for genome engineering. The ability to reprogram CRISPR/Cas endonuclease specificity using customizable small noncoding RNAs has set the stage for novel genome editing applications [2–8]. The system is based on the Cas9 nuclease and an engineered single guide RNA (sgRNA) that specifies a targeted nucleic acid sequence. Given that only a single RNA is required to generate target specificity, the CRISPR/Cas system promises to be more easily applicable to genome engineering than ZFNs and TALENs.

Recently, eight reports describing the first applications of the Cas9/sgRNA system to plants have been published [9–16]. In this review, we summarise the methods and findings described in these publications and provide an outlook for the application of the CRISPR/Cas system as a genome engineering tool in plants.

Plant genome editing using the CRISPR/Cas system

The application of the bacterial CRISPR/Cas system to plants is very recent. In the August 2013 issue of Nature Biotechnology three short reports described the first applications of the Cas9/sgRNA system to plant genome engineering [9–11]. Shortly after, five more reports followed [12–16]. The papers mainly focused on testing the CRISPR/Cas technology using transient expression assays (Table 1 and Figure 1), such as protoplast transformation and in planta expression using Agrobacterium tumefaciens transient expression (agroinfiltration) [17]. Mutations introduced via both nonhomologous end joining (NHEJ) and homology-directed repair (HDR) pathways have been reported. Five of the studies generated whole plants that carry mutations at the targeted loci (Table 1).

Figure 1
figure 1

Schematic drawing illustrating examples of genome editing assays in plants. The CRISPR/Cas9 technology was successfully applied in model plants (Nicotiana benthamiana, Arabidopsis thaliana) and crops (rice, wheat). The Cas9 nuclease and the sgRNA matching the gene of interest are co-expressed using Agrobacterium tumefaciens as a vector in N. benthamiana leaves or transfected into protoplasts from Arabidopsis, wheat or rice. Then, the genomic DNA is extracted from the leaf tissues or protoplasts and subject to PCR-amplification with primers flanking the target site. The presence of Cas9/sgRNA-induced mutations can be easily detected using the restriction enzyme (RE) site loss method. The RE-resistant band (lane 3) can be cloned. The exact nature of the mutations is then revealed by sequencing individual clones.

Full size image

Table 1
Summary of CRISPR/Cas genome editing assays in plants

Full size table

Cas9 nuclease for plant genome editing

Cas9, a hallmark protein of the type II CRISPR-Cas system, is a large monomeric DNA nuclease guided to a DNA target sequence adjacent to the PAM (protospacer adjacent motif) sequence motif by a complex of two noncoding RNAs: CRIPSR RNA (crRNA) and trans-activating crRNA (tracrRNA) [1, 2, 18]. In August 2012, Jinek et al. showed that a synthetic RNA chimera (single guide RNA, or sgRNA) created by fusing crRNA with tracrRNA is functional to a similar level as the crRNA and tracrRNA complex. As a result, the number of components in the CRISPR/Cas system was brought down to two, Cas9 and sgRNA [2].

The Cas9 protein contains two nuclease domains homologous to RuvC and HNH nucleases. The HNH nuclease domain cleaves the complementary DNA strand whereas the RuvC-like domain cleaves the non-complementary strand and, as a result, a blunt cut is introduced in the target DNA [2]. By now, many reports have successfully demonstrated that heterologous expression of Cas9 together with an sgRNA can introduce site-specific double strand breaks (DSBs) into genomic DNA of live cells from various organisms [19]. For applications in eukaryotic organisms, codon optimized versions of Cas9, which is originally from the bacterium Streptococcus pyogenes, have been used. Four of the studies on the application of the CRISPR/Cas technology in plants used a plant codon-optimized version of Cas9 [10, 11, 15, 16] while the other four [9, 12–14] used the previously described human codon-optimized version (Table 1 and Figure 2). In addition to the codon optimised versions of Cas9, Jiang et al. tested the wild type S. pyogenes Cas9 and found it was working in rice protoplasts against the OsSWEET14 target [16].

Figure 2
figure 2

Cas9 variants used for genome editing in plants. The Cas9 nuclease was expressed as a fusion protein with a tag (FLAG or GFP as indicated) under various constitutive promoters. Diagonal lines indicate an intron inserted into the Cas9 gene. NLS, nuclear localization signal.

Full size image

Li et al. introduced an intron into the Cas9 gene (Table 1 and Figure 2) to prevent its expression and avoid toxicity in bacteria but this doesn’t seem to be necessary for delivery by A. tumefaciens.

As in the case of human cells [4, 5], the Cas9 protein was expressed in plants as a fusion to a nuclear localization signal (NLS) to ensure delivery into nuclei. Cas9 was fused to either a single NLS or was flanked by two NLSs, and, as in human cells, both versions appear to be functional (Table 1 and Figure 2). In addition, six studies used a Cas9 version with a tag (FLAG or GFP), while two studies used a non-tagged Cas9 (Figure 2), suggesting that tagging the protein does not compromise the endonuclease activity in planta. Four different promoters were used to drive Cas9 expression with the Cauliflower mosaic virus 35S promoter being the most commonly used (Figure 2).

In summary, all tested versions of Cas9 seem to work in plants and very high rates of mutant transgenic plants, generated using the CRISPR/Cas system, have been reported (up to 89% for Arabidopsis and up to 92% for rice) with biallelic mutation being recovered in the case of both plant species (Table 1).

Although the discussed studies provide an insight into functional Cas9 configurations, further studies and side-by-side experiments are required to investigate whether some promoters and Cas9 combinations are more effective than others in plants.

sgRNAs for plant genome editing

The single guide RNA (sgRNA) is the second component of the CRISPR/Cas system that forms a complex with the Cas9 nuclease. As mentioned above, the sgRNA is a synthetic RNA chimera created by fusing crRNA with tracrRNA [2]. The sgRNA guide sequence located at its 5′ end confers DNA target specificity (Figure 3). Therefore, by modifying the guide sequence, it is possible to create sgRNAs with different target specificities. The canonical length of the guide sequence is 20 bp [2]. Consequently, a DNA target is also 20 bp followed by a PAM sequence that follows the consensus NGG (Figure 3). Interestingly, DNA targets and sgRNA guide sequences that differ from the canonical 20 bp length have been reported in some plant studies [10, 12–15], while in the mammalian field targets of the consensus (N)20NGG are normally used. Therefore, DNA targets validated in plants deviate from the strict (N)20NGG and to date follow the consensus (N)19-22NGG. The extent to which target sequences that deviate further from this consensus can affect the recognition by the Cas9/sgRNA system remains to be determined.

Figure 3
figure 3

Scheme illustrating the sgRNA structure and mechanism of the target recognition. sgRNA is expressed under the U6 promoter in A. thaliana, N. benthamiana, O. sativa, T. aestivum and S. bicolor, and under the U3 promoter in O. sativa. The transcript initiation nucleotide in the case of U6p and U3p is “G” and “A”, respectively.

Full size image

In plants, sgRNAs have been expressed using plant RNA polymerase III promoters, such as U6 and U3 (Table 1 and Figure 3). These promoters have a defined transcription start nucleotide, which is “G” or “A”, in the case of U6 or U3 promoters, respectively (Figure 3). Therefore, the guide sequences in the sgRNAs, used to target plant genomic loci, follow the consensus G(N)19–22 for the U6 promoter and A(N)19–22 for the U3 promoter, where the first G or A may or may not pair up with the target DNA sequence [9–16]. On the other hand, in mammalian systems, sgRNA guide sequences normally follow the consensus G(N)19–20 where the first G may or may not pair up with the target [20, 21].

CRISPR/Cas genome editing assays in plants

In plants the CRISPR/Cas9 system has been implemented using transient expression systems, therefore enabling rapid execution and optimization of the method. Widely used transient assays in plant research are (i) protoplast transformation and (ii) leaf tissue transformation using the agroinfiltration method. Both methods have been used for Cas9 and sgRNA (Figure 1). The advantage of the protoplast strategy is the possibility to achieve high levels of gene co-expression even from separate plasmids. However, isolation of protoplasts from plant tissue requires enzymatic digestion and removal of the cell wall. The procedure can be time consuming, and protoplast cultures are fragile and prone to contamination. An alternative is the agroinfiltration assay, which is performed on intact plants, and relatively less time consuming compared to protoplasts. This system is based on infiltration of A. tumefaciens strains carrying a binary plasmid that contains the candidate genes to be expressed [17]. Efficiency of gene co-expression by agroinfiltration appears to be lower than in protoplasts, and combining multiple genes of interest in one vector is preferable. However, not all plant species are amenable to transformation by these methods and options can be limited depending on the plant species of interest.

To readily detect induced mutations generated by the CRISPR/Cas method, one approach is to target a restriction enzyme site and use the restriction enzyme site loss assay described below (Figure 1). Since the Cas9 nuclease introduces a blunt cut in the DNA predominantly 3 bp away from the PAM (Figure 3), it is advantageous to identify a DNA target with an overlapping restriction site proximal to the PAM motif. In this case, the repair of a DSB via the error-prone NHEJ pathway will result in mutations that will disrupt the restriction site. Therefore, mutations can be detected by amplifying the genomic DNA across the target and digesting resulting amplicons with the restriction enzyme (Figure 1). This assay can be more sensitive when the PCR-amplification is performed on genomic DNA template pre-digested with the restriction enzyme [9, 16].

An alternative assay is the Surveyor assay [22]. PCR-amplified DNA from the Cas9/sgRNA treated sample is first denatured and then allowed to anneal before being subject to CELI or T7 endonuclease I that cleave hetero-duplexes formed by the WT and the mutated DNA [13, 14]. It is worth considering that the Surveyor assay is less sensitive than the restriction enzyme site loss assay and requires a higher rate of mutagenesis to be successfully applied. However, it can in principle be applied to any target sequence.

The efficiency of gene mutagenesis can be improved by creating a large deletion. This can be achieved by simultaneously introducing two DSBs guided by two sgRNAs targeting the same locus. For example, a large deletion was introduced by targeting two juxtaposed target sequences on the chromosome in Arabidopsis [11, 13]. A similar approach can be implemented in N. benthamiana using the agroinfiltration assay to generate targeted deletions (Figure 4; Materials and Methods). Co-expression of Cas9 with sgRNAs, targeting two adjacent sequences 50 bp apart, resulted in a large deletion in the NbPDS gene. The AFLP (amplified fragment length polymorphism) assay was used to detect deletions. DNA from the lower PCR band in lanes 2 and 4 (Figure 4B) was cloned and sequenced. Sequencing 15 individual clones revealed presence of 3 types of deletions (Figure 4C). As illustrated by the Figure 4B, the efficiency of the mutagenesis was higher in the case of Cas9 and both sgRNA1 and 2 being expressed from the same plasmid. Transgenic N. benthamiana plants can be easily regenerated out of the agroinfiltrated tissue [9] and therefore it should be possible to generate plants carrying the specified deletions.

Figure 4
figure 4

Generation of a chromosomal deletion by targeting two adjacent sequences within the PDS locus of Nicotiana benthamiana. A. Cartoon explaining setup of the experiment. B. Detection of deletion mutations using the AFLP analysis. Agarose gel shows PCR bands amplified across targets 1 and 2 using genomic DNA extracted from respective leaf samples. Cas9, sgRNA1 and 2 were expressed in N. benthamiana leaf tissue using the standard agroinfiltration protocol. In lane 2, Cas9/sgRNA1/sgRNA2 were expressed from three separate plasmids, while in lane 4 they were expressed from a single plasmid. C. Types of deletion mutations identified. Bottom PCR bands from lanes 2 and 4 were cloned into a high copy vector and 15 individual clones were sequenced. All clones contained deletions that can be grouped in three different types (m1-3).

Full size image

Homology-directed repair (HDR) using CRISPR/Cas system in plants

The DSB introduced by Cas9 nuclease guided by an sgRNA can be repaired via either the cell’s NHEJ or HDR mechanisms. NHEJ can be harnessed to generate single and multiple gene knock-outs as well as large chromosomal deletions following cuts generated by CRISPR/Cas. HDR, on the other hand, enables targeted gene insertions (e.g. introducing a green fluorescent protein GFP tag into a genomic locus) or gene replacements (e.g. introducing a SNP into a gene of interest) [22]. HDR-dependent genome editing using the CRISPR system has been achieved in N. benthamiana[11] and rice [10]. The donor DNA, which is used as a repair template, was delivered into protoplasts as a single stranded oligo [10] or as a double stranded DNA fragment [11]. The next challenge would be to regenerate whole plants from protoplasts and so far this is only possible for some plant species (e.g. N. benthamiana and Arabidopsis).

HDR using CRISPR/Cas system has not yet been achieved in plants using A. tumefaciens delivery. In principle, the DNA repair template can be delivered together with the Cas9 and sgRNA in a T-DNA carrying all three components as reported for the I-SceI meganuclease [23]. For plant species that are not amenable to transformation by A. tumefaciens and cannot be regenerated out of protoplasts, the Cas9/sgRNA and donor DNA can be delivered into plant cells by callus bombardment as described for cotton in D’Halluin et al. [24].

HDR-mediated genome editing can be problematic due to intrinsically low efficiency of homologous recombination (HR) as in the case of Arabidopsis [11]. The NHEJ DNA repair pathway is antagonistic to the HDR pathway. Therefore, HDR efficiency can be increased using mutants compromised in the NHEJ DNA repair mechanism (e.g. ku70 and lig4). In Arabidopsis, an increase of 5–16 fold in HDR-mediated gene targeting has been reported for the ku70 mutant and 3–4 fold for the lig4 mutant [25]. Once the desired gene-targeting event is produced, the ku70 or lig4 mutations can be crossed out of the mutant plants.

Off-target mutations and plant genome editing

Target specificity is an important issue for all genome editing technologies, including CRISPR/Cas. Recently, a number of reports have systematically examined specificity of the CRISPR/Cas system in human cells as well as in vitro[26–30]. The main conclusion is that the 3′ end of the guide sequence within the sgRNA predominantly confers target specificity of the CRISPR/Cas system. This is consistent with earlier reports [2, 5, 8]. Mismatches between the DNA target and the guide sequence of the sgRNA located within the last 8–10 bp of the 20 bp target sequence often abolish the target recognition by Cas9, while mismatches towards the 5′ end of the target are better tolerated. Presence of the PAM motif (NGG) right after the 20 bp target is essential, although Hsu et al. reported that a variant of the PAM with a noncanonical NAG sequence retains some activity [29]. Importantly, the number and position of tolerable mismatches between the DNA target and the guide sequence is target-dependent and users should be careful not to generalize the reported rates [26, 29].

How prone is the CRISPR system to off-target activity when applied in plants? Off-targets were addressed in four reports [9–11, 14]. Two of them detected experimental evidence of off-target activity in rice [10, 14]. However, Nekrasov et al. did not detect off-target activity in N. benthamiana for 18 off-sites with sequence similarity to the target [9]. Overall, the number of tested off-sites in all studies was relatively small and general conclusions would be premature. A comprehensive study based on whole genome sequencing of mutant plants is required to fully address this issue in planta.

Off-target mutations by the CRISPR system can be minimised by selecting target sequences that have reduced numbers of off-targets in the genome. Examples of algorithms for selecting specific targets have been reported for Arabidopsis and rice [11, 14, 15]. In any case, off-target mutations are less problematic in plants compared to animals, because they can easily be crossed out.

Outlook

The CRISPR/Cas technology has enormous potential as a straightforward genome-editing tool for basic and applied plant research. Considering the number of reports that have already been published on plant applications, the method appears to be easily applicable and robust. The major advantage of the CRISPR/Cas technology over ZFNs and TALENs is that the method does not require elaborate design and time-consuming assembly of individual DNA-binding proteins. In contrast, the CRISPR/Cas system is versatile and only requires a single Cas9 nuclease that can be programmed by engineering the sgRNA.

Until recently, the possibility of recovering knockout lines by conventional reverse genetic approaches (T-DNA, TILLING) for a specific gene has been dictated by chance. The shorter the gene, the lower the probability to hit it with a T-DNA insertion or a mutation. Routine targeted mutagenesis opens up a new dimension in plant biology and should help to generate mutants in previously difficult to access genes, as well as simultaneously mutate multiple loci and generate large deletions [11, 13]. The likelihood of targeting a specific genomic locus is probably affected by various factors (e.g. chromatin context) but Cas9 does not seem to be affected by DNA methylation, at least in human cells [29].

We foresee the CRISPR technology to become a routine method in plants for making targeted single and multiple gene knock-outs, introducing SNPs into a gene of interest, expressing proteins tagged with affinity or fluorescent tags at their native loci in the genome and much more. However, some questions remain to be addressed as the technology has only been implemented for a few months. One of the outstanding issues is whether genetic changes induced by Cas9/sgRNA can be inherited by the plant germline and transferred to subsequent generations. Genotyping the progeny of plants carrying Cas9/sgRNA induced mutations will answer this question. The relatively high off-target rate of the CRISPR system could be an issue as well. However, off-target effect can be minimised by making an informed decision about the choice of target sequence within a gene according to the algorithms described [11, 14, 15]. The plant field will soon benefit from an online tool analogous to http://crispr.mit.edu/[29] for designing CRISPR targets with a minimum off-target effect in various plant species. As mentioned earlier, the off-target mutations in plants are less problematic compared to human or animals as they can be easily bred out.

Like ZFNs and TALENs, the CRISPR technology has become one of the new plant breeding techniques (NPBTs). NPBTs are currently debated by advisory and regulatory authorities in Europe and worldwide in relation to the GMO legislation [31–34]. These techniques make possible introducing plant genome modifications, which are indistinguishable from those introduced by conventional breeding and chemical or physical mutagenesis. As a result, crop varieties produced using the above mentioned technologies may be classified as non-GM. Excluding such crop varieties from the scope of the GMO legislation, especially in Europe, would have an enormous positive impact on the development of the plant biotechnology and breeding sector.

Materials and methods

Plasmid construction

In the case of the lane 2 (Figure 4B), pK7WGF2::Cas9 and pICH86966::AtU6p::sgRNA_PDS (sgRNA1) [9] were co-expressed with pICH86966::AtU6p::sgRNA2 in N. benthamiana using the standard agroinfiltration protocol. pICH86966::AtU6p::sgRNA2 was created in the same way as pICH86966::AtU6p::sgRNA_PDS (sgRNA1) except that the oligos used to construct the sgRNA2 were PDS_gRNA2_BsaIf and gRNA_AGCG_BsaIr (Table 2).

Table 2
Primers used in this study

Full size table

In the case of the lane 4 (Figure 4B), Cas9 and both sgRNA1 and 2 were expressed in N. benthamiana from the single construct pAGM4723::AtU6p::sgRNA2-2x35S-5′UTR::Cas9::NOST-AtU6p::sgRNA1 as described above for the lane 2. The construct was assembled using the Golden Gate (GG) cloning method [35] as following. sgRNA1 was PCR-amplified with primers PDS_gRNA1_BsaIf and gRNA_AGCG_BsaIr, and sgRNA2 – with primers PDS_gRNA2_BsaIf and gRNA_AGCG_BsaIr using the plasmid gRNA_GFP_T1 [4] as a template. Both sgRNA1 and sgRNA2 PCR products were cut-ligated with the AtU6p level 0 module [9] into pICH47751 and pICH47732 level 1 vectors [35] respectively using BsaI.

In order to use the human codon optimised Cas9 [4] in the GG system, all BsaI and BbsI sites had to be removed from its sequence, while preserving the amino acid composition of the protein, in a process called “domestication”. Fragments of the Cas9 coding sequence were amplified with six pairs of primers: Cas9_1f/Cas9_1r, Cas9_2f/Cas9_2r, Cas9_3f/Cas9_3r, Cas9_4f/Cas9_4r, Cas9_5f/Cas9_5r and Cas9_6f/Cas9_6-1r using the clone described in Mali et al. as a template. The resulting PCR fragments were cloned into the pCR-Blunt II-TOPO vector (Life Technologies). All six cloned fragments of Cas9 were then cut-ligated into a level 0 vector [35] using BbsI. The resulting Cas9 level 0 module was combined with 2x35S-5′UTR (pICH51288) and NOST (pICH41421) level 0 modules (provided by S. Marillonnet) and cut-ligated into the pICH47742 level 1 vector [35] using BsaI.

pICH47732::AtU6p::sgRNA2, pICH47742::2x35S-5′UTR::Cas9::NOST and pICH47751::AtU6p::sgRNA1 level 1 constructs plus pELE-3 linker [35] were cut-ligated into the pAGM4723 level 2 vector (provided by S. Marillonnet) using BbsI. The resulting level 2 construct pAGM4723::AtU6p::sgRNA2-2x35S-5′UTR::Cas9::NOST-AtU6p::sgRNA1 was transformed into the AGL1 strain of A. tumifaciens.

Transient gene expression in N. benthamiana

Transient expression was performed using the AGL1 strain of A. tumefaciens as described in Bos et al. [36].

Detection of Cas9-induced deletions in plant genomic DNA

Cas9 and sgRNAs were transiently co-expressed in the N. benthamiana leaf tissue. The tissue was harvested at 2 days post infiltration and the genomic DNA extracted using the DNeasy Plant Mini kit (Qiagen). 50 ng of DNA was added in a PCR reaction and amplified with PDS_MlyIF and PDSseqr5 primers using the Phusion DNA polymerase (New England Biolabs). PCR products were run on a 3% agarose gel. The DNA from bottom bands in lanes 2 and 4 (Figure 4) was extracted and cloned into pCR-Blunt II-TOPO vector (Life Technologies). 15 individual clones were sequenced using standard M13 forward and M13 reverse primers.

References

  1. Sorek R, Lawrence CM, Wiedenheft B: CRISPR-mediated adaptive immune systems in bacteria and archaea. Annu Rev Biochem 2013, 82: 237-266. 10.1146/annurev-biochem-072911-172315

    Article 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  2. Jinek M, Chylinski K, Fonfara I, Hauer M, Doudna JA, Charpentier E: A programmable dual-RNA-guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity. Science 2012, 337: 816-821. 10.1126/science.1225829

    Article 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  3. Jinek M, East A, Cheng A, Lin S, Ma E, Doudna J: RNA-programmed genome editing in human cells. Elife 2013, 2: e00471. 10.7554/eLife.00471

    Article 
    PubMed Central 
    PubMed 

    Google Scholar 

  4. Mali P, Yang L, Esvelt KM, Aach J, Guell M, DiCarlo JE, Norville JE, Church GM: RNA-guided human genome engineering via Cas9. Science 2013, 339: 823-826. 10.1126/science.1232033

    Article 
    PubMed Central 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  5. Cong L, Ran FA, Cox D, Lin S, Barretto R, Habib N, Hsu PD, Wu X, Jiang W, Marraffini LA, Zhang F: Multiplex genome engineering using CRISPR/Cas systems. Science 2013, 339: 819-823. 10.1126/science.1231143

    Article 
    PubMed Central 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  6. Cho SW, Kim S, Kim JM, Kim JS: Targeted genome engineering in human cells with the Cas9 RNA-guided endonuclease. Nat Biotechnol 2013, 31: 230-232. 10.1038/nbt.2507

    Article 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  7. Hwang WY, Fu Y, Reyon D, Maeder ML, Tsai SQ, Sander JD, Peterson RT, Yeh JR, Joung JK: Efficient genome editing in zebrafish using a CRISPR-Cas system. Nat Biotechnol 2013, 31: 227-229. 10.1038/nbt.2501

    Article 
    PubMed Central 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  8. Jiang W, Bikard D, Cox D, Zhang F, Marraffini LA: RNA-guided editing of bacterial genomes using CRISPR-Cas systems. Nat Biotechnol 2013, 31: 233-239. 10.1038/nbt.2508

    Article 
    PubMed Central 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  9. Nekrasov V, Staskawicz B, Weigel D, Jones JD, Kamoun S: Targeted mutagenesis in the model plant Nicotiana benthamiana using Cas9 RNA-guided endonuclease. Nat Biotechnol 2013, 31: 691-693. 10.1038/nbt.2655

    Article 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  10. Shan Q, Wang Y, Li J, Zhang Y, Chen K, Liang Z, Zhang K, Liu J, Xi JJ, Qiu JL, Gao C: Targeted genome modification of crop plants using a CRISPR-Cas system. Nat Biotechnol 2013, 31: 686-688. 10.1038/nbt.2650

    Article 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  11. Li JF, Norville JE, Aach J, McCormack M, Zhang D, Bush J, Church GM, Sheen J: Multiplex and homologous recombination-mediated genome editing in Arabidopsis and Nicotiana benthamiana using guide RNA and Cas9. Nat Biotechnol 2013, 31: 688-691. 10.1038/nbt.2654

    Article 
    PubMed Central 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  12. Feng Z, Zhang B, Ding W, Liu X, Yang DL, Wei P, Cao F, Zhu S, Zhang F, Mao Y, Zhu JK: Efficient genome editing in plants using a CRISPR/Cas system. Cell Res 2013, 23: 1229-1232. 10.1038/cr.2013.114

    Article 
    PubMed Central 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  13. Mao Y, Zhang H, Xu N, Zhang B, Gao F, Zhu JK: Application of the CRISPR-Cas system for efficient genome engineering in plants. Mol Plant doi:10.1093/mp/sst121 (August 20, 2013)

  14. Xie K, Yang Y: RNA-guided genome editing in plants using a CRISPR-Cas system. Mol Plant doi:10.1093/mp/sst119 (August 17, 2013)

  15. Miao J, Guo D, Zhang J, Huang Q, Qin G, Zhang X, Wan J, Gu H, Qu LJ: Targeted mutagenesis in rice using CRISPR-Cas system. Cell Res 2013, 23: 1233-1236. 10.1038/cr.2013.123

    Article 
    PubMed Central 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  16. Jiang W, Zhou H, Bi H, Fromm M, Yang B, Weeks DP: Demonstration of CRISPR/Cas9/sgRNA-mediated targeted gene modification in Arabidopsis, tobacco, sorghum and rice. Nucleic Acids Res doi:10.1093/nar/gkt780 (September 2, 2013)

  17. Van der Hoorn RA, Laurent F, Roth R, De Wit PJ: Agroinfiltration is a versatile tool that facilitates comparative analyses of Avr9/Cf-9-induced and Avr4/Cf-4-induced necrosis. Mol Plant Microbe Interact 2000, 13: 439-446. 10.1094/MPMI.2000.13.4.439

    Article 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  18. Deltcheva E, Chylinski K, Sharma CM, Gonzales K, Chao Y, Pirzada ZA, Eckert MR, Vogel J, Charpentier E: CRISPR RNA maturation by trans-encoded small RNA and host factor RNase III. Nature 2011, 471: 602-607. 10.1038/nature09886

    Article 
    PubMed Central 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  19. Mussolino C, Cathomen T: RNA guides genome engineering. Nat Biotechnol 2013, 31: 208-209. 10.1038/nbt.2527

    Article 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  20. Yang H, Wang H, Shivalila CS, Cheng AW, Shi L, Jaenisch R: One-step generation of mice carrying reporter and conditional alleles by CRISPR/Cas-mediated genome engineering. Cell 2013, 154: 1370-1379. 10.1016/j.cell.2013.08.022

    Article 
    PubMed Central 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  21. Wang HY, Yang H, Shivalila CS, Dawlaty MM, Cheng AW, Zhang F, Jaenisch R: One-step generation of mice carrying mutations in multiple genes by CRISPR/Cas-mediated genome engineering. Cell 2013, 153: 910-918. 10.1016/j.cell.2013.04.025

    Article 
    PubMed Central 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  22. Voytas DF: Plant genome engineering with sequence-specific nucleases. Annu Rev Plant Biol 2013, 64: 327-350. 10.1146/annurev-arplant-042811-105552

    Article 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  23. Fauser F, Roth N, Pacher M, Ilg G, Sanchez-Fernandez R, Biesgen C, Puchta H: In planta gene targeting. Proc Natl Acad Sci USA 2012, 109: 7535-7540. 10.1073/pnas.1202191109

    Article 
    PubMed Central 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  24. D’Halluin K, Vanderstraeten C, Van Hulle J, Rosolowska J, Van Den Brande I, Pennewaert A, D’Hont K, Bossut M, Jantz D, Ruiter R, Broadhvest J: Targeted molecular trait stacking in cotton through targeted double-strand break induction. Plant Biotechnol J 2013, 11: 933-941. 10.1111/pbi.12085

    Article 
    PubMed Central 
    PubMed 

    Google Scholar 

  25. Qi Y, Zhang Y, Zhang F, Baller JA, Cleland SC, Ryu Y, Starker CG, Voytas DF: Increasing frequencies of site-specific mutagenesis and gene targeting in Arabidopsis by manipulating DNA repair pathways. Genome Res 2013, 23: 547-554. 10.1101/gr.145557.112

    Article 
    PubMed Central 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  26. Fu Y, Foden JA, Khayter C, Maeder ML, Reyon D, Joung JK, Sander JD: High-frequency off-target mutagenesis induced by CRISPR-Cas nucleases in human cells. Nat Biotechnol 2013, 31: 822-826. 10.1038/nbt.2623

    Article 
    PubMed Central 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  27. Pattanayak V, Lin S, Guilinger JP, Ma E, Doudna JA, Liu DR: High-throughput profiling of off-target DNA cleavage reveals RNA-programmed Cas9 nuclease specificity. Nat Biotechnol 2013, 31: 839-843. 10.1038/nbt.2673

    Article 
    PubMed Central 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  28. Mali P, Aach J, Stranges PB, Esvelt KM, Moosburner M, Kosuri S, Yang L, Church GM: CAS9 transcriptional activators for target specificity screening and paired nickases for cooperative genome engineering. Nat Biotechnol 2013, 31: 833-838. 10.1038/nbt.2675

    Article 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  29. Hsu PD, Scott DA, Weinstein JA, Ran FA, Konermann S, Agarwala V, Li Y, Fine EJ, Wu X, Shalem O, et al.: DNA targeting specificity of RNA-guided Cas9 nucleases. Nat Biotechnol 2013, 31: 827-832. 10.1038/nbt.2647

    Article 
    PubMed Central 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  30. Carroll D: Staying on target with CRISPR-Cas. Nat Biotechnol 2013, 31: 807-809. 10.1038/nbt.2684

    Article 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  31. Lusser M, Davies HV: Comparative regulatory approaches for groups of new plant breeding techniques. N Biotechnol 2013, 30: 437-446. 10.1016/j.nbt.2013.02.004

    Article 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  32. Lusser M, Parisi C, Plan D, Rodriguez-Cerezo E: Deployment of new biotechnologies in plant breeding. Nat Biotechnol 2012, 30: 231-239. 10.1038/nbt.2142

    Article 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  33. Pauwels K, Podevin N, Breyer D, Carroll D, Herman P: Engineering nucleases for gene targeting: safety and regulatory considerations. N Biotechnol doi:10.1016/j.nbt.2013.07.001 (July 12, 2013)

  34. Kuzma J, Kokotovich A: Renegotiating GM crop regulation. Targeted gene-modification technology raises new issues for the oversight of genetically modified crops. EMBO Rep 2011, 12: 883-888. 10.1038/embor.2011.160

    Article 
    PubMed Central 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  35. Weber E, Engler C, Gruetzner R, Werner S, Marillonnet S: A modular cloning system for standardized assembly of multigene constructs. PLoS One 2011, 6: e16765. 10.1371/journal.pone.0016765

    Article 
    PubMed Central 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

  36. Bos JI, Kanneganti TD, Young C, Cakir C, Huitema E, Win J, Armstrong MR, Birch PR, Kamoun S: The C-terminal half of Phytophthora infestans RXLR effector AVR3a is sufficient to trigger R3a-mediated hypersensitivity and suppress INF1-induced cell death in Nicotiana benthamiana. Plant J 2006, 48: 165-176. 10.1111/j.1365-313X.2006.02866.x

    Article 
    CAS 
    PubMed 

    Google Scholar 

Download references

Acknowledgements

We thank Jonathan D. G. Jones for help with designing the Cas9 domestication strategy, Sylvestre Marillonnet and Icon Genetics, Halle, Germany for providing plasmid vectors, and the LFCats for discussion. This work was supported by the Gatsby Charitable Foundation, the European Research Council (ERC), and the Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC).

Author information

Author notes

    Authors and Affiliations

    1. The Sainsbury Laboratory, Norwich Research Park, Norwich, UK

      Khaoula Belhaj, Angela Chaparro-Garcia, Sophien Kamoun & Vladimir Nekrasov

    Authors

    1. Khaoula Belhaj

      You can also search for this author in
      PubMed Google Scholar

    2. Angela Chaparro-Garcia

      You can also search for this author in
      PubMed Google Scholar

    3. Sophien Kamoun

      You can also search for this author in
      PubMed Google Scholar

    4. Vladimir Nekrasov

      You can also search for this author in
      PubMed Google Scholar

    Corresponding authors

    Correspondence to
    Sophien Kamoun or Vladimir Nekrasov.

    Additional information

    Competing interests

    The authors declared that they have no competing interests.

    Authors’ contributions

    SK proposed the idea of the manuscript and wrote the outline. VN performed experiments. KB, ACG, SK and VN wrote the manuscript. All authors read and approved the final manuscript.

    Khaoula Belhaj, Angela Chaparro-Garcia contributed equally to this work.

    Authors’ original submitted files for images

    Rights and permissions

    Open Access
    This article is published under license to BioMed Central Ltd. This is an Open Access article is distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (
    https://creativecommons.org/licenses/by/2.0
    ), which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly credited. The Creative Commons Public Domain Dedication waiver (
    https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/
    ) applies to the data made available in this article, unless otherwise stated.

    Reprints and Permissions

    About this article

    Cite this article

    Belhaj, K., Chaparro-Garcia, A., Kamoun, S. et al. Plant genome editing made easy: targeted mutagenesis in model and crop plants using the CRISPR/Cas system.
    Plant Methods 9, 39 (2013). https://doi.org/10.1186/1746-4811-9-39

    Download citation

    • Received: 12 September 2013

    • Accepted: 07 October 2013

    • Published: 11 October 2013

    • DOI: https://doi.org/10.1186/1746-4811-9-39

    Keywords

    • CRISPR
    • Cas9
    • Plant
    • Genome editing
    • Genome engineering
    • Targeted mutagenesis
    • Review
    • Open Access
    • Published: 11 October 2013

    Plant Methods

    volume 9, Article number: 39 (2013)
    Cite this article

    • 108k Accesses

    • 420 Citations

    • 72 Altmetric

    • Metrics details

    Abstract

    Targeted genome engineering (also known as genome editing) has emerged as an alternative to classical plant breeding and transgenic (GMO) methods to improve crop plants. Until recently, available tools for introducing site-specific double strand DNA breaks were restricted to zinc finger nucleases (ZFNs) and TAL effector nucleases (TALENs). However, these technologies have not been widely adopted by the plant research community due to complicated design and laborious assembly of specific DNA binding proteins for each target gene. Recently, an easier method has emerged based on the bacterial type II CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats)/Cas (CRISPR-associated) immune system. The CRISPR/Cas system allows targeted cleavage of genomic DNA guided by a customizable small noncoding RNA, resulting in gene modifications by both non-homologous end joining (NHEJ) and homology-directed repair (HDR) mechanisms. In this review we summarize and discuss recent applications of the CRISPR/Cas technology in plants.

    Introduction

    Targeted genome engineering has emerged as an alternative to classical plant breeding and transgenic (GMO) methods to improve crop plants and ensure sustainable food production. However, until recently the available methods have proven cumbersome. Both zinc finger nucleases (ZFNs) and TAL effector nucleases (TALENs) can be used to mutagenize genomes at specific loci, but these systems require two different DNA binding proteins flanking a sequence of interest, each with a C-terminal FokI nuclease module. As a result these methods have not been widely adopted by the plant research community. Earlier this year, a new method based on the bacterial CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats)/Cas (CRISPR-associated) type II prokaryotic adaptive immune system [1] has emerged as an alternative method for genome engineering. The ability to reprogram CRISPR/Cas endonuclease specificity using customizable small noncoding RNAs has set the stage for novel genome editing applications [2–8]. The system is based on the Cas9 nuclease and an engineered single guide RNA (sgRNA) that specifies a targeted nucleic acid sequence. Given that only a single RNA is required to generate target specificity, the CRISPR/Cas system promises to be more easily applicable to genome engineering than ZFNs and TALENs.

    Recently, eight reports describing the first applications of the Cas9/sgRNA system to plants have been published [9–16]. In this review, we summarise the methods and findings described in these publications and provide an outlook for the application of the CRISPR/Cas system as a genome engineering tool in plants.

    Plant genome editing using the CRISPR/Cas system

    The application of the bacterial CRISPR/Cas system to plants is very recent. In the August 2013 issue of Nature Biotechnology three short reports described the first applications of the Cas9/sgRNA system to plant genome engineering [9–11]. Shortly after, five more reports followed [12–16]. The papers mainly focused on testing the CRISPR/Cas technology using transient expression assays (Table 1 and Figure 1), such as protoplast transformation and in planta expression using Agrobacterium tumefaciens transient expression (agroinfiltration) [17]. Mutations introduced via both nonhomologous end joining (NHEJ) and homology-directed repair (HDR) pathways have been reported. Five of the studies generated whole plants that carry mutations at the targeted loci (Table 1).

    Figure 1
    figure 1

    Schematic drawing illustrating examples of genome editing assays in plants. The CRISPR/Cas9 technology was successfully applied in model plants (Nicotiana benthamiana, Arabidopsis thaliana) and crops (rice, wheat). The Cas9 nuclease and the sgRNA matching the gene of interest are co-expressed using Agrobacterium tumefaciens as a vector in N. benthamiana leaves or transfected into protoplasts from Arabidopsis, wheat or rice. Then, the genomic DNA is extracted from the leaf tissues or protoplasts and subject to PCR-amplification with primers flanking the target site. The presence of Cas9/sgRNA-induced mutations can be easily detected using the restriction enzyme (RE) site loss method. The RE-resistant band (lane 3) can be cloned. The exact nature of the mutations is then revealed by sequencing individual clones.

    Full size image

    Table 1
    Summary of CRISPR/Cas genome editing assays in plants

    Full size table

    Cas9 nuclease for plant genome editing

    Cas9, a hallmark protein of the type II CRISPR-Cas system, is a large monomeric DNA nuclease guided to a DNA target sequence adjacent to the PAM (protospacer adjacent motif) sequence motif by a complex of two noncoding RNAs: CRIPSR RNA (crRNA) and trans-activating crRNA (tracrRNA) [1, 2, 18]. In August 2012, Jinek et al. showed that a synthetic RNA chimera (single guide RNA, or sgRNA) created by fusing crRNA with tracrRNA is functional to a similar level as the crRNA and tracrRNA complex. As a result, the number of components in the CRISPR/Cas system was brought down to two, Cas9 and sgRNA [2].

    The Cas9 protein contains two nuclease domains homologous to RuvC and HNH nucleases. The HNH nuclease domain cleaves the complementary DNA strand whereas the RuvC-like domain cleaves the non-complementary strand and, as a result, a blunt cut is introduced in the target DNA [2]. By now, many reports have successfully demonstrated that heterologous expression of Cas9 together with an sgRNA can introduce site-specific double strand breaks (DSBs) into genomic DNA of live cells from various organisms [19]. For applications in eukaryotic organisms, codon optimized versions of Cas9, which is originally from the bacterium Streptococcus pyogenes, have been used. Four of the studies on the application of the CRISPR/Cas technology in plants used a plant codon-optimized version of Cas9 [10, 11, 15, 16] while the other four [9, 12–14] used the previously described human codon-optimized version (Table 1 and Figure 2). In addition to the codon optimised versions of Cas9, Jiang et al. tested the wild type S. pyogenes Cas9 and found it was working in rice protoplasts against the OsSWEET14 target [16].

    Figure 2
    figure 2

    Cas9 variants used for genome editing in plants. The Cas9 nuclease was expressed as a fusion protein with a tag (FLAG or GFP as indicated) under various constitutive promoters. Diagonal lines indicate an intron inserted into the Cas9 gene. NLS, nuclear localization signal.

    Full size image

    Li et al. introduced an intron into the Cas9 gene (Table 1 and Figure 2) to prevent its expression and avoid toxicity in bacteria but this doesn’t seem to be necessary for delivery by A. tumefaciens.

    As in the case of human cells [4, 5], the Cas9 protein was expressed in plants as a fusion to a nuclear localization signal (NLS) to ensure delivery into nuclei. Cas9 was fused to either a single NLS or was flanked by two NLSs, and, as in human cells, both versions appear to be functional (Table 1 and Figure 2). In addition, six studies used a Cas9 version with a tag (FLAG or GFP), while two studies used a non-tagged Cas9 (Figure 2), suggesting that tagging the protein does not compromise the endonuclease activity in planta. Four different promoters were used to drive Cas9 expression with the Cauliflower mosaic virus 35S promoter being the most commonly used (Figure 2).

    In summary, all tested versions of Cas9 seem to work in plants and very high rates of mutant transgenic plants, generated using the CRISPR/Cas system, have been reported (up to 89% for Arabidopsis and up to 92% for rice) with biallelic mutation being recovered in the case of both plant species (Table 1).

    Although the discussed studies provide an insight into functional Cas9 configurations, further studies and side-by-side experiments are required to investigate whether some promoters and Cas9 combinations are more effective than others in plants.

    sgRNAs for plant genome editing

    The single guide RNA (sgRNA) is the second component of the CRISPR/Cas system that forms a complex with the Cas9 nuclease. As mentioned above, the sgRNA is a synthetic RNA chimera created by fusing crRNA with tracrRNA [2]. The sgRNA guide sequence located at its 5′ end confers DNA target specificity (Figure 3). Therefore, by modifying the guide sequence, it is possible to create sgRNAs with different target specificities. The canonical length of the guide sequence is 20 bp [2]. Consequently, a DNA target is also 20 bp followed by a PAM sequence that follows the consensus NGG (Figure 3). Interestingly, DNA targets and sgRNA guide sequences that differ from the canonical 20 bp length have been reported in some plant studies [10, 12–15], while in the mammalian field targets of the consensus (N)20NGG are normally used. Therefore, DNA targets validated in plants deviate from the strict (N)20NGG and to date follow the consensus (N)19-22NGG. The extent to which target sequences that deviate further from this consensus can affect the recognition by the Cas9/sgRNA system remains to be determined.

    Figure 3
    figure 3

    Scheme illustrating the sgRNA structure and mechanism of the target recognition. sgRNA is expressed under the U6 promoter in A. thaliana, N. benthamiana, O. sativa, T. aestivum and S. bicolor, and under the U3 promoter in O. sativa. The transcript initiation nucleotide in the case of U6p and U3p is “G” and “A”, respectively.

    Full size image

    In plants, sgRNAs have been expressed using plant RNA polymerase III promoters, such as U6 and U3 (Table 1 and Figure 3). These promoters have a defined transcription start nucleotide, which is “G” or “A”, in the case of U6 or U3 promoters, respectively (Figure 3). Therefore, the guide sequences in the sgRNAs, used to target plant genomic loci, follow the consensus G(N)19–22 for the U6 promoter and A(N)19–22 for the U3 promoter, where the first G or A may or may not pair up with the target DNA sequence [9–16]. On the other hand, in mammalian systems, sgRNA guide sequences normally follow the consensus G(N)19–20 where the first G may or may not pair up with the target [20, 21].

    CRISPR/Cas genome editing assays in plants

    In plants the CRISPR/Cas9 system has been implemented using transient expression systems, therefore enabling rapid execution and optimization of the method. Widely used transient assays in plant research are (i) protoplast transformation and (ii) leaf tissue transformation using the agroinfiltration method. Both methods have been used for Cas9 and sgRNA (Figure 1). The advantage of the protoplast strategy is the possibility to achieve high levels of gene co-expression even from separate plasmids. However, isolation of protoplasts from plant tissue requires enzymatic digestion and removal of the cell wall. The procedure can be time consuming, and protoplast cultures are fragile and prone to contamination. An alternative is the agroinfiltration assay, which is performed on intact plants, and relatively less time consuming compared to protoplasts. This system is based on infiltration of A. tumefaciens strains carrying a binary plasmid that contains the candidate genes to be expressed [17]. Efficiency of gene co-expression by agroinfiltration appears to be lower than in protoplasts, and combining multiple genes of interest in one vector is preferable. However, not all plant species are amenable to transformation by these methods and options can be limited depending on the plant species of interest.

    To readily detect induced mutations generated by the CRISPR/Cas method, one approach is to target a restriction enzyme site and use the restriction enzyme site loss assay described below (Figure 1). Since the Cas9 nuclease introduces a blunt cut in the DNA predominantly 3 bp away from the PAM (Figure 3), it is advantageous to identify a DNA target with an overlapping restriction site proximal to the PAM motif. In this case, the repair of a DSB via the error-prone NHEJ pathway will result in mutations that will disrupt the restriction site. Therefore, mutations can be detected by amplifying the genomic DNA across the target and digesting resulting amplicons with the restriction enzyme (Figure 1). This assay can be more sensitive when the PCR-amplification is performed on genomic DNA template pre-digested with the restriction enzyme [9, 16].

    An alternative assay is the Surveyor assay [22]. PCR-amplified DNA from the Cas9/sgRNA treated sample is first denatured and then allowed to anneal before being subject to CELI or T7 endonuclease I that cleave hetero-duplexes formed by the WT and the mutated DNA [13, 14]. It is worth considering that the Surveyor assay is less sensitive than the restriction enzyme site loss assay and requires a higher rate of mutagenesis to be successfully applied. However, it can in principle be applied to any target sequence.

    The efficiency of gene mutagenesis can be improved by creating a large deletion. This can be achieved by simultaneously introducing two DSBs guided by two sgRNAs targeting the same locus. For example, a large deletion was introduced by targeting two juxtaposed target sequences on the chromosome in Arabidopsis [11, 13]. A similar approach can be implemented in N. benthamiana using the agroinfiltration assay to generate targeted deletions (Figure 4; Materials and Methods). Co-expression of Cas9 with sgRNAs, targeting two adjacent sequences 50 bp apart, resulted in a large deletion in the NbPDS gene. The AFLP (amplified fragment length polymorphism) assay was used to detect deletions. DNA from the lower PCR band in lanes 2 and 4 (Figure 4B) was cloned and sequenced. Sequencing 15 individual clones revealed presence of 3 types of deletions (Figure 4C). As illustrated by the Figure 4B, the efficiency of the mutagenesis was higher in the case of Cas9 and both sgRNA1 and 2 being expressed from the same plasmid. Transgenic N. benthamiana plants can be easily regenerated out of the agroinfiltrated tissue [9] and therefore it should be possible to generate plants carrying the specified deletions.

    Figure 4
    figure 4

    Generation of a chromosomal deletion by targeting two adjacent sequences within the PDS locus of Nicotiana benthamiana. A. Cartoon explaining setup of the experiment. B. Detection of deletion mutations using the AFLP analysis. Agarose gel shows PCR bands amplified across targets 1 and 2 using genomic DNA extracted from respective leaf samples. Cas9, sgRNA1 and 2 were expressed in N. benthamiana leaf tissue using the standard agroinfiltration protocol. In lane 2, Cas9/sgRNA1/sgRNA2 were expressed from three separate plasmids, while in lane 4 they were expressed from a single plasmid. C. Types of deletion mutations identified. Bottom PCR bands from lanes 2 and 4 were cloned into a high copy vector and 15 individual clones were sequenced. All clones contained deletions that can be grouped in three different types (m1-3).

    Full size image

    Homology-directed repair (HDR) using CRISPR/Cas system in plants

    The DSB introduced by Cas9 nuclease guided by an sgRNA can be repaired via either the cell’s NHEJ or HDR mechanisms. NHEJ can be harnessed to generate single and multiple gene knock-outs as well as large chromosomal deletions following cuts generated by CRISPR/Cas. HDR, on the other hand, enables targeted gene insertions (e.g. introducing a green fluorescent protein GFP tag into a genomic locus) or gene replacements (e.g. introducing a SNP into a gene of interest) [22]. HDR-dependent genome editing using the CRISPR system has been achieved in N. benthamiana[11] and rice [10]. The donor DNA, which is used as a repair template, was delivered into protoplasts as a single stranded oligo [10] or as a double stranded DNA fragment [11]. The next challenge would be to regenerate whole plants from protoplasts and so far this is only possible for some plant species (e.g. N. benthamiana and Arabidopsis).

    HDR using CRISPR/Cas system has not yet been achieved in plants using A. tumefaciens delivery. In principle, the DNA repair template can be delivered together with the Cas9 and sgRNA in a T-DNA carrying all three components as reported for the I-SceI meganuclease [23]. For plant species that are not amenable to transformation by A. tumefaciens and cannot be regenerated out of protoplasts, the Cas9/sgRNA and donor DNA can be delivered into plant cells by callus bombardment as described for cotton in D’Halluin et al. [24].

    HDR-mediated genome editing can be problematic due to intrinsically low efficiency of homologous recombination (HR) as in the case of Arabidopsis [11]. The NHEJ DNA repair pathway is antagonistic to the HDR pathway. Therefore, HDR efficiency can be increased using mutants compromised in the NHEJ DNA repair mechanism (e.g. ku70 and lig4). In Arabidopsis, an increase of 5–16 fold in HDR-mediated gene targeting has been reported for the ku70 mutant and 3–4 fold for the lig4 mutant [25]. Once the desired gene-targeting event is produced, the ku70 or lig4 mutations can be crossed out of the mutant plants.

    Off-target mutations and plant genome editing

    Target specificity is an important issue for all genome editing technologies, including CRISPR/Cas. Recently, a number of reports have systematically examined specificity of the CRISPR/Cas system in human cells as well as in vitro[26–30]. The main conclusion is that the 3′ end of the guide sequence within the sgRNA predominantly confers target specificity of the CRISPR/Cas system. This is consistent with earlier reports [2, 5, 8]. Mismatches between the DNA target and the guide sequence of the sgRNA located within the last 8–10 bp of the 20 bp target sequence often abolish the target recognition by Cas9, while mismatches towards the 5′ end of the target are better tolerated. Presence of the PAM motif (NGG) right after the 20 bp target is essential, although Hsu et al. reported that a variant of the PAM with a noncanonical NAG sequence retains some activity [29]. Importantly, the number and position of tolerable mismatches between the DNA target and the guide sequence is target-dependent and users should be careful not to generalize the reported rates [26, 29].

    How prone is the CRISPR system to off-target activity when applied in plants? Off-targets were addressed in four reports [9–11, 14]. Two of them detected experimental evidence of off-target activity in rice [10, 14]. However, Nekrasov et al. did not detect off-target activity in N. benthamiana for 18 off-sites with sequence similarity to the target [9]. Overall, the number of tested off-sites in all studies was relatively small and general conclusions would be premature. A comprehensive study based on whole genome sequencing of mutant plants is required to fully address this issue in planta.

    Off-target mutations by the CRISPR system can be minimised by selecting target sequences that have reduced numbers of off-targets in the genome. Examples of algorithms for selecting specific targets have been reported for Arabidopsis and rice [11, 14, 15]. In any case, off-target mutations are less problematic in plants compared to animals, because they can easily be crossed out.

    Outlook

    The CRISPR/Cas technology has enormous potential as a straightforward genome-editing tool for basic and applied plant research. Considering the number of reports that have already been published on plant applications, the method appears to be easily applicable and robust. The major advantage of the CRISPR/Cas technology over ZFNs and TALENs is that the method does not require elaborate design and time-consuming assembly of individual DNA-binding proteins. In contrast, the CRISPR/Cas system is versatile and only requires a single Cas9 nuclease that can be programmed by engineering the sgRNA.

    Until recently, the possibility of recovering knockout lines by conventional reverse genetic approaches (T-DNA, TILLING) for a specific gene has been dictated by chance. The shorter the gene, the lower the probability to hit it with a T-DNA insertion or a mutation. Routine targeted mutagenesis opens up a new dimension in plant biology and should help to generate mutants in previously difficult to access genes, as well as simultaneously mutate multiple loci and generate large deletions [11, 13]. The likelihood of targeting a specific genomic locus is probably affected by various factors (e.g. chromatin context) but Cas9 does not seem to be affected by DNA methylation, at least in human cells [29].

    We foresee the CRISPR technology to become a routine method in plants for making targeted single and multiple gene knock-outs, introducing SNPs into a gene of interest, expressing proteins tagged with affinity or fluorescent tags at their native loci in the genome and much more. However, some questions remain to be addressed as the technology has only been implemented for a few months. One of the outstanding issues is whether genetic changes induced by Cas9/sgRNA can be inherited by the plant germline and transferred to subsequent generations. Genotyping the progeny of plants carrying Cas9/sgRNA induced mutations will answer this question. The relatively high off-target rate of the CRISPR system could be an issue as well. However, off-target effect can be minimised by making an informed decision about the choice of target sequence within a gene according to the algorithms described [11, 14, 15]. The plant field will soon benefit from an online tool analogous to http://crispr.mit.edu/[29] for designing CRISPR targets with a minimum off-target effect in various plant species. As mentioned earlier, the off-target mutations in plants are less problematic compared to human or animals as they can be easily bred out.

    Like ZFNs and TALENs, the CRISPR technology has become one of the new plant breeding techniques (NPBTs). NPBTs are currently debated by advisory and regulatory authorities in Europe and worldwide in relation to the GMO legislation [31–34]. These techniques make possible introducing plant genome modifications, which are indistinguishable from those introduced by conventional breeding and chemical or physical mutagenesis. As a result, crop varieties produced using the above mentioned technologies may be classified as non-GM. Excluding such crop varieties from the scope of the GMO legislation, especially in Europe, would have an enormous positive impact on the development of the plant biotechnology and breeding sector.

    Materials and methods

    Plasmid construction

    In the case of the lane 2 (Figure 4B), pK7WGF2::Cas9 and pICH86966::AtU6p::sgRNA_PDS (sgRNA1) [9] were co-expressed with pICH86966::AtU6p::sgRNA2 in N. benthamiana using the standard agroinfiltration protocol. pICH86966::AtU6p::sgRNA2 was created in the same way as pICH86966::AtU6p::sgRNA_PDS (sgRNA1) except that the oligos used to construct the sgRNA2 were PDS_gRNA2_BsaIf and gRNA_AGCG_BsaIr (Table 2).

    Table 2
    Primers used in this study

    Full size table

    In the case of the lane 4 (Figure 4B), Cas9 and both sgRNA1 and 2 were expressed in N. benthamiana from the single construct pAGM4723::AtU6p::sgRNA2-2x35S-5′UTR::Cas9::NOST-AtU6p::sgRNA1 as described above for the lane 2. The construct was assembled using the Golden Gate (GG) cloning method [35] as following. sgRNA1 was PCR-amplified with primers PDS_gRNA1_BsaIf and gRNA_AGCG_BsaIr, and sgRNA2 – with primers PDS_gRNA2_BsaIf and gRNA_AGCG_BsaIr using the plasmid gRNA_GFP_T1 [4] as a template. Both sgRNA1 and sgRNA2 PCR products were cut-ligated with the AtU6p level 0 module [9] into pICH47751 and pICH47732 level 1 vectors [35] respectively using BsaI.

    In order to use the human codon optimised Cas9 [4] in the GG system, all BsaI and BbsI sites had to be removed from its sequence, while preserving the amino acid composition of the protein, in a process called “domestication”. Fragments of the Cas9 coding sequence were amplified with six pairs of primers: Cas9_1f/Cas9_1r, Cas9_2f/Cas9_2r, Cas9_3f/Cas9_3r, Cas9_4f/Cas9_4r, Cas9_5f/Cas9_5r and Cas9_6f/Cas9_6-1r using the clone described in Mali et al. as a template. The resulting PCR fragments were cloned into the pCR-Blunt II-TOPO vector (Life Technologies). All six cloned fragments of Cas9 were then cut-ligated into a level 0 vector [35] using BbsI. The resulting Cas9 level 0 module was combined with 2x35S-5′UTR (pICH51288) and NOST (pICH41421) level 0 modules (provided by S. Marillonnet) and cut-ligated into the pICH47742 level 1 vector [35] using BsaI.

    pICH47732::AtU6p::sgRNA2, pICH47742::2x35S-5′UTR::Cas9::NOST and pICH47751::AtU6p::sgRNA1 level 1 constructs plus pELE-3 linker [35] were cut-ligated into the pAGM4723 level 2 vector (provided by S. Marillonnet) using BbsI. The resulting level 2 construct pAGM4723::AtU6p::sgRNA2-2x35S-5′UTR::Cas9::NOST-AtU6p::sgRNA1 was transformed into the AGL1 strain of A. tumifaciens.

    Transient gene expression in N. benthamiana

    Transient expression was performed using the AGL1 strain of A. tumefaciens as described in Bos et al. [36].

    Detection of Cas9-induced deletions in plant genomic DNA

    Cas9 and sgRNAs were transiently co-expressed in the N. benthamiana leaf tissue. The tissue was harvested at 2 days post infiltration and the genomic DNA extracted using the DNeasy Plant Mini kit (Qiagen). 50 ng of DNA was added in a PCR reaction and amplified with PDS_MlyIF and PDSseqr5 primers using the Phusion DNA polymerase (New England Biolabs). PCR products were run on a 3% agarose gel. The DNA from bottom bands in lanes 2 and 4 (Figure 4) was extracted and cloned into pCR-Blunt II-TOPO vector (Life Technologies). 15 individual clones were sequenced using standard M13 forward and M13 reverse primers.

    References

    1. Sorek R, Lawrence CM, Wiedenheft B: CRISPR-mediated adaptive immune systems in bacteria and archaea. Annu Rev Biochem 2013, 82: 237-266. 10.1146/annurev-biochem-072911-172315

      Article 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    2. Jinek M, Chylinski K, Fonfara I, Hauer M, Doudna JA, Charpentier E: A programmable dual-RNA-guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity. Science 2012, 337: 816-821. 10.1126/science.1225829

      Article 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    3. Jinek M, East A, Cheng A, Lin S, Ma E, Doudna J: RNA-programmed genome editing in human cells. Elife 2013, 2: e00471. 10.7554/eLife.00471

      Article 
      PubMed Central 
      PubMed 

      Google Scholar 

    4. Mali P, Yang L, Esvelt KM, Aach J, Guell M, DiCarlo JE, Norville JE, Church GM: RNA-guided human genome engineering via Cas9. Science 2013, 339: 823-826. 10.1126/science.1232033

      Article 
      PubMed Central 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    5. Cong L, Ran FA, Cox D, Lin S, Barretto R, Habib N, Hsu PD, Wu X, Jiang W, Marraffini LA, Zhang F: Multiplex genome engineering using CRISPR/Cas systems. Science 2013, 339: 819-823. 10.1126/science.1231143

      Article 
      PubMed Central 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    6. Cho SW, Kim S, Kim JM, Kim JS: Targeted genome engineering in human cells with the Cas9 RNA-guided endonuclease. Nat Biotechnol 2013, 31: 230-232. 10.1038/nbt.2507

      Article 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    7. Hwang WY, Fu Y, Reyon D, Maeder ML, Tsai SQ, Sander JD, Peterson RT, Yeh JR, Joung JK: Efficient genome editing in zebrafish using a CRISPR-Cas system. Nat Biotechnol 2013, 31: 227-229. 10.1038/nbt.2501

      Article 
      PubMed Central 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    8. Jiang W, Bikard D, Cox D, Zhang F, Marraffini LA: RNA-guided editing of bacterial genomes using CRISPR-Cas systems. Nat Biotechnol 2013, 31: 233-239. 10.1038/nbt.2508

      Article 
      PubMed Central 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    9. Nekrasov V, Staskawicz B, Weigel D, Jones JD, Kamoun S: Targeted mutagenesis in the model plant Nicotiana benthamiana using Cas9 RNA-guided endonuclease. Nat Biotechnol 2013, 31: 691-693. 10.1038/nbt.2655

      Article 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    10. Shan Q, Wang Y, Li J, Zhang Y, Chen K, Liang Z, Zhang K, Liu J, Xi JJ, Qiu JL, Gao C: Targeted genome modification of crop plants using a CRISPR-Cas system. Nat Biotechnol 2013, 31: 686-688. 10.1038/nbt.2650

      Article 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    11. Li JF, Norville JE, Aach J, McCormack M, Zhang D, Bush J, Church GM, Sheen J: Multiplex and homologous recombination-mediated genome editing in Arabidopsis and Nicotiana benthamiana using guide RNA and Cas9. Nat Biotechnol 2013, 31: 688-691. 10.1038/nbt.2654

      Article 
      PubMed Central 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    12. Feng Z, Zhang B, Ding W, Liu X, Yang DL, Wei P, Cao F, Zhu S, Zhang F, Mao Y, Zhu JK: Efficient genome editing in plants using a CRISPR/Cas system. Cell Res 2013, 23: 1229-1232. 10.1038/cr.2013.114

      Article 
      PubMed Central 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    13. Mao Y, Zhang H, Xu N, Zhang B, Gao F, Zhu JK: Application of the CRISPR-Cas system for efficient genome engineering in plants. Mol Plant doi:10.1093/mp/sst121 (August 20, 2013)

    14. Xie K, Yang Y: RNA-guided genome editing in plants using a CRISPR-Cas system. Mol Plant doi:10.1093/mp/sst119 (August 17, 2013)

    15. Miao J, Guo D, Zhang J, Huang Q, Qin G, Zhang X, Wan J, Gu H, Qu LJ: Targeted mutagenesis in rice using CRISPR-Cas system. Cell Res 2013, 23: 1233-1236. 10.1038/cr.2013.123

      Article 
      PubMed Central 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    16. Jiang W, Zhou H, Bi H, Fromm M, Yang B, Weeks DP: Demonstration of CRISPR/Cas9/sgRNA-mediated targeted gene modification in Arabidopsis, tobacco, sorghum and rice. Nucleic Acids Res doi:10.1093/nar/gkt780 (September 2, 2013)

    17. Van der Hoorn RA, Laurent F, Roth R, De Wit PJ: Agroinfiltration is a versatile tool that facilitates comparative analyses of Avr9/Cf-9-induced and Avr4/Cf-4-induced necrosis. Mol Plant Microbe Interact 2000, 13: 439-446. 10.1094/MPMI.2000.13.4.439

      Article 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    18. Deltcheva E, Chylinski K, Sharma CM, Gonzales K, Chao Y, Pirzada ZA, Eckert MR, Vogel J, Charpentier E: CRISPR RNA maturation by trans-encoded small RNA and host factor RNase III. Nature 2011, 471: 602-607. 10.1038/nature09886

      Article 
      PubMed Central 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    19. Mussolino C, Cathomen T: RNA guides genome engineering. Nat Biotechnol 2013, 31: 208-209. 10.1038/nbt.2527

      Article 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    20. Yang H, Wang H, Shivalila CS, Cheng AW, Shi L, Jaenisch R: One-step generation of mice carrying reporter and conditional alleles by CRISPR/Cas-mediated genome engineering. Cell 2013, 154: 1370-1379. 10.1016/j.cell.2013.08.022

      Article 
      PubMed Central 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    21. Wang HY, Yang H, Shivalila CS, Dawlaty MM, Cheng AW, Zhang F, Jaenisch R: One-step generation of mice carrying mutations in multiple genes by CRISPR/Cas-mediated genome engineering. Cell 2013, 153: 910-918. 10.1016/j.cell.2013.04.025

      Article 
      PubMed Central 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    22. Voytas DF: Plant genome engineering with sequence-specific nucleases. Annu Rev Plant Biol 2013, 64: 327-350. 10.1146/annurev-arplant-042811-105552

      Article 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    23. Fauser F, Roth N, Pacher M, Ilg G, Sanchez-Fernandez R, Biesgen C, Puchta H: In planta gene targeting. Proc Natl Acad Sci USA 2012, 109: 7535-7540. 10.1073/pnas.1202191109

      Article 
      PubMed Central 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    24. D’Halluin K, Vanderstraeten C, Van Hulle J, Rosolowska J, Van Den Brande I, Pennewaert A, D’Hont K, Bossut M, Jantz D, Ruiter R, Broadhvest J: Targeted molecular trait stacking in cotton through targeted double-strand break induction. Plant Biotechnol J 2013, 11: 933-941. 10.1111/pbi.12085

      Article 
      PubMed Central 
      PubMed 

      Google Scholar 

    25. Qi Y, Zhang Y, Zhang F, Baller JA, Cleland SC, Ryu Y, Starker CG, Voytas DF: Increasing frequencies of site-specific mutagenesis and gene targeting in Arabidopsis by manipulating DNA repair pathways. Genome Res 2013, 23: 547-554. 10.1101/gr.145557.112

      Article 
      PubMed Central 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    26. Fu Y, Foden JA, Khayter C, Maeder ML, Reyon D, Joung JK, Sander JD: High-frequency off-target mutagenesis induced by CRISPR-Cas nucleases in human cells. Nat Biotechnol 2013, 31: 822-826. 10.1038/nbt.2623

      Article 
      PubMed Central 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    27. Pattanayak V, Lin S, Guilinger JP, Ma E, Doudna JA, Liu DR: High-throughput profiling of off-target DNA cleavage reveals RNA-programmed Cas9 nuclease specificity. Nat Biotechnol 2013, 31: 839-843. 10.1038/nbt.2673

      Article 
      PubMed Central 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    28. Mali P, Aach J, Stranges PB, Esvelt KM, Moosburner M, Kosuri S, Yang L, Church GM: CAS9 transcriptional activators for target specificity screening and paired nickases for cooperative genome engineering. Nat Biotechnol 2013, 31: 833-838. 10.1038/nbt.2675

      Article 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    29. Hsu PD, Scott DA, Weinstein JA, Ran FA, Konermann S, Agarwala V, Li Y, Fine EJ, Wu X, Shalem O, et al.: DNA targeting specificity of RNA-guided Cas9 nucleases. Nat Biotechnol 2013, 31: 827-832. 10.1038/nbt.2647

      Article 
      PubMed Central 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    30. Carroll D: Staying on target with CRISPR-Cas. Nat Biotechnol 2013, 31: 807-809. 10.1038/nbt.2684

      Article 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    31. Lusser M, Davies HV: Comparative regulatory approaches for groups of new plant breeding techniques. N Biotechnol 2013, 30: 437-446. 10.1016/j.nbt.2013.02.004

      Article 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    32. Lusser M, Parisi C, Plan D, Rodriguez-Cerezo E: Deployment of new biotechnologies in plant breeding. Nat Biotechnol 2012, 30: 231-239. 10.1038/nbt.2142

      Article 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    33. Pauwels K, Podevin N, Breyer D, Carroll D, Herman P: Engineering nucleases for gene targeting: safety and regulatory considerations. N Biotechnol doi:10.1016/j.nbt.2013.07.001 (July 12, 2013)

    34. Kuzma J, Kokotovich A: Renegotiating GM crop regulation. Targeted gene-modification technology raises new issues for the oversight of genetically modified crops. EMBO Rep 2011, 12: 883-888. 10.1038/embor.2011.160

      Article 
      PubMed Central 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    35. Weber E, Engler C, Gruetzner R, Werner S, Marillonnet S: A modular cloning system for standardized assembly of multigene constructs. PLoS One 2011, 6: e16765. 10.1371/journal.pone.0016765

      Article 
      PubMed Central 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    36. Bos JI, Kanneganti TD, Young C, Cakir C, Huitema E, Win J, Armstrong MR, Birch PR, Kamoun S: The C-terminal half of Phytophthora infestans RXLR effector AVR3a is sufficient to trigger R3a-mediated hypersensitivity and suppress INF1-induced cell death in Nicotiana benthamiana. Plant J 2006, 48: 165-176. 10.1111/j.1365-313X.2006.02866.x

      Article 
      CAS 
      PubMed 

      Google Scholar 

    Download references

    Acknowledgements

    We thank Jonathan D. G. Jones for help with designing the Cas9 domestication strategy, Sylvestre Marillonnet and Icon Genetics, Halle, Germany for providing plasmid vectors, and the LFCats for discussion. This work was supported by the Gatsby Charitable Foundation, the European Research Council (ERC), and the Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC).

    Author information

    Author notes

      Authors and Affiliations

      1. The Sainsbury Laboratory, Norwich Research Park, Norwich, UK

        Khaoula Belhaj, Angela Chaparro-Garcia, Sophien Kamoun & Vladimir Nekrasov

      Authors

      1. Khaoula Belhaj

        You can also search for this author in
        PubMed Google Scholar

      2. Angela Chaparro-Garcia

        You can also search for this author in
        PubMed Google Scholar

      3. Sophien Kamoun

        You can also search for this author in
        PubMed Google Scholar

      4. Vladimir Nekrasov

        You can also search for this author in
        PubMed Google Scholar

      Corresponding authors

      Correspondence to
      Sophien Kamoun or Vladimir Nekrasov.

      Additional information

      Competing interests

      The authors declared that they have no competing interests.

      Authors’ contributions

      SK proposed the idea of the manuscript and wrote the outline. VN performed experiments. KB, ACG, SK and VN wrote the manuscript. All authors read and approved the final manuscript.

      Khaoula Belhaj, Angela Chaparro-Garcia contributed equally to this work.

      Authors’ original submitted files for images

      Rights and permissions

      Open Access
      This article is published under license to BioMed Central Ltd. This is an Open Access article is distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (
      https://creativecommons.org/licenses/by/2.0
      ), which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly credited. The Creative Commons Public Domain Dedication waiver (
      https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/
      ) applies to the data made available in this article, unless otherwise stated.

      Reprints and Permissions

      About this article

      Cite this article

      Belhaj, K., Chaparro-Garcia, A., Kamoun, S. et al. Plant genome editing made easy: targeted mutagenesis in model and crop plants using the CRISPR/Cas system.
      Plant Methods 9, 39 (2013). https://doi.org/10.1186/1746-4811-9-39

      Download citation

      • Received: 12 September 2013

      • Accepted: 07 October 2013

      • Published: 11 October 2013

      • DOI: https://doi.org/10.1186/1746-4811-9-39

      Keywords

      • CRISPR
      • Cas9
      • Plant
      • Genome editing
      • Genome engineering
      • Targeted mutagenesis

      Статья на конкурс «био/мол/текст»: Испокон веков люди пытаются улучшить урожаи сельскохозяйственных культур. Статья повествует о том, какими средствами пользовались селекционеры на протяжении развития растениеводства, а особое внимание уделяется одному из самых современных и многообещающих методов молекулярной генетики растений — цисгеномике. Пора узнать, чем отличаются трансгенные организмы от цисгенных!

      От неосознанного отбора к направленной селекции и генетической модификации растений

      С незапамятных времен люди стремились улучшить качество и свойства используемых растений. Для этого они выбирали лучшие плоды и самые крупные зерна, бессознательно изменяя растения в нужном направлении. С развитием генетики, открывшей законы наследственности и изменчивости, появилась возможность осознанно управлять передачей необходимых признаков. Экспериментаторы поняли, что методом простого отбора человек не может получить принципиально новых свойств у разводимых организмов, так как при отборе можно выделить только те генотипы, которые уже существуют в популяции. Поэтому для получения новых сортов растений стали применять гибридизацию — скрещивание организмов с желаемыми признаками. Несмотря на то, что этот метод используется уже более века, процесс создания новых сортов остается очень трудоемким и требует многих лет напряженной работы. Современное сельское хозяйство испытывает острую необходимость в новых сортах, отличающихся устойчивостью к воздействию биотических и абиотических факторов окружающей среды, высокой продуктивностью и продолжительными сроками хранения урожая. На сегодняшний день показано, что такими качествами обладают дикие предки культивируемых растений. Чтобы передать их «полезные» гены современным сортам, необходимо проведение межвидового скрещивания, которое технологически сложнее и возможно далеко не для всех культур в силу генетической несовместимости.

      Выход из этой ситуации появился с развитием генетической инженерии, которая сделала возможным перенос генов из одного организма в другой.

      Различные виды генетически модифицированных растений

      Генетически модифицированный организм (ГМО) — организм, генотип которого был целенаправленно изменен при помощи методов генной инженерии *. Основными способами биотехнологического изменения генома растений являются: искусственный мутагенез (физический и химический), трансгенез — введение гена неродственного организма, интрагенез — введение гена самогό организма или его «выключение», а также цисгенез — введение гена близкородственного вида, с которым возможно природное скрещивание.

      * — На биомолекуле можно найти и размышления о пользе/вреде ГМ-растений, и «рецептуру приготовления» ГМ-риса и даже стратегии создания растительных фабрик: «Трансгенные растения — спасители планеты или бомбы замедленного действия?» [1], «Готовим ГМ-рис вместе» [2], «Растения-биофабрики» [3]. — Ред.

      В 1994 году появилось первое коммерческое генно-инженерное растение — томат Flavr Savr [1, 4]. Вслед за этим стали активно создаваться трансгенные растения, устойчивые к биотическим и абиотическим факторам среды. (Отметим, что трансгенным считают такой организм, в геном которого искусственно введен ген, который не может быть приобретен при естественном скрещивании.) Ученые нашли необходимые гены устойчивости в геномах бактерий и насекомых и перенесли их в растительные организмы [5]. Обывателю покажется, что это достаточно рискованно, потому что, на первый взгляд, в природе такого быть не может (хотя есть и исключения — например, почвенная бактерия Agrobacterium tumefaciens переносит свои гены в растительные клетки для получения необходимых метаболитов).

      Другая проблема, с которой связано получение трансгенных растений, — это использование антибиотиков. Для того чтобы узнать, попал ли интересующий ученых ген в геном растительной клетки, необходим некий маркер (репортер), который отделит клетки с внедрившимся чужеродным геном от неудачных образцов. Такими репортерами и являются гены, кодирующие устойчивость к антибиотикам. Клетки, подвергшиеся изменениям, высаживают на среду с антибиотиком, и, если они остались живы, значит, ген устойчивости проник в их геном, а с ним — и наш целевой ген. Несмотря на то, что трансгенные растения являются мощным фактором развития сельского хозяйства и экономики, возможность их использования провоцирует широкое общественное обсуждение.

      Принимая во внимание всеобщую обеспокоенность биологической безопасностью трансгенных продуктов питания, в настоящее время активно разрабатывается новый подход для модификации сортов растений — цисгенез [5–7].

      Применение геномного секвенирования сельскохозяйственно-значимых культур, таких как кукуруза, картофель, рис, и разработка эффективных технологий выделения новых генов расширили границы возможностей улучшения сельскохозяйственных культур. В последние десятилетия описан широкий круг генов, кодирующих важные качественные и количественные признаки как самих сельскохозяйственных культур, так и их дикорастущих родственников. Эти гены выделены и перенесены в геномы элитных сортов. Полученные в результате таких манипуляций растения называют цисгенными, чтобы отделить их от понятия трансгенов [5].

      Цисгенез — такая технология генетической модификации рекомбинантной ДНК, при которой манипуляция происходит с использованием ДНК того же или близкородственного вида растения, с которым возможен половой процесс [8]. В отличие от трансгенных, такие растения не содержат гены неродственных организмов и гены устойчивости к антибиотикам (рис. 1). Это дает возможность ожидать, что общество с большей легкостью воспримет цисгенные растения, нежели трансгенные. Так, опрос в штате Миссисипи показал, что 81% респондентов готов употреблять в пищу цисгенные растения, в то время как лишь 14-23% согласны на трансгенные [5].

      Таблица 1. Характеристики различных подходов генетической модификации

      Трансгенез Цисгенез Интрагенез
      • Для внедрения в геном растения используются гены любого организма (растения, бактерий, насекомых и др.)
      • Ген редактируется, изменяется
      • Используются маркерные гены
      • Используется ген близкородственного вида, с которым возможно природное скрещивание
      • Все компоненты гена (промотор, интроны и терминатор) сохраняются в природной форме
      • Селекционные маркеры удаляются
      • Ген и его регуляторные элементы могут принадлежать самому растению или видам, с которыми возможно перекрестное опыление
      • Последовательность основных элементов может быть изменена
      • Возможно выключение гена
      • Селекционные маркеры удаляются

      Виды изменений генома

      Рисунок 1. Изменение генома при классической селекции, трансгенезе и цисгенезе.

      Цисгенез = классическая селекция?

      Современное состояние вопроса о повышении качества и урожайности сельскохозяйственных растений можно объяснить на примере такой стратегически важной культуры, как картофель.

      Представим себе, что у нас есть элитный сорт картофеля, который дает прекрасный — качественный и обильный — урожай, но подвержен инфекционным заболеваниям. А еще нам известно, что есть вид дикого картофеля, который не дает никакого съедобного урожая, но при этом устойчив к болезням. Первым делом мы пытаемся выяснить, что в геноме дикого вида определяет его устойчивость (см. врезку). Возможности современной молекулярной генетики и геномики растений позволяют нам найти тот ген, который отвечает за устойчивость, выделить его открытую рамку считывания и участок ДНК, контролирующий его экспрессию, вырезать их, клонировать и внедрить в геном нашего элитного сорта, не внося никаких кардинальных изменений ни в геном сорта, ни в нуклеотидную последовательность гена, которой мы оперируем. Таким образом, если наши манипуляции прошли успешно, мы получаем исходный элитный сорт картофеля, который так же дает прекрасные клубни, но при этом не подвержен заражению паразитами, и мы не теряем урожай.

      На сегодняшний день цисгеномика является альтернативным подходом, а основным инструментом создания новых сортов растений остаются классические методы селекции. Для этого мы скрещиваем наш элитный сорт с диким видом картофеля, получаем гибрид, у которого половина генетического материала происходит от исходного элитного сорта, а половина — от дикого предка. Таким образом мы приобретаем устойчивый к паразитам гибрид. Заметим, что мы при этом теряем половину полезных генов, которые были у элитного сорта, и наш новый гибрид не дает такого обильного и вкусного урожая, который долго хранится и не боится холодов. Более того, помимо желаемого гена устойчивости от дикого предка наш гибрид получает еще тысячи ненужных (а возможно, и опасных) сцепленных с ним генов, продукты которых могут оказаться токсичными. Подобная ситуация нас не устраивает, и мы проводим так называемое «обратное насыщающее скрещивание»: пытаемся вернуть нашему гибриду «утерянные» гены элитной родительской формы. Для этого мы опять скрещиваем наш гибрид с элитным сортом, тем самым «разбавляя» его генόм. И так множество раз. Заметим, что после каждого скрещивания должно пройти достаточно времени, чтобы новый гибрид вырос и дал урожай. В результате процесс классической селекции обычно затягивается на десятки лет.

      Если вы всё еще против генетически модифицированных растений, представим следующую ситуацию: у нас есть элитный сорт картофеля, единственным слабым местом которого является подверженность заболеваниям. Классическая селекция отнимает слишком много сил и времени и не дает надежного результата, а генетически модифицированные растения не внушают доверия. Даже в этой ситуации есть альтернатива! Химическая промышленность изобрела огромное количество разнообразных пестицидов, которые защитят наш картофель от болезней. Этот путь самый простой и самый опасный: загрязнение окружающей среды химическими реагентами может привести к катастрофическим последствиям (см. врезку).

      Таблица 2. Сравнение современных методов улучшения продуктивности растений.

      Метод Принцип метода Достоинства Недостатки
      Классическая селекция Гибридизация Многократные скрещивания видов или сортов с интересующими селекционера признаками с дальнейшим искусственным отбором Проверено временем, не вызывает опасений в обществе Требует больших временных затрат (от трех до 15 лет)
      Скрещивание возможно не для всех растений
      Искусственный мутагенез Физическая (радиация) и химическая (супермутагены) обработка семян растений и самих растений с дальнейшим жестким отбором Образование новых признаков и свойств Требует больших временных затрат
      Низкая продуктивность, опасность для здоровья экспериментатора
      ГМО Трансгенез Ген, определяющий хозяйственно важные признаки, переносится в геном изменяемого растения из бактерии, насекомого или другого неродственного организма Существует большое разнообразие потенциально полезных генов, которые можно перенести в культурные растения Вызывает опасения в обществе
      Интрагенез Улучшение свойств растения за счет внедрения в его геном дополнительной копии своего же гена (сверхэкспрессия) Не используются чужеродные гены Мало потенциально значимых генов в геноме самого растения, при этом многие признаки могут иметь полигенную природу
      Цисгенез В геном элитного сорта переносится ген из близкородственного вида растения, с которым потенциально возможно скрещивание в природе Результат метода абсолютно аналогичен классической селекционной работе, но при этом существенно экономит время и гарантирует отсутствие попадания в геном нежелательных сцепленных генов растения-донора Круг интересных хозяйственно важных генов меньше по сравнению с трансгенными растениями
      Другие способы повышения продуктивности растений Химические реагенты Химические реагенты распыляются в большом количестве на поля и напрямую убивают вредителей растений (бактерий, грибы, сорняки и насекомых), тем самым повышая урожайность Скорость Наносится существенный вред окружающей среде, нарушается баланс в природе. Химические вещества накапливаются в растениях и продуктах питания, в результате попадая в организм потребителей
      Биологические способы Обработка тепличных растений

      • бактериофагами — против бактериальных болезней,
      • «полезными» микроорганизмами — против насекомых
      • насекомыми, питающимися насекомыми-вредителями (например, божьи коровки питаются тлей)
      Безопасность Высокая стоимость

      Итак, цисгенные растения, главной целью создания которых является перенесение генов устойчивости в коммерчески успешные сорта, экономят время селекционеров, не требуют применения пестицидов, не нарушают экосистему, затраты на их выращивание минимальны, а урожай максимальный. В 2012 году Европейское агентство по безопасности продуктов питания (EFSA) опубликовало доклад, в котором сравнивался потенциальный вред растительных продуктов, полученных различными способами. В результате был сделан вывод о том, что риски, связанные с употреблением цисгенных растений и сортов, полученных методами классической селекции, сопоставимы [17].

      Однако формально цисгенные растения подходят под определение генетически модифицированных организмов. В России правовое регулирование данной области базируется на Федеральном законе от 05.07.1996 № 86-ФЗ «О государственном регулировании в области генно-инженерной деятельности». В 2015 году правительство приняло законопроект об отказе от применения технологий генетической модификации при производстве продуктов питания. Если ситуация изменится, использование этой технологии приведет к бурному развитию сельского хозяйства.

      1. Трансгенные растения — спасители планеты или бомбы замедленного действия?;
      2. Готовим ГМ-рис вместе;
      3. Растения-биофабрики;
      4. Википедия: «Flavr Savr» (англ.);
      5. Telem R.S., Wani S.H., Singh N.B., Nandini R., Sadhukhan R., Bhattacharya S., Mandal N. (2013). Cisgenics — a sustainable approach for crop improvement. Curr. Genomics. 14, 468–476;
      6. Jacobsen E. and Schouten H.J. (2008). Cisgenesis, a new tool for traditional plant breeding, should be exempted from the regulation on genetically modified organisms in a step by step approach. Potato Research51, 75–88;
      7. Espinoza C., Schlechter R., Herrera D., Torres E., Serrano A., Medina C., Arce-Johnson P. (2013). Cisgenesis and intragenesis: new tools for improving crops. Biol. Res. 46, 323–331;
      8. Schouten H.J., Krens F.A., Jacobsen E. (2006). Cisgenic plants are similar to traditionally bred plants: international regulations for genetically modified organisms should be altered to exempt cisgenesis. EMBO Rep. 7, 750–753;
      9. Ellis J. and Jones D. (1998). Structure and function of proteins controlling strain-specific pathogen resistance in plants. Curr. Opin. Plant Biol1, 288–293;
      10. Яды — высокоточное оружие: компьютерное исследование природных нейротоксинов;
      11. Flor H.H. (1971). Current status of the gene-for — gene concept. Ann. Rev. Phytopathol. 9, 275–296;
      12. Шамрай С.Н. (2003). Гены устойчивости растений: молекулярная и генетическая организация, функции и эволюция. Журнал общей биологии64, 195–214;
      13. Чекалин Н.М. Генетические основы селекции зернобобовых культур на устойчивость к патогенам. Полтава: Iнтерграфiка, 2003. — 186 с.;
      14. Шорохов М.Н. Рынок средств защиты растений (СЗР) в мире и России. СПб: Санкт-Петербургский государственный аграрный университет, 2003. — 25 с.;
      15. Куценко С.А. Основы токсикологии. М.: Фолиант, 2004. — 570 с.;
      16. Википедия: «Бхопальская катастрофа»;
      17. Andersson H.C., Arpaia S., Bartsch D., Casacuberta J., Davies H., du Jardin P. et al. (2012). Scientific opinion addressing the safety assessment of plants developed through cisgenesis and intragenesis. EFSA Journal10, 2561..

      ГЕННАЯ ИНЖЕНЕРИЯ РАСТЕНИЙ

      5.1 Проблемы биобезопасности

      5.2. Получение трансгенных растений

      5.3. Применение методов генетической инженерии для улучшения аминокислотного состава запасных белков растений

      5.4. Повышение эффективности процесса фотосинтеза

      5.5. Генно-инженерные подходы к решению проблемы усвоения азота

      5.6. Изменение качества плодов

      5.7. Устойчивость растений к гербицидам

      5.8. Устойчивость растений к фитопатогенам и насекомым

      5.9. Устойчивость растений к абиотическим стрессам

      Генно-инженерные методы, в частности технология рекомби­нантных ДНК, позволяют создавать новые генотипы и, следовательно, новые формы растений гораздо быстрее, чем классические методы селекции. Кроме того, появляется возможность целена­правленного изменения генотипа — трансформации — благода­ря введению определенных генов.

      Считается, что трансгенные растения более безопасны, чем сорта, полученные методами традиционной селекции, но с при­менением мутагенеза (В. Ф. Федоренко и др., 2005). Есть мнение, что риск использования трансгенных растений в мирных биотех­нологиях намного ниже, чем в случае применения других транс­генных организмов (Я. И. Бурьянов, 1999). Генетическая инжене­рия растений развивается очень быстрыми темпами. Она позво­ляет решать проблемы фундаментальной науки, а также много­численные практические задачи. Намечается тенденция разделе­ния прикладных генно-инженерных исследований на три направ­ления:

      1. Решение проблем сельскохозяйственного комплекса, таких, как повышение продуктивности сельскохозяйственных растений, их защита от различных биотических и абиотических факторов. Это особенно важно в связи с быстрым ростом населения Земли. Считается, что генетически модифицированные (ГМ) растения помогут решить проблему увеличения производства продуктов питания, поэтому сейчас наблюдается весьма значительное рас­ширение сельскохозяйственных угодий, занятых посевами ГМ — растений. Если в 1996 г. эти посевы занимали 1,7 млн га, то в 2001 г. — 52,6 млн га, а в 2003 г. — почти 70 млн га.
      2. Создание трансгенных растений — продуцентов новых ве­ществ для использования в области медицины и технической про­мышленности, приспособленных для роста в полевых условиях. Так, на основе трансгенных растений возможно получение «съе­добных» вакцин, антител (например, иммуноглобулиновых ком­плексов).

      Развитие и совершенствование культуры трансгенных клеток и тканей растений, синтезирующих ценные биологически активные соединения. Довольно часто продуцентами важных пищевых, лекарственных или технически важных веществ служат уникальные тропические и эндемические растения, не доступные для выращи­вания в других климатических зонах или занесенные в «Красную книгу». Перенос генов, отвечающих за синтез специфических со­единений, из редких растений в более доступные превращает пос­ледние в биологические фабрики необходимых веществ.

      Генетическая трансформация может принести большую пользу для сельского хозяйства, медицины, промышленности, фундамен­тальной науки.

      Однако биотехнология и, в частности, генетическая инжене­рия подошли к той ступени развития, когда приходится прежде всего думать о возможных последствиях эксперимента, об исполь­зовании полученных знаний. «Генетическая инженерия — это мощный способ изменить жизнь, но ее потенциал может пред­ставлять собой опасность» (Р. Доукинс, цит.: Современная биотех­нология. Мифы и реальность, 2004). В связи с этим первостепен­ными становятся вопросы биологической безопасности.

      Под биологической безопасностью понимается защищен­ность человека, общества, цивилизации и окружающей среды от вредного воздействия, опасного для жизни и здоровья лю­дей, от токсичных и аллергенных биологических веществ и со­единений, содержащихся в природных или генетически моди­фицированных биологических объектах и полученных из них продуктах (О. С. Машкина, А. К. Буторина, 2005). В настоящее время выделяют три группы риска, возникающие при возделы­вании и потреблении генетически модифицированных организ­мов (ГМО): пищевые, экологические, агротехнические. Причи­ны возникновения этих рисков состоят в непредсказуемости встраивания дополнительной ДНК в геном организма, возмож­ности плейотропного эффекта встроенного гена, нарушении стабильности генома трансгенных растений, присутствии во встраиваемой конструкции «лишних» векторных генов, аллерги­ческих и токсических эффектах чужеродного белка, возможно­сти горизонтального переноса трансгенных конструкций в геном симбионтных для человека и животных бактерий (В. В. Кузнецов и др., 2004). По-видимому, есть закономерность между увеличе­нием числа аллергических заболеваний и потреблением ГМ-про- дуктов в странах, где это потребление разрешено. Так, в США и Скандинавии был проведен сравнительный анализ количества пищевых заболеваний. Эти страны были выбраны в связи с тем, что единственным существенным различием в качестве питания были потребление генетически модифицированных продуктов в США и их отсутствие в рационе народов Скандинавии. Оказа­лось, что в США частота пищевых заболеваний в 3 — 5 раз выше

      чем в странах Скандинавии (В. В. Кузнецов и др., 2004). Нельзя исключить, что генетическая инженерия может привести к ре­зультатам, опасным для человека и природы. Поэтому несомнен­но, что биологическая безопасность должна стать одной из при­оритетных задач человечества в целом и каждой цивилизован­ной страны в отдельности (А.С.Спирин, 1997, цит.: В.В.Кузне­цов и др., 2004).

      5.2. Получение трансгенных растений

      Технологии получения трансгенных растений практически совпадают с теми технологиями, которые обсуждались в учебном пособии, когда речь шла о передаче генетической информации у микроорганизмов и животных. Поэтому в данном разделе рас­смотрим только те системы, которые специфичны для раститель­ных организмов.

      Векторы на основе Ti-плазмид. Перенос генов и их встраи­вание в геном двудольных растений (трансформация) осуществ­ляются главным образом благодаря конструированию векторов, характерных для растений. Эти векторы создаются на основе Ti-плазмид, находящихся в клетках бактерий Agrobacterium faciens.

      Среди многочисленных почвенных бактерий существуют бак­терии рода Agrobacteria, которые могут передавать часть своих генов в геном растительной клетки, вызывая коренные измене­ния в ее свойствах. Так, бактерия A. tumefaciens вызывает обра­зование опухолей — корончатых галлов. Способность этой бак­терии к образованию опухоли связана с геномом большой внехромосомной плазмиды —Ti-плазмиды (от англ. tumor inducing — ин­дуцирующие опухоль). Другие бактерии ( . rhizogenes) вызывают усиленное образование корней при заражении растений. За этот процесс ответственны содержащиеся в бактериальных клетках Ri- плазмиды (от англ. root inducing — индуцирующий корни). Ti- и Ri-плазмиды — естественные векторы для дополнительных генов, обладающие свойствами, которые необходимы для трансформа­ции растительных клеток. Они имеют широкий круг хозяев, а в бактериальных клетках реплицируются автономно. Ri-плазмиды выгодно отличаются от Ti-плазмид тем, что они не онкогенны. Клетки растений, трансформированные с помощью Ri-плазмид, сохраняют способность к морфогенезу и регенерации растений. В связи с этим Ri-плазмиды в данный момент рассматриваются как более перспективные для создания векторов. Однако Ti-плаз­миды изучены лучше, поэтому их, как правило, используют при работе с растениями.

      Доказательством того, что именно Ti-плазмиды отвечают за трансформацию растительных клеток в опухолевые, служит тот факт, что клетки агробактерий, лишенные Ti-плазмид, не могут вызвать в инфицированном растении ни образования коронча­тых галлов, ни синтеза опинов. Опины — это уникальные продук­ты конденсации амино- и кетокислот или аминокислот и сахаров, которые используются бактериями в качестве источников азота, углерода и энергии.

      После заражения часть Ti-плазмиды встречается в хромосомах клеток растения-хозяина. Следовательно, A. tumefaciens встраи­вает часть своего генома в ДНК растительной клетки и заставля­ет ее таким способом изменять метаболизм, синтезируя вещества, необходимые для бактерий. Сама бактерия в растительную клет­ку не проникает. Она остается в межклеточном пространстве, используя трансформированные клетки растений в качестве био­логической «фабрики» по производству опинов.

      Участок Ti-плазмиды, который встраивается в геном расти­тельных клеток, называется Т-ДНК — трансформирующая ДНК (transferred DNA). Величина Т-ДНК составляет примерно 10% от размера всей Ti-плазмиды, т.е. 12—22 тыс. п.н. Т-ДНК содержит гены, отвечающие за индукцию образования опухоли, синтез опи­нов и фитогормонов (ауксинов и цитокининов), подавляющих дифференцировку клеток растения-хозяина. Гены, отвечающие за вырезание Т-ДНК и ее перенос в растительную клетку, располо­жены в области вирулентности (vir-область) той же самой плаз­миды. Кроме того, в состав Ti-плазмиды входят гены tra-области, контролирующие конъюгацию бактерий, и гены ori-области, продукты которых обеспечивают репликацию Ti-плазмиды (рис. 5.17).

      Молекулярно-генетический механизм естественной трансфор­мации растительных клеток с помощью Ti-плазмид изучен дос­таточно хорошо. В этом процессе можно выделить несколько этапов:

      • восприятие раневых си гнал ор растительной клетки хеморе­цепторами бактерии и прикрепление агробактерии к стенке клет­ки растения;
      • вырезание Т-ДНК из Ti-плазмиды;
      • проникновение Т-ДНК внутрь клетки растения;
      • интеграция Т-ДНК в геном растения и ее экспрессия.

      Трансформация начинается только там, где есть поврежденные клетки. Весь процесс «узнавания» нужной растительной клетки, вырезания, транспорта и встраивания Т-ДНК в растительный геном осуществляют белки — продукты генов, локализованных в vir-области Ti-плазмиды. Продукты гидролиза поврежденной кле­точной стенки (ацетосирингон и гидроксиацетосирингон) воспринимают хеморецепторы, встроенные в плазматическую мем­брану агробактерии.

      схема расположения некоторых областей генов в Ti-плазмиде

      Среди них одна из главных ролей принадле­жит продукту деятельности генов vir-области — гистидиновой протеинкиназе, которая активирует транскрипцию остальных vir- генов. Индукция этих генов обратима, что очень важно для бак­терий. Если растительный организм ослаблен или вообще нежиз­неспособен, процесс останавливается и Т-ДНК не переносится в такую клетку. Другой продукт генов vir-области — эндонуклеаза, которая отвечает за вырезание Т-ДНК. Белки virB и virE транс­портируют Т-ДНК в одноцепочечной форме из бактерии в цито­плазму растительной клетки. Механизм переноса Т-ДНК, по-ви­димому, аналогичен переносу плазмидной ДНК в процессе конъ­югации. Встраивание Т-ДНК в геном клетки растения становит­ся возможным благодаря наличию гомологичных участков между растительной и плазмидной ДНК в местах встраивания. После внедрения Т-ДНК становится обычной частью генома растения и наследуется как доминантный признак в соответствии с зако­нами Менделя (рис. 5.18).

      Схема внедрению Т-ДНК в растительную клетку

      Именно способность участка Ti-плазмиды A. tumefaciens встраиваться и экспрессироваться в геноме растительной клетки послужила поводом для попытки создания на основе этой плаз­миды вектора, доставляющего дополнительные гены в клетку. Т-ДНК ограничена с двух сторон повторяющимися последова­тельностями (фланкирующими последовательностями), по кото­рым и происходит вырезание этого участка ДНК из плазмиды. Ка­залось бы, что любая ДНК, встроенная между этими последова­тельностями, будет принята за Т-ДНК и перенесена в раститель­ную клетку любых двудольных растений.

      Однако,Ti-плазмида как вектор обладает некоторыми недо­статками: большие размеры Ti-плазмиды (от 200 до 800 тыс. п. н.); отсутствие способности реплицироваться в клетках Е. coli, что необходимо для клонирования рекомбинантных плазмид; неспо­собность трансформированных с помощью Ti-плазмид клеток к регенерации целого растения; неспособность к трансформации клеток почти всех однодольных растений. Основной недостаток — слишком большие размеры Ti-плазмиды, которые делают весьма затруднительными манипуляции с ней во время конструирования вектора. Для решения этой проблемы разработана технология создания промежуточного вектора с применением классического объекта генетической инженерии – Е.coli.

      Процесс начинается с создания рекоминантной структутры, которую можно достаточно просто клонировать, т.е. многократно увеличивать число ее копий. Т-ДНК вырезают в помощью рестриктаз из Ti-плазмиды и встраивают в небольшую плазмиду pBR322, способную реплицироваться в клетках E.coli. В этих клетках рекомбинантную ДНК клонируют, после чего встраива­ют в Т-ДНК дополнительные гены и повторяют клонирование. Полученные многочисленные копии промежуточной векторной ДНК вводят в клетки A. tumefaciens, содержащие обычные Ti- плазмиды. В результате гомологичной рекомбинации Т-ДНК с встроенными в нее дополнительными генами замещает нормаль­ную Т-ДНК в Ti-плазмидах. После этого отбирают с помощью генов-маркеров трансформированные агробактерии и заражают ими растительные клетки. Дополнительные гены вместе с Т-ДНК встраиваются в геном растения, и в конце концов образуется ге­нетически модифицированный организм с заданными свойства­ми (рис. 5.19). Эту довольно сложную технологию можно упрос­тить, если использовать бинарные векторы.

      Схема получения трансгенного растения в помощью вектора

      Бинарные векторы представляют собой бактерии, содержащие две разные Ti-плазмиды. Одна из них несет vir-область и обеспе­чивает интеграцию в геном растительной клетки Т-области, со­держащей любые гены другой плазмиды. В этом случае двойной кроссинговер не требуется.

      Векторы на основе ДНК-содержащих вирусов растений. Вирусы можно рассматривать как разновидности чужеродной нуклеиновой кислоты, которые реплицируются и экспрессиру­ются в клетках растений. Подавляющее большинство фитовиру­сов в качестве носителя генетической информации содержат РНК. Только 1 — 2% вирусов, инфицирующих растения, отно­сятся к ДНК-содержащим. Именно эти вирусы удобны для ис­пользования в технологии рекомбинантных ДНК, а также в ка­честве векторов.

      ДНК-содержащие вирусы могут включать одноцепочечную или двухцепочечную ДНК. В качестве представителей первой группы можно назвать вирус золотистой мозаики фасоли (ВЗМФ) или вирус полосатости кукурузы. Наиболее изученный предста­витель группы вирусов с двухцепочечной ДНК — вирус мозаики цветной капусты (ВМЦК), поражающий в основном растения се­мейства крестоцветные.

      Обычно фитовирусы реплицируются с образованием большо­го числа копий молекул нуклеиновых кислот — 10 и более моле­кул на зараженную клетку. Поэтому фитовирусы представляют со­бой очень эффективные средства для получения хорошей эксп­рессии чужеродного гена. Кроме высокой копийности вирусной нуклеиновой кислоты вирусные векторные системы имеют еще ряд преимуществ: малый размер генома (возможность легкой ма­ни пуляции вирусной ДНК) и сильные промоторы, обеспечиваю­щие эффективную экспрессию чужеродных генов.

      Однако вирусы в качестве векторов обладают и существенны­ми недостатками: имеют небольшую емкость, патогенны и не­способны встраиваться в хромосомы хозяина. Небольшую емкость можно увеличить, если инфицировать вирусом (например, ВМЦК) растительные протопласты, а не клетки. В этом случае инфекция не передается от клетки к клетке, нет необходимости в упаковке ДНК в вирусные частицы. Следовательно, часть вирус­ного генома, ответственная за упаковку в вирусные частицы, мо­жет быть удалена и замещена дополнительной чужеродной ДНК. Другой недостаток — отсутствие способности встраиваться в ге­ном растительной клетки — удается обойти (по крайней мере для ВМЦК) благодаря специальному методическому приему — агроинфекции. Для этого геном ВМЦК встраивают в Т-область Ti- плазмиды и в ее составе интегрируют в ядерный геном различных растений.

      Методы прямого переноса генов в растение. Эти методы стали использоваться для растений благодаря появлению специ­фического объекта — изолированных протопластов, т. е. клеток, лишенных целлюлозной стенки.

      Методы прямого переноса генов довольно многочисленны:

      Трансформация растительных протопластов. Метод осуще­ствляется благодаря комбинации методик кальциевой преципи­тации ДНК и слияния протопластов. Для трансформации может быть использован практически любой ДНК-вектор. Донорная ДНК может не содержать специальных биологических сигналов (vir-областей, пограничных областей Т-ДНК).

      Заражение культуры протопластов на начальной стадии ее роста агробактериями, которые используют в качестве векторов.

      Микроинъекции ДНК. Этот метод аналогичен методу мик­роинъекций животных клеток. Его можно рассматривать как наи­более универсальный. Эффективность трансформации раститель­ных клеток — 10 — 20 % независимо от типа вектора. Трансфор­мация не видоспецифична, возможен перенос генов в любое ра­стение.

      Электропорация. Метод основан на повышении проницае­мости биомембран за счет действия импульсов высокого напря­жения. В результате молекулы ДНК проникают в клетки через поры в клеточной мембране.

      Упаковка в липосомы. Это один из методов, позволяющих защитить экзогенный генетический материал от разрушения нуклеазами растительной клетки. Липосомы — сферические тельца, оболочки которых образованы фосфолипидами.

      Метод биологической баллистики. Это один из самых эффек­тивных методов трансформации однодольных растений. Исходный материал для трансформации — суспензионная культура, каллусная ткань или 4 — 5-дневные культивируемые незрелые зародыши однодольных.

      Метод основан на напылении ДНК-вектора на мельчайшие ча­стички вольфрама, которыми затем бомбардируют клетки. Бом­бардировка осуществляется с помощью биолистической пушки за счет перепада давления. Часть клеток гибнет, а выжившие клет­ки трансформируются, затем их культивируют и используют для регенерации растений.

      5.3 Применение методов генетической инженерии для улучшения аминокислотного состава запасных белков растений

      Решение проблемы создания новых форм растений подра­зумевает в первую очередь повышение качества синтезируемых растением продуктов, которые определяют его питательную и техническую ценность. В основном это касается запасных бел­ков.

      В большинстве случаев запасные белки растений имеют несба­лансированный для питания человека и животных аминокислот­ный состав. Так, запасные белки злаков — проламины — бедны лизином, триптофаном и треонином, что снижает их питательную и кормовую ценность. Улучшение аминокислотного состава бел­ка путем традиционной селекции не дает желательных результа­тов, поскольку необходимые гены часто сцеплены с нежелатель­ными признаками и наследуются вместе. Например, у мутантов кукурузы и ячменя повышение содержания лизина коррелирова­ло с уменьшением синтеза основных запасных белков — зеина и гордеина, а также с уменьшением урожайности.

      Операции по получению трансгенных растений с улучшенным аминокислотным составом белка разделены на ряд этапов:

      1) кло­нирование генов запасных белков;

      2) изучение механизмов тка­неспецифичной и временной экспрессии белков и выявление пос­ледовательностей ДНК, определяющих данный механизм;

      3) це­ленаправленное изменение последовательностей генов запасных белков для улучшения аминокислотного состава;

      4) создание век­торов, содержащих измененный ген;

      5) введение модифицирован­ных генов в растения.

      В настоящее время клонированы 10 генов гордеинов ячменя, гены а- и б-глиадинов и глютенина пшеницы, зеинов кукурузы, легумина бобовых, пататина картофеля и ряд других. Имеются практические результаты трансформации растений. Так, введение в геном пшеницы модифицированного гена проламина привело к активному синтезу модифицированного белка, а также повли­яло на состав и уровень соответствующих запасных белков. В ито­ге улучшилось хлебопекарное качество пшеничной муки.

      5.4. Повышение эффективности процесса фотосинтеза

      Один из возможных способов увеличения фотосинтеза и, следовательно, продуктивности растений состоит в клонирова­нии хлоропластных генов в клетках бактерий и их переносе в ра­стения. Известно, что хлоропласты и прокариотические клетки сходны по ряду признаков. На основании этого возникла сим­биотическая гипотеза происхождения хлоропластов, впервые выдвинутая А. С. Фаминциным (1886). Согласно этой гипотезе, клетки прокариот и хлоропласты сходны. В них присутствуют кольцевые ДНК, 708-рибосомы; синтез белков начинается с од­ной и той же аминокислоты — N-формилметионина, а синтез белка подавляется хлорамфениколом, а не циклогексимидом, как у эукариот. Позже было показано, что ДНК-зависимая РНК- полимераза Е. coli связывается с определенными участками ДНК хлоропластов шпината.

      В клетках Е. coli инициация белкового синтеза частично ре­гулируется доступностью участка связывания рибосом (УСР). Его структура до конца еще не выяснена, но расшифрован участок, известный под названием «последовательность Шайн—Дальгарно» (ШД). Она комплементарна б-концу 168-рибосомальной РНК, и инициация белкового синтеза начинается с образования комплементарной пары между этой последовательностью и 3′-кон­цом 168-рибосомальной РНК. Анализ последовательности ДНК хлоропластного гена большой субъединицы основного фермента фотосинтеза — рибулозобисфосфаткарбоксилазы — оксигеназы (Рубиско) кукурузы — выявил значительные гомологии с извест­ными промоторами и последовательностями ШД клеток Е. coli. Все это привело к попытке клонирования генов хлоропластов в клетках Е. coli, наиболее часто используемой в генно-инженерных исследованиях.

      Транскрипционные конструкции могут создаваться двумя пу­тями: во-первых, это установка промотора рядом с УСР, который узнается полимеразой Е. coli, во-вторых, это формирование гибридного УСР, состоящего из прокариотической последовательно­сти ШД и эукариотического или синтетического инициирующе­го кодона. Первый путь широко применяется для увеличения экспрессии генов Е. coli и хлоропластных генов в клетках Е. coli.

      В настоящее время уже клонировано несколько хлоропластных генов: гены синтеза субъединиц Рубиско, белка хлорофилл-белкового комплекса, АТФсинтетазы, цитохрома и др.

      5.5. Генно-инженерные подходы к решению проблемы усвоения азота

      Азот — один из самых необходимых элементов для растений. Его недостаток в почве или питательном субстрате часто приводит рас­тение к гибели, поэтому в первую очередь необходимо внесение в почву азотных удобрений. Однако их производство требует очень больших энергетических затрат, поэтому оно дорогостояще. Сто­имость азотных удобрений в 6 раз выше стоимости фосфорных удоб­рений и в 16 раз выше стоимости калийных удобрений. При этом растения используют только от 30 до 70 % внесенных в почву дос­тупных форм азота, остальное просто вымывается из почвы, за­грязняя окружающую среду. Гораздо более естественно и доступно снабжение растений азотом путем его биологической фиксации.

      Фиксация атмосферного азота (диазотрофность) — свойство прокариотических организмов. Азотфиксирующие организмы де­лятся на симбиотические (90 %) и свободноживущие (10 %). Фиксация атмосферного азота связана преимущественно с симбиоти­ческими микроорганизмами. В настоящее время известны четы­ре основные системы симбиоза, имеющие большое значение не только для естественных сообществ, но и для сельского хозяйства, лесоводства. Это Rhizobia — бобовые растения, Azolla-Anabaena — рис, Actinomyces — деревья, Spirillum — травы. Атмосфер­ный азот фиксируется благодаря уникальному ферменту — нитрогеназе.

      В 1960 г. американские исследователи показали, что нитрогеназа сохраняет свою активность в бесклеточных экстрактах Clostridium pasteurianum. Это послужило толчком для начала ак­тивных исследований биохимии азотфиксации, структуры и ме­ханизма действия нитрогеназы. К 1981 г. нитрогеназа была выде­лена из 36 видов микроорганизмов. Она считается одним из наи­более сложных ферментов, использующих простые субстраты. Кроме азота нитрогеназа может восстанавливать ацетилен, циа­нистый водород, закись азота и некоторые другие соединения. Восстановление ацетилена в этилен позволило разработать надеж­ный тест для обнаружения азотфиксирующей активности. Непре­менное условие работы нитрогеназы — ее защита от кислорода, который ингибирует не только активность нитрогеназы, но и ее биосинтез.

      Начиная с 1970 г. стали появляться серьезные работы по изу­чению генов азотфиксации и их переносу в клетки Klebsiella pneumoniae и Е. coli. С помощью техники рекомбинантных ДНК были составлены генетические карты генов азотфиксации (nif-ге­нов), которые показали сходную организацию генов у большей части азотфиксирующих организмов. Было установлено, что nif- гены расположены между генами, кодирующими биосинтез гис­тидина (his) и генами, ответственными за усвоение шикимовой кислоты (shiA). Гены, кодирующие синтез белковых субъединиц компонентов нитрогеназы, образуют единый оперон (рис. 5.20). В клетках симбиотических бактерий Rhizobium leguminosarum, R. meliloti, R. trifolii плазмиды, кроме структурных генов нитроге­назы, содержат гены, отвечающие за развитие корневых клубеньков у определенных видов бобовых.

      Конструирование плазмид, несущих nif-гены, позволяет пе­редавать способность к фиксации азота организмам, не облада­ющим этим свойством. Среди бактерий, кроме Е. , такой пе­ренос осуществлен для бактерий Salmonella typhimurium, Erwinia herbicola и других. Однако подобные манипуляции могут приво­дить к нежелательным эффектам. Так, перенос генов в штамм Erwinia (бактерии, вызывающие гниение растений) может уси­лить его патогенное действие. Кроме того, существует вероятность случайного переноса вместе с nif-генами каких-то нежелательных генов.

      В настоящее время внимание ученых привлекают проблемы вве­дения генов азотфиксации в клетки растений, создания ризоценозов между небобовыми растениями (особенно злаками) и азотфиксирующими организмами, повышения мощности корневой систе­мы бобовых растений для увеличения на ней количества клубень­ков. Кроме того, предполагается создание новых азотфиксирующих систем путем введения азотфиксирующих микроорганизмов в каллусные ткани растений с последущим образованием из них растений-регенерантов, а также повышение эффективности фиксации азота путем воздействия на гены, контролирующие этот процесс.

      Наиболее интересна первая проблема — введение nif-генов в клетки растений. Однако ее решение сопряжено с рядом трудно­стей. Основная — разрушение нитрогеназы под воздействием кис­лорода. У азотфиксирующих микроорганизмов существует ряд при­способлений, защищающих бактерии от свободного кислорода. Среди них присутствие в клетках клубеньков лешглобина — гем- содержащего белка, который встраивается в мембрану бактероида (увеличенной в размере бактериальной клетки, характеризующей­ся наибольшей способностью к фиксации азота) и регулирует по­ступление кислорода. Легоглобин кодируется в геноме раститель­ной клетки-хозяина, но его синтез начинается только после про­никновения бактерий в эту клетку. У цианобактерий механизм за­щиты нитрогеназы от кислорода иной. Азотфиксация идет в гете­роцистах, а фотосинтез — в обычных клетках. Поэтому кислород, выделяющийся в процессе фотосинтеза, не ингибирует фиксацию азота. Введение только nif -генов в какую-то растительную клетку не решает проблемы. Если нитрогеназа будет синтезироваться в этой клетке, в частности в клетках злаков, то она разрушится под действием кислорода, присутствующего в клетке. Кроме того, сама клетка, в которую переносят гены азотфиксации, может быть не приспособлена к синтезу и расходованию большого количества энергии, которое требуется для фиксации азота.

      Таким образом, более перспективно повышение эффективно­сти фиксации азота в уже существующих природных системах за счет воздействия на гены, контролирующие этот процесс, а так­же увеличение мощности корневой системы бобовых растений и создание новых азотфиксирующих систем с помощью методов клеточной инженерии.

      5.6. Изменение качества плодов

      В настоящее время найдены способы регулирования сроков созревания плодов с помощью методов генетической инженерии. Для этого используют метод создания антисмысловой РНК, ко­торый позволяет управлять работой интересующего гена. В рас­тениях ген PG контролирует синтез полигалактуроназы — фер­мента, который участвует в разрушении пектина. Данный фер­мент синтезируется в период созревания плодов томата, они ста­новятся мягкими, что значительно сокращает срок их хранения. Отключение гена PG позволяет получить растения с новыми свойствами — увеличенным сроком хранения и более высокой ус­тойчивостью к грибным заболеваниям. Эту же технологию мож­но применить для регулирования активности другого гена — гена EFE, продуктом которого является фермент, участвующий в биосинтезе этилена — фитогормона, одной из функций которого слу­жит ускорение созревания плодов. Отключение данного гена так­же может увеличить срок хранения плодов.

      5.7. Устойчивость растений к гербицидам

      В сельском хозяйстве широко используют гербициды — хими­ческие соединения, применяемые для уничтожения сорной рас­тительности. Гербициды широкого спектра действия могут не только уничтожать сорняки, но и угнетать рост культурных рас­тений. В связи с этим возникает необходимость в создании рас­тений, устойчивых к данным веществам. Существует два подхода к решению этой проблемы: прямая селекция устойчивых к гер­бицидам мутантных форм растений, или мутантных клеточных штаммов (клеточная селекция), и генно-инженерный метод, ко­торый состоит во введении в растения генов гербицид-резистент­ности растительного или бактериального происхождения.

      Изучение механизмов устойчивости служит основой для созда­ния трансгенных растений. Оно включает четыре основных эта­па: выявление мишеней действия гербицидов в клетке растений; отбор растений, устойчивых к данному гербициду в качестве ис­точника генов резистентности; идентификация и клонирование этих генов; изучение их экспрессии для использования в трансгенных конструкциях.

      Благодаря использованию методов генетической инженерии были созданы новые, устойчивые к различным гербицидам сель­скохозяйственные культуры. В геном этих культур вводились мутантные гены, кодирующие синтез ферментов, на которые гербициды (атразин, бромоксилин, имидазол) не оказывают негативного действия. Например, растения лядвенца рогатого (Lotus corniculatus) были трансформированы с помощью штам­ма А281/рСВЕ21. Эта бактерия содержит плазмиду с встроенным геном bar, кодирующим фермент, придающий устойчивость к гер­бициду биалофосу. Трансгенные растения содержали ген bar и были невосприимчивы к гербициду (А. М. Стефанович, Г. Н. Ралдугина, 1999). Однако в тканях таких растений наблюдается на­копление гербицидов, и использовать эти растения можно толь­ко в технических целях. Вместе с тем было показано, что введе­ние генов, кодирующих другие ферменты, позволяет проводить де­токсикацию гербицидов, создавая таким образом растения, при­годные в пищу. Так, детоксикация действующего вещества герби­цида 2,4-D осуществляется при переносе в растение гена монооксигеназы, глифосата — при введении гена фосфонатазы, бромоксилина — гена нитрилазы.

      5.8. Устойчивость растений к фитопатогенам и насекомым

      Необходимость создания растений, устойчивых к фитопатоге­нам, связана с тем, что насекомые-вредители, вирусные и другие заболевания служат причиной значительного снижения урожай­ности сельскохозяйственных культур.

      Наибольший урон растениям наносят грибные, бактериальные и вирусные патогены, насекомые-вредители. В растении существу­ют защитные механизмы, которые в большей или меньшей степе­ни (в зависимости от устойчивости растений) начинают действо­вать в ответ на проникновение фитопатогенов в клетку. Во-первых, начинается синтез соединений, вызывающих гибель патогенов. Примером могут служить специфические белки PRP (pathogen related proteins). Из них наиболее изучены ферменты хитиназы и бета-1,3-глюконазы, которые угнетают рост грибов и некоторых ви­дов бактерий, разрушая их клеточные стенки. Во-вторых, могут со­здаваться структурные барьеры, препятствующие распространению инфекции. Это достигается благодаря лигнификации клеточных стенок. Той же цели — защите клеток — служит присутствие в кле­точных стенках белков-экстенсинов и олигосахаридов.

      Применение методов генетической инженерии, использующих естественные защитные механизмы, позволяет получать трансген­ные растения, устойчивые к грибной, бактериальной и вирусной инфекции. Так, гены хитиназы и глюконазы кодируются одиноч­ными генами. Благодаря этому были получены трансгенные рас­тения табака и турнепса, в состав генома которых ввели ген хи­тиназы. Лабораторные и полевые испытания выявили большую устойчивость трансгенных растений. В растения томатов был вве­ден ген защитных пептидов редьки (дефензинов) rs, отвечающих за устойчивость к фитопатогенным грибам. Наконец, перспектив­ны клонирование и перенос генов, кодирующих специфические белки (small antibiotic-like proteins), содержащиеся в семенах мно­гих растений. Эти белки защищают семена в период покоя и во время прорастания от грибных и бактериальных инфекций.

      Другой подход к получению трансгенных растений, устойчи­вых к вирусной инфекции, состоит во введении в геном исходных растений гена оболочки вируса. Это приводит к ингибированию размножения вируса и снижению инфицированности. Благодаря такому подходу был получен стойкий антивирусный эффект у ра­стений табака, трансформированных геном оболочки вируса та­бачной мозаики (ВТМ).

      Еще одна группа методов получения трансгенных растений, ус­тойчивых к действию фитовирусов, включает введение и экспрессию генов антивирусных антител, вирусных сателлитных РНК. Интересный эффект дало введение в геном растений гена чело­веческого интерферона JFN — одного из ключевых белков индук­ции иммунитета у млекопитающих. С помощью вируса мозаики цветной капусты геном интерферона были трансформированы растения турнепса, табака, картофеля, что повысило устойчивость этих растений к вирусным заболеваниям.

      Вполне традиционным для придания устойчивости к насеко- мым-вредителям стало внесение в растения гена Bt бактерий Bacillus thurengiensis. Этот ген отвечает за синтез белка протокси­на, который при попадании в кишечник личинок насекомых раз­рушается. Продукт данного ферментативного расщепления — 5-эндотоксин — вызывает гибель насекомых. Интерес к этой груп­пе белков вызван их широким спектром действия. Найдены но­вые классы эндотоксинов, которые токсичны к клещам, немато­дам, одноклеточным паразитирующим микроорганизмам и т.д. Более того, в настоящее время сконструирован искусственный ген Bt, более эффективный, с более широким спектром устойчивос­ти по сравнению с природным геном.

      Другой путь повышения устойчивости растений к вредителям, в частности к фитопатогенным грибам, — это экспрессия в клет­ках растений генов — ингибиторов протеиназ. Для данной цели перспективно использование гетерологичных генов растений, так как многие ткани и органы растений содержат ингибиторы, спе­цифически настроенные против протеиназ насекомых и грибов, но безвредных для человека и животных.

      Еще одно направление создания трансгенных устойчивых ра­стений связано с повышением их иммунитета. У устойчивых ра­стений в ответ на атаку патогенов происходит изменение метаболизма: накапливаются перекись водорода, салициловая кислота, фитоалексины — соединения, выполняющие защитную роль в растении. Поэтому существенное увеличение с помощью измене­ния генома уровня салициловой кислоты и других соединений в ответ на проникновение фитопатогена может стать перспектив­ным для получения устойчивых растительных организмов.

      5.9. Устойчивость растений к абиотическим стрессам

      Адаптация растений в природе и, следовательно, их способ­ность к выживанию при неблагоприятных условиях среды обес­печиваются тремя способами. Во-первых, физиологические ме­ханизмы, позволяющие растениям избежать неблагоприятные воздействия (например, период покоя). Во-вторых, адаптация осу­ществляется благодаря морфологическим приспособлениям: толстому слою кутикулы на листьях, уменьшению листовой поверх­ности, ее опушению, которые предотвращают излишнюю потерю влаги растениями. В-третьих, негативное влияние внешней среды может быть преодолено с помощью изменений метаболизма. Именно этот последний адаптационный механизм наиболее дос­тупен для генно-инженерных исследований. Например, известно, что при водном стрессе у высших растений основным защитным механизмом, связанным с изменением метаболизма, является накопление в клетках пролина, глицинбеатина и других осмопротекгоров.

      Экспериментально было показано, что стрессовый ответ у бак­терий и высших растений выражается сходно. И у растений, и у бактерий начинается усиленный синтез молекул осмопротекто­ров, механизм действия которых состоит в установлении осмоти­ческого баланса между цитоплазмой и окружающей средой, а так­же стабилизации белковых молекул. В бактериях биосинтез про­лина хорошо изучен, известны гены, кодирующие ферменты этого процесса. Избирательная экспрессия генов осмопротекторов мо­жет привести к увеличению адаптационных качеств растения и, следовательно, к увеличению его продуктивности. Поэтому следующим шагом на пути создания устойчивых к стрессам рас­тений было клонирование бактериальных генов, получение век­торных конструкций на основе Ti-плазмиды и введение их в рас­тения. Полученные трансгены синтезировали и накапливали пролин в 4—6 раз интенсивнее, чем обычные растения. Трансгенные побеги могли укореняться и расти при концентрации соли в сре­де 20 г/л (350 мМ).

      У растений адаптация к низким температурам сопряжена с многочисленными физиологическими изменениями. При этом накапливаются растворимые вещества, понижающие осмотиче­ский потенциал клеток и уменьшающие вероятность образования крупных кристаллов льда. Кроме того, синтезируется большое количество белков с повышенным содержанием сульфгидрильных групп (-SH), которые обладают особо высокой способностью к гидратации, а гидратационная вода, как известно, практически не замерзает. Однако повышение устойчивости растений к замерза­нию с помощью методов генной инженерии началось с измене­ния генома не растений, а бактерий. Исследователи Колорадского университета (США) выяснили, что повреждению растений при замерзании способствуют бактерии эпифитной (поверхностной) микрофлоры Pseudomonas syringae и Erwinia herbicola, белки ко­торых служат центрами кристаллизации. Если обезвредить бакте­рии стрептомицином, то растения не замерзают при температуре -8 С. Но стрептомицин дорог и вреден, поэтому выгоднее было изменить генетику данного штамма бактерий, вырезав из генома определенный ген. Растения, инфицированные мутантным штам­мом P. syringae, росли при отрицательной температуре. Однако оказалось, что бактерии мутантного штамма более живучи и спо­собны вытеснить природный штамм, который, попадая в верхние слои атмосферы, способствует кристаллизации атмосферной вла­ги. Вероятно, уничтожение природного штамма могло бы приве­сти к экологической катастрофе.

      Следует отметить, что работы по генетической инженерии, воз­можности манипулирования генами растений представляют ог­ромный интерес для фундаментальных исследований. Эти рабо­ты позволяют изучать основы молекулярной и клеточной биоло­гии растительной клетки, глубинные механизмы процессов, про­исходящих в ней. Вместе с тем нельзя не задуматься о своевре­менности прикладного применения результатов генно-инженер­ных исследований.


      Текст работы размещён без изображений и формул.
      Полная версия работы доступна во вкладке «Файлы работы» в формате PDF

      Первые трансгенные растения (растения табака со встроенными генами из микроорганизмов) были получены в 1983 г. Первые успешные полевые испытания трансгенных растений (устойчивые к вирусной инфекции растения табака) были проведены в США уже в 1986 г.

      После прохождения всех необходимых тестов на токсичность, аллергенность, мутагенность и т.д. первые трансгенные продукты появились в продаже в США в 1994 г. Это были томаты Flavr Savr с замедленным созреванием, созданные фирмой «Calgen», а также гербицид-устойчивая соя компании «Monsanto». Уже через 1-2 года биотехнологические фирмы поставили на рынок целый ряд генетически измененных растений: томатов, кукурузы, картофеля, табака, сои, рапса, кабачков, редиса, хлопчатника.

      В настоящее время получением и испытанием генетически модифицированных растений занимаются сотни коммерческих фирм во всем мире с совокупным капиталом более ста миллиардов долларов. В 1999 г. трансгенные растения были высажены на общей площади порядка 40 млн. га, что превышает размеры такой страны, как Великобритания. В США генетически модифицированные растения (GM Crops) составляют сейчас около 50% посевов кукурузы и сои и более 30-40% посевов хлопчатника. Это говорит о том, что генно-инженерная биотехнология растений уже стала важной отраслью производства продовольствия и других полезных продуктов, привлекающей значительные людские ресурсы и финансовые потоки. В ближайшие годы ожидается дальнейшее быстрое увеличение площадей, занятых трансгенными формами культурных растений.

      Первая волна трансгенных растений, допущенных для практического применения, содержала дополнительные гены устойчивости (к болезням, гербицидам, вредителям, порче при хранении, стрессам).

      Нынешний этап развития генетической инженерии растений получил название «метаболическая инженерия». При этом ставится задача не столько улучшить те или иные имеющиеся качества растения, как при традиционной селекции, сколько научить растение производить совершенно новые соединения, используемые в медицине, химическом производстве и других областях. Этими соединениями могут быть, например, особые жирные кислоты, полезные белки с высоким содержанием незаменимых аминокислот, модифицированные полисахариды, съедобные вакцины, антитела, интерфероны и другие «лекарственные» белки, новые полимеры, не засоряющие окружающую среду и многое, многое другое. Использование трансгенных растений позволяет наладить масштабное и дешевое производство таких веществ и тем самым сделать их более доступными для широкого потребления.

      Создание гербицидоустойчивых растений

      В новых, интенсивных сельскохозяйственных технологиях гербициды применяются очень широко. Это связано с тем. что на смену прежним экологически опасным гербицидам широкого спектра действия, обладающим токсичностью для млекопитающих и длительно сохраняющимся во внешней среде, приходят новые, более совершенные и безопасные соединения. Однако они обладают недостатком — подавляют рост не только сорняков, но и культурных растений Такие высокоэффективные гербициды, как, глифосат, атразины интенсивно изучаются на предмет выявления механизма толерантности к ним некоторых сорняков. Так, на полях, где широко используют атразин, довольно часто появляются атразинустойчивые биотипы у многих видов растении.

      Изучение механизма устойчивости к гербицидам с целью получения методами генетической инженерии культурных растений, обладающих этим признаком, включает следующие этапы: выявление биохимических мишеней действия гербицидов в растительной клетке: отбор устойчивых к данному гербициду организмов в качестве источников генов устойчивости: клонирование этих генов: введение их в культурные растения и изучение их функционирования

      Существуют четыре принципиально различных механизма, которые могут обеспечивать устойчивость к тем или иным химическим соединениям, включая гербициды: транспортный, элиминирующий, регуляционный и контактный. Транспортный механизм устойчивости заключается в невозможности проникновения гербицида в клетку. При действии элиминирующего механизма устойчивости вещества, попавшие внутрь клетки, могут разрушаться с помощью индуцируемых клеточных факторов, чаще всего деградирующих ферментов, а также подвергаться тому или иному виду модификации, образуя неактивные безвредные для клетки продукты. При регуляционной резистентности белок или фермент клетки, инактивирующийся под действием гербицида, начинает усиленно синтезироваться, ликвидируя таким образом дефицит нужного метаболита в клетке. Контактный механизм устойчивости обеспечивается изменением структуры мишени (белок или фермент), взаимодействием с которым связано повреждающее действие гербицида

      Установлено, что признак гербицидоустойчивости является моногенным, то есть признак детерминируется чаще всего одним-единственным геном. Это очень облегчает возможность использования технологии рекомбинантной ДНК для передачи этого признака. Гены, кодирующие те или иные ферменты деструкции и модификации гербицидов, могут быть с успехом использованы для создания гербицидоустойчивых растении методами генетической инженерии.

      Традиционные методы селекции создания сортов, устойчивых к гербицидам, очень, длительны и малорезультативны. Наиболее широко применяемый за рубежом гербицид глифосат (коммерческое название Roundup) подавляет синтез важнейших ароматических аминокислот, воздействуя на фермент 5-енолпирувилшикимат-З-фосфатсинтазу (ЕПШФ-синтаза). Известные случаи устойчивости к этому гербициду связаны либо с повышением уровня синтеза этого фермента (регуляционный механизм), либо с возникновением мутантного фермента, нечувствительного к глифосфату (контактный механизм). Из устойчивых к глифосфату растений был выделен ген ЕПШФ-синтазы и поставлен под промотор вируса мозаики цветной капусты. С помощью Ti-плазмиды эта генетическая конструкция была введена в клетки петунии. При наличии одной копии гена в регенерированных из трансформированных клеток растениях синтезировалось фермента в 20 — 40 раз больше, чем в исходных растениях, но устойчивость к глифосфату увеличилась только в 10 раз.

      К числу наиболее распространенных гербицидов, используемых при обработке зерновых культур, относится атразин. Он подавляет фотосинтез, связываясь с одним из белков фотосистемы II и прекращая транспорт электронов. Устойчивость к гербициду возникает в результате точечных мутаций в этом пластохинон связывающем белке (замена серина на глицин), вследствие чего он теряет способность взаимодействовать с гербицидом. В ряде случаев удалось осуществить перенос гена мутантного белка в чувствительные к атразину растения с помощью Ti-плазмиды. Интегрированный в хромосому растений ген устойчивости был снабжен сигнальной последовательностью, которая обеспечивала транспорт синтезируемого белка в хлоропласты. Химерные растения проявляли значительную устойчивость к таким концентрациям атразина, которые вызывали гибель контрольных растений с геном белка дикого типа. Некоторые растения способны инактивировать атразин путем отщепления остатка хлора ферментом глутатион-S-трансфераза. Этот же фермент инактивирует и другие родственные гербициды триазинового ряда (пропазин, симазин и др.).

      Существуют растения, естественная устойчивость которых к гербицидам основана на детоксикации. Так, устойчивость растений к хлорсульфурону может быть связана с дезактивацией молекулы гербицида путем его гидроксилирования и последующего гликозилирования введенной гидроксильной группы. Создание растений, устойчивых к патогенам и вредителям Устойчивость растений к тем или иным патогенам чаще всего является сложным мультигенным признаком.

      Одновременная передача нескольких локусов трудна даже методами генной инженерии, не говоря о классических методах селекции. Более простым является другой путь. Известно, что у устойчивых растений при атаке патогенов изменяется метаболизм. Накапливаются такие соединения, как Н2О2, салициловая кислота, фитоаллексины. Повышенный уровень этих соединений способствует противостоянию растения в борьбе с патогенами.

      Вот один из примеров, доказывающий роль салициловой кислоты в иммунном ответе растений. Трансгенные растения табака, которые содержат бактериальный ген, контролирующий синтез салицилат гидролазы (этот фермент разрушает салициловую кислоту), были неспособны к иммунному ответу. Поэтому изменение генно-инженерным путем уровня салициловой кислоты или выработки в растениях в ответ на патоген Н2О2 может быть перспективным для создания устойчивых трансгенных растений.

      В фитовирусологии широко известен феномен индуцированной перекрестной устойчивости растений к вирусным инфекциям. Сущность этого явления состоит в том, что заражение растения одним штаммом вируса предотвращает последующую инфекцию этих растений другим вирусным штаммом. Молекулярный механизм подавления вирусной инфекции пока неясен. Показано, что для иммунизации растений достаточно введения отдельных вирусных генов, например генов капсидных белков. Так, ген белка оболочки вируса табачной мозаики перенесли в клетки табака и получили трансгенные растения, у которых 0,1% всех белков листьев был представлен вирусным белком. Значительная часть этих растений при инфицировании вирусом не проявляла никаких симптомов заболевания. Возможно, что синтезирующийся в клетках белок оболочки вируса мешает вирусной РНК нормально функционировать и формировать полноценные вирусные частицы. Установлено, что экспрессия капсидного белка вируса табачной мозаики, вируса мозаики люцерны, вируса огуречной мозаики, Х-вируса картофеля в соответствующих трансгенных растениях (табак, томаты, картофель, огурцы, перцы) обеспечивает высокий уровень их защиты от последующей вирусной инфекции. Причем у трансформированных растений не отмечалось снижения фертильности, нежелательного изменения ростовых и физиологических характеристик исходных экземпляров и их потомства. Полагают, что индуцированная устойчивость растений к вирусам обусловлена особым антивирусным белком, очень похожим на интерферон животных. Представляется возможным методом генетической инженерии усилить экспрессию гена, кодирующего этот белок, путем его амплификации или подстановки под более сильный промотор.

      Следует отметить, что использование генетической инженерии для защиты растений от различных патогенных микроорганизмов в значительной мере сдерживается недостаточностью знаний о механизмах защитных реакций растений. Для борьбы с насекомыми-вредителями в растениеводстве используются химические средства — инсектициды. Однако они оказывают вредное влияние на млекопитающих, убивают и полезных насекомых, загрязняют окружающую среду, дороги, и кроме того, насекомые довольно скоро приспосабливаются к ним. Известно более 400 видов насекомых, устойчивых к используемым инсектицидам. Поэтому все большее внимание привлекают биологические средства борьбы, обеспечивающие строгую избирательность действия и отсутствие адаптации вредителей к применяемому биопестициду.

      Уже довольно давно известна бактерия Bacillus thuringiensis, продуцирующая белок, являющийся очень токсичным для многих видов насекомых, в то же время безопасный для млекопитающих. Белок (дельта-эндотоксин, CRY-белок) продуцируется различными штаммами В. thuringiensis. Взаимодействие токсина с рецепторами строго специфично, что усложняет подбор комбинации токсин—насекомое. В природе найдено большое количество штаммов В. thuringiensis, чьи токсины действуют только на определенные виды насекомых. Препараты В. thuringiensis в течение десятилетий использовали для контроля насекомых на полях. Безопасность токсина и его составных белков для человека и других млекопитающих полностью доказана. Встраивание гена этого белка в геном растений дает возможность получить трансгенные растения, не поедаемые насекомыми.

      Кроме видоспецифичности по действию на насекомых встраивание прокариотических генов дельта-токсинов в геном растений даже под контролем сильных эукариотических промоторов не привело к высокому уровню экспрессии. Предположительно такое явление возникло в связи с тем, что эти бактериальные гены содержат значительно больше адениновых и тиминовых нуклеотидных оснований, чем растительная ДНК. Эта проблема была решена путем создания модифицированных генов, где из природного гена вырезали и добавляли те или иные фрагменты с сохранением доменов, кодирующих активные части дельта-токсина. Так, например, с помощью таких подходов был получен картофель, устойчивый к колорадскому жуку. Получены трансгенные растения табака, способные синтезировать токсин. Такие растения были нечувствительны к гусеницам Manduca sexta. Последние погибали в течение 3 суток контакта с токсинпродуцирующими растениями. Токсинообразование и обусловленная им устойчивость к насекомым передавалась по наследству как доминантный признак.

      В настоящее время так называемые Bt-растения (от В. thuringiensis) хлопка и кукурузы занимают основную долю в общем объеме генетически модифицированных растений этих культур, которые выращивают на полях США.

      В связи с возможностями генной инженерии конструировать энтомопатогенные растения на основе токсина микробного происхождения еще больший интерес к себе вызывают токсины растительного происхождения. Фитотоксины являются ингибиторами белкового синтеза и осуществляют защитную функцию, направленную против насекомых-вредителей микроорганизмов и вирусов. Лучше всех среди них изучен рицин, синтезируемый в клещевине: его ген клонирован и установлена нуклеотидная последовательность. Однако высокая токсичность рицина для млекопитающих ограничивает генноинженерные работы с ним только техническими культурами, не используемыми в пищу человека и на корм животным. Токсин, вырабатываемый фитолаккой американской, эффективен против вирусов и безвреден для животных. Механизм его действия заключается в инактивации собственных рибосом при проникновении в клетки различного рода патогенов, в том числе фитовирусов. Пораженные клетки некротизируются, предотвращая размножение патогена и его распространение по растению. В настоящее время проводятся исследования по изучению гена этого белка и передаче его в другие растения.

      Вирусные болезни широко распространены среди насекомых, поэтому для борьбы с насекомыми-вредителями можно использовать природные вирусы насекомых, препараты которых называют вирусными пестицидами. В отличие от ядохимикатов они обладают узким спектром действия, не убивают полезных насекомых, они быстро разрушаются во внешней среде и не опасны для растений и животных. Наряду с вирусами насекомых используются как биопестициды некоторые грибы, поражающие насекомых-вредителей. Применяемые сейчас биопестициды являются природными штаммами энтомопатогенных вирусов и грибов, однако не исключена возможность создания в будущем методами генетической инженерии новых эффективных биопестицидов.

      Повышение устойчивости растений к стрессовым условиям

      Растения очень часто подвергаются воздействию различных неблагоприятных факторов окружающей среды: высокие и низкие температуры, недостаток влаги, засоление почв и загазованность среды, недостаток или, напротив, избыток некоторых минеральных веществ и т. д. Этих факторов множество, поэтому и способы защиты от них многообразны — от физиологических свойств до структурных приспособлений, позволяющих преодолевать их пагубное действие.

      Устойчивость растений к тому или иному стрессовому фактору является результатом воздействия множества разных генов, поэтому говорить о полной передаче признаков толерантности от одного вида растения другому генноинженерными методами не приходится. Тем не менее у генетической инженерии имеются определенные возможности для повышения устойчивости растений. Это касается работы с отдельными генами, контролирующими метаболические ответы растений на стрессовые условия, например сверхпродукцию пролина в ответ на осмотический шок, на действие засоления, синтез особых белков в ответ на тепловой шок и т. д. Дальнейшее углубленное изучение физиологической, биохимической и генетической основы ответной реакции растения на условия среды, несомненно, позволит применять методы генетической инженерии для конструирования устойчивых растений.

      Пока можно отметить лишь косвенный подход для получения морозоустойчивых растений, основанный на генноинженерных манипуляциях с Pseudomonas syringae. Этот микроорганизм, сосуществующий с растениями, способствует их повреждению ранними заморозками Механизм явления связан с тем, что клетки микроорганизма синтезируют особый белок, локализующийся во внешней мембране и являющийся центром кристаллизации льда. Известно, что формирование льда в воде зависит от веществ, могущих служить центрами образования льда. Белок, вызывающий формирование кристаллов льда в различных частях растения (листья, стебли, корни), является одним из главных факторов, ответственных за повреждение тканей растений, чувствительных к ранним заморозкам. Многочисленные эксперименты в строго контролируемых условиях показали, что стерильные растения не повреждались заморозками вплоть до —6—8° С, тогда как у растений, имеющих соответствующую микрофлору, повреждения возникали уже при температурах —1,5—2° С. Мутанты этих бактерий, потерявшие способность синтезировать белок, вызывающий формирование кристаллов льда, не повышали температуру образования льда, и растения с такой микрофлорой были устойчивы к заморозкам. Штамм таких бактерий, распыленный над клубнями картофеля, конкурировал с обычными бактериями, что приводило к повышению морозоустойчивости растений. Возможно, такие бактерии, созданные с помощью методов генной инженерии и используемые в качестве компонента внешней среды, будут служить для борьбы с заморозками.

      Повышение эффективности биологической азотфиксации

      Хорошо изучен фермент ответственный за восстановление молекулярного азота до аммония. — нитрогеназа. Структура нитрогеназы одинакова у всех азотфиксирующих организмов. При фиксации азота непременным физиологическим условием является защита нитрогеназы от разрушения под действием кислорода. Лучше всех среди азотфиксаторов изучены ризобии, образующие симбиоз с бобовыми растениями, и свободноживущая бактерия Klebsiella pneumoniae. Установлено, что у этих бактерий за фиксацию азота ответственно 17 генов — так называемых nif-генов. Все эти гены сцеплены друг с другом и расположены в хромосоме между генами ферментов биосинтеза гистидина и генами, определяющими усвоение шикимовой кислоты. У быстрорастущей ризобии nif-гены существуют в форме мегаплазмиды, содержащей 200—300 тысяч пар нуклеотидов.

      Среди генов азотфиксации выявлены гены, контролирующие структуру нитрогеназы, белковый фактор, принимающий участие в транспорте электронов, регуляторные гены. Регуляция генов азотфиксации довольно сложна, поэтому генноинженерный перенос азотфиксирующей функции от бактерий непосредственно высшим растениям в настоящее время уже не обсуждается. Как показали эксперименты, даже в самом простом эукариотическом организме — дрожжах не удалось добиться экспрессии nif-генов, хотя они и сохранялись в течение 50 генераций.

      Эти опыты показали, что диазотрофность (азот-фиксация) свойственна исключительно прокариотическим организмам, и nif-гены не смогли преодолеть барьер, разделяющий прокариоты и эукариоты, из-за слишком сложной своей структуры и регуляции генами, расположенными вне nif-области. Возможно, более удачным окажется перенос nif-генов с помощью Ti-плазмид в хлоропласты, поскольку механизмы экспрессии генов в хлоропластах и в клетках прокариот близки. В любом случае нитрогеназа должна быть защищена от ингибирующего действия кислорода. Кроме того, фиксация атмосферного азота — очень энергоемкий процесс. Вряд ли растение под влиянием nif-генов может так кардинально изменить свой метаболизм, чтобы создать все эти условия. Хотя не исключено, что в будущем методами генетической инженерии можно будет создать более экономно работающий нитрогеназный комплекс.

      Более реально использование генноинженерных методов для решения следующих задач: повышение способности ризобии колонизировать бобовые растения, повышение эффективности фиксации и ассимиляции азота путем воздействия на генетический механизм, создание новых азотфиксирующих микроорганизмов путем введения в них nif-генов, передача способности к симбиозу от бобовых растений к другим.

      Первостепенной задачей генетической инженерии для повышения эффективности биологической фиксации азота является создание штаммов ризобии с усиленной азотфиксацией и колонизирующей способностью. Колонизация бобовых растений ризобиями протекает очень медленно, лишь единичные из них дают начало клубенькам. Это происходит потому, что местом инвазии ризобии является только одна небольшая область между точкой роста корня и ближайшим к ней корневым волоском, находящимся на стадии формирования. Все остальные части корня и развившиеся корневые волоски растения нечувствительны к колонизации. В ряде случаев сформировавшиеся клубеньки оказываются неспособными фиксировать азот, что зависит от многих растительных генов (выявлено не менее пяти), в частности от неблагоприятного сочетания двух рецессивных генов.

      Традиционными методами генетики и селекции удалось получить лабораторные штаммы ризобий с более высокой колонизирующей способностью. Но они в полевых условиях испытывают конкуренцию со стороны местных штаммов. Повышение их конкурентоспособности, видимо, можно осуществить генноинженерными методами. Повышение эффективности процесса азотфиксации возможно применением генноинженерных приемов, основанных на увеличении копий гена, усилении транскрипции тех генов, продукты которых образуют «узкое» место в каскадном механизме азотфиксации, путем введения более сильных промоторов и т. п. Важно повышение коэффициента полезного действия самой нитро-геназной системы, осуществляющей непосредственное восстановление молекулярного азота в аммиак.

      Повышение эффективности фотосинтеза

      С4-растения характеризуются высокими темпами роста и скоростью фотосинтеза, у них практически отсутствует видимое фотодыхание. У большинства сельскохозяйственных культур, относящихся к С3-растениям, высокая интенсивность фотодыхания. Фотосинтез и фотодыхание — тесно связанные процессы, в основе которых лежит бифункциональная активность одного и того же ключевого фермента — рибулозобисфосфат-карбоксилазы (РуБФК). РуБФ-карбоксилаза может присоединять не только С02, но и 02, то есть осуществляет реакции карбоксилирования и оксигенирования. При оксигенировании РуБФ образуется фосфогликолат, который служит основным субстратом фотодыхания — процесса выброса С02 на свету, в результате чего теряется часть фотосинтетических продуктов. Низкое фотодыхание у С4-растений объясняется не отсутствием ферментов гликолатного пути, а ограничением оксигеназной реакции, а также реассимиляцией С02 фотодыхания.

      Одной из задач, стоящих перед генетической инженерией, является исследование возможности создания РуБФК с преобладающей карбоксилазной активностью.

      Получение растений с новыми свойствами

      В последние годы ученые используют новый подход для получения трансгенных растений с «antisense RNA» (перевернутой или антисмысловой РНК), который позволяет управлять работой интересуемого гена. В этом случае при конструировании вектора копию ДНК (к-ДНК) встраиваемого гена переворачивают на 180°. В результате в трансгенном растении образуется нормальная молекула мРНК и перевернутая, которая в силу комплементарности нормальной мРНК образует с ней комплекс и закодированный белок не синтезируется.

      Такой подход использован для получения трансгенных растений томатов с улучшенным качеством плодов. Вектор включал к-ДНК гена PG, контролирующего синтез полигалактуроназы — фермента, участвующего в разрушении пектина, основного компонента межклеточного пространства растительных тканей. Продукт гена PG синтезируется в период созревания плодов томатов, а увеличение его количества приводит к тому, что томаты становятся более мягкими, что значительно сокращает срок их хранения. Отключение этого гена в трансгенах позволило получить растения томатов с новыми свойствами плодов, которые не только значительно дольше сохранялись, но и сами растения были более устойчивы к грибным заболеваниям.

      Такой же подход можно применить для регулирования сроков созревания томатов, а в качестве мишени в этом случае используют ген EFE (ethylene-forming enzyme), продуктом которого является фермент, участвующий в биосинтезе этилена. Этилен — это газообразный гормон, одной из функций которого является контроль за процессом созревания плодов.

      Cтратегия антисмысловых конструкций широко применима для модификации экспрессии генов. Эта стратегия используется не только для получения растений с новыми качествами, но и для фундаментальных исследований в генетике растений. Следует упомянуть еще об одном направлении в генной инженерии растений, которое до недавнего времени в основном использовали в фундаментальных исследованиях — для изучения роли гормонов в развитии растений. Суть экспериментов заключалась в получении трансгенных растений с комбинацией определенных бактериальных гормональных генов, например только iaaM или ipt т.д. Эти эксперименты внесли существенный вклад в доказательство роли ауксинов и цитокининов в дифференцировке растений.

      В последние годы этот подход стали использовать в практической селекции. Оказалось, что плоды трансгенных растений с геном iaaM, находящимся под промотором гена Def (ген, который экспрессируется только в плодах), являются партенокарпическими, то есть сформировавшимися без опыления. Партенокарпические плоды характеризуются либо полным отсутствием семян, либо очень небольшим их количеством, что позволяет решить проблему «лишних косточек», например в арбузе, цитрусовых и т.д. Уже получены трансгенные растения кабачков, которые в целом не отличаются от контрольных, но практически не содержат семян.

      Обезоруженную, лишенную онкогенов Ti-плазмиду ученые активно используют для получения мутаций. Этот метод носит название Т-ДНК-инсерционного мутагенеза. Т-ДНК, встраиваясь в геном растения, выключает ген, в который она встроилась, а по утрате функции можно легко отбирать мутанты (явление сайлесинга – замолкания генов). Этот метод замечателен также тем, что позволяет сразу обнаружить и клонировать соответствующий ген. В настоящее время таким способом получено множество новых мутаций растений и соответствующие гены клонированы. М. А. Раменской на основе Т-ДНК мутагенеза получены растения томатов с неспецифической устойчивостью к фитофторозу. Не менее интересен и другой аспект работ — получены трансгенные растения с измененными декоративными свойствами. Один из примеров — это получение растений петунии с разноцветными цветками. На очереди голубые розы с геном, контролирующим синтез голубого пигмента, клонированным из дельфиниума.

      Зачем все это?

      Стоит задавать этот вопрос перед началом любого более-менее осмысленного дела. А если дело — выведение генетически уникального организма, то и подавно. Хотите вывести розы, что сражают ядами — блокаторами дыхательной цепи каждого, кто укололся об их шипы, — да будет так. Подумываете вывести репу, без рыб рыбий жир производящую, — мы только поддержим. Поскольку редакция наша за мир во всем мире, остановимся на варианте с репкой.

      Чьи гены пересаживать будем?

      Чтобы репка наша рыбий жир производила, можно попробовать пересадить ей ген лосося, что кодирует белок, что омега-3 жирные кислоты* производит. Но, вполне возможно, у лососей производство полезного жира зависит от целого каскада белков и пересаживать придется сразу десяток генов. А возможно, и белки лосося несовершенно будут работать — слишком уж разная биохимия. Для поиска идеального донора генов придется прошерстить мириады страниц научных статей. И, как часто бывает, кто ищет, тот находит. Известны науке растения такие, что омега-3 жирные кислоты производят. Есть об этом статья, а в ней пишут, что у некоторых примул (широко известных под именем первоцвет) в цветках встречаются два белка, ответственных за производство омега-3 жирных кислот. Известны и гены, что кодируют в примулах эти белки. И встречаются эти гены еще у грибов рода нейроспора. Но примула репке более близкая родня, оттого и донором первостепенным ее выбрать стоит.

      *Омега-3 ненасыщенные жирные кислоты — этим длинным словосочетанием химики называют органические кислоты, имеющие двойную связь после третьего с конца атома углерода. Омега-3 кислоты могут иметь двойные связи и в других позициях, тогда их называют полиненасыщенными. Эти жирные кислоты необходимы для здорового роста, развития и функционирования нашего организма. Их недостаток связывают с развитием клинической депрессии, отложением холестериновых бляшек, а регулярное потребление — с увеличением продолжительности жизни. Наши собственные клетки вырабатывать омега-3 жирные кислоты не умеют, поэтому их необходимо употреблять с пищей. В большом количестве они содержатся в жире морской рыбы.

      Экспедиция за генами

      Донор генов для репки, что веганов мира всего рыбьим жиром нерыбьего происхождения снабдит, обитает в предгорьях Кордильер. Придется отправиться за генами в путешествие. Только не спешите паковать чемоданы — сначала посадите репку, чтобы было куда гены потом пересаживать. Посадили? Отлично, можно лететь за примулой-донором. Не забудьте вооружиться канцелярским дыроколом, маленькими стерильными пробирками-эппендорфами и 70%-ным раствором спирта. Этот набор можно назвать «starter pack юного генного инженера». Глобальная база биоразнообразия GBIF* расскажет нам, где донор генов прячется, где и когда его в последний раз заметили, — начните поиски с этой локации. И, о чудо — удача с первой попытки! Перед вами заветный первоцвет. Не теряйте самообладания: твердой рукой берите дырокол и хладнокровно дырявьте им лист. В листе осталась дырка, а в дыроколе — кружочек. Этот кружочек нужно положить в ту маленькую пробирку, что с собой захватили, да залить все спиртом.

      *GBIF — база данных, в которой зафиксировано, какой вид организмов где и когда был встречен. С помощью GBIF можно найти хоть кашалота, хоть иерихонскую розу.

      Три волшебные буквы

      Отобранный кружочек содержит несколько тысяч клеток. В каждой клетке — по копии заветного гена. Только как его оттуда извлечь? Для этого генетический материал отправляют на три нашумевших буквы — ПЦР*. Реакция эта позволяет сделать мириады копий любого фрагмента ДНК, нужно лишь правильно ингредиенты подобрать. Кидаем в котел правильно подобранные праймеры, фермент-полимеразу да нуклеотидов запас. Последний штрих — тщательно измельчаем кружочек из дырокола и отправляем в ПЦР-котел. Там происходит магия: праймер ищет в геноме донора комплементарный участок и связывается с ним, образуя этакую взлетно-посадочную полосу для ДНК-полимеразы. Полимераза видит праймер, садится на него и начинает клепать копию вожделенного гена. На разных стадиях процесса вы то нагреваете, то охлаждаете пробирку, в которой творится эта молекулярная алхимия.

      *ПЦР — полимеразно-цепная реакция. Изобретение 1980-х, которое принесло своему автору Нобелевскую премию по химии. Эта реакция — один из самых быстрых и эффективных способов получить неограниченно большое количество копий нужного гена. Схема реакции достаточно проста. Сначала необходимо подобрать участок ДНК, начиная с которого необходимо «копировать» фрагмент ДНК и синтезировать праймер — короткий одноцепочечный фрагмент ДНК, комплементарный (помните школьную мантру А-Т, Г-Ц?) этому участку-мишени. С помощью праймера фермент ДНК-полимераза, отвечающий за копирование ДНК, «понимает», какой именно ген в длинной цепочке служит ее целью. Для наглядности можно представить, что ДНК — большая книга, ген — небольшой параграф, праймер — закладка, а ДНК-полимераза — копировальный аппарат. Не хватает только чернил (если угодно, бумаги), которые и составят копию. Ими служат нуклеотиды — структурные единицы (те самые А, Т, Г и Ц), буквы той самой ДНК-книги, копию фрагмента которой нужно сделать с помощью ПЦР.

      Волшебная палочка

      Теперь настало время достать волшебную палочку. Не бузинную, а палочковидную бактерию Agrobacterium tumefaciens — главного союзника генного инженера. Строго говоря, эта бактерия тоже генный инженер. Она умеет встраивать в геном растений гены из своей плазмиды*, что вызывает образование опухолей, клетки которых производят питательные для этих бактерий вещества. Ученые научились подсовывать агробактериям в плазмиду гены, которые сами хотят встроить в растения. С помощью набора ферментов перекраиваем плазмиду: вставляем туда наработанный из примулы ген, подшиваем пару генов, обеспечивающих устойчивость к антибиотикам у бактерий, и еще один — устойчивость к третьему антибиотику у растений. После молекулярной кройки делаем множество копий нашей плазмиды с помощью кишечной палочки E. coli** (они это делают почти сами и весьма охотно). Затем подсовываем плазмиды тем клеткам Agrobacterium tumefaciens, что не успели обзавестись собственными плазмидами. Убиваем антибиотиками, резистентность к которым зашивали в плазмиду, бактерий, коих не удалось модифицировать. В результате выживут только устойчивые — те, которым пересадили ген рыбьего жира. Дальше можно пересаживать его в репку.

      *Плазмида — это небольшая молекула ДНК, обособленная от основного генетического материала, заключенного в хромосоме. У людей их нет, а вот у бактерий частенько встречаются.

      **E. coli — излюбленный питомец микробиологов, биотехнологов, генетиков и представителей других отраслей биологии. Именуется эшерихией (лат. Escherichia) в честь Теодора Эшериха, микробиолога из тогда еще Австро-Венгрии. Сам Эшерих выделил ее из фекалий здоровых людей и окрестил Bacterium coli, то есть кишечной палочкой в переводе с латыни. За пределами научного мира ее до сих пор так частенько называют.

      Пересадка генов

      У нас был донор гена — ХХХ. Вектором-посредником мы выбрали агробактерий. Теперь настала пора подготовить реципиента — репку. За время путешествий и молекулярных манипуляций она успела вырасти. Но нельзя просто так взять и пересадить ген в репку. Нужно выделить из нее каллус. Так называются стволовые клетки растений. Для этого берем стерильный скальпель и надрезаем стебель. Вскоре на нем появится зеленоватая вязкая жидкость — это и есть каллус. Его надо пересадить на питательную среду. А затем подсадить к культуре каллуса еще и агробактерий. И сделать это 20 раз подряд: высадить 20 чашек каллуса, да чтобы погуще, и подсадить бактерий во все. В засеянных чашках Петри рождается страсть, которой лучше не мешать.

      Выждали. Если работали не слишком стерильно, то в некоторых чашках заведется плесень или еще чего странное — на утилизацию. Оставшиеся, с виду не заросшие чашки Петри обрабатываем всеми тремя антибиотиками. В нескольких чашках Петри все опять погибает — на утилизацию. Но в паре чашек жизнь продолжает теплиться — там-то, видимо, генная модификация прошла успешно. Пересаживаем трансгенные стволовые клетки на новые и новые чашки Петри, заставляем их делиться, а после трансформироваться в полноценное растение. Для этого им в чашку нужно подмешать немного гормонов — ауксинов и цитокининов*.

      Вот потихоньку из бесформенной клеточной массы начинает вытягиваться трансгенной репы росток. Будет он большой да сильный, и рыбьего жира в нем станет и на дедку, чтобы сердечно-сосудистыми не болел, и на бабку, чтобы нервная система была в порядке, и болявой внучке для иммунитета. А жучка ГМ-репу вряд ли оценит, ибо хищница.

      *Ауксины и цитокинины — у растений, как и у животных, существует гормональная регуляция. Две основные группы фитогормонов — это ауксины и цитокинины. Их действие сложно и многогранно, особенно в различных комбинациях, но если сильно упрощать, то первые (то бишь ауксины) способствуют апикальному росту (то есть побегов вертикально вверх, а корней — вниз), а вторые (то бишь цитокинины) росту вширь. Чтобы вырастить из аморфной массы трансгенных стволовых клеток нечто похожее на репку, клеткам нужно подсказывать, как и в каком направлении им делиться. Гормоны и будут посредником в этих переговорах.

      Сказки сказками, но в магазинах западных уже продают наборы для домашней генной инженерии. В них, как правило, включают и компактные центрифуги, вращающиеся с частотой 10 тысяч оборотов в минуту, и приборы для ПЦР с контролем температуры, и автоматические пипетки с набором разовых наконечников, и чашки для выращивания клеток, и культуры бактерий-векторов… И это лишь первые несколько позиций из огромного перечня оборудования, что включают эти наборы. Ценник, кстати, не слишком сказочный. Собрать домашнюю лабораторию обойдется в тысячу-другую долларов.

      Понравилась статья? Поделить с друзьями:

      Читайте также:

    1. Как изменить генетическую предрасположенность
    2. Как изменить герцовку экрана на виндовс 10
    3. Как изменить генетический код человека
    4. Как изменить герцовку экрана на xiaomi
    5. Как изменить генетический код растения

    6. 0 0 голоса
      Рейтинг статьи
      Подписаться
      Уведомить о
      guest

      0 комментариев
      Старые
      Новые Популярные
      Межтекстовые Отзывы
      Посмотреть все комментарии